[日本語] English
万見
- PDB-5nji: Structure of the dehydratase domain of PpsC from Mycobacterium tu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nji
タイトルStructure of the dehydratase domain of PpsC from Mycobacterium tuberculosis in complex with C12:1-CoA
要素Phthiocerol/phenolphthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC
キーワードTRANSFERASE / dehydratase / polyketide / complex / tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


(phenol)carboxyphthiodiolenone synthase / phthiocerol biosynthetic process / phenolic phthiocerol biosynthetic process / polyketide synthase complex / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process ...(phenol)carboxyphthiodiolenone synthase / phthiocerol biosynthetic process / phenolic phthiocerol biosynthetic process / polyketide synthase complex / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase dehydratase / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. ...Polyketide synthase dehydratase / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8Z2 / Phenolphthiocerol/phthiocerol polyketide synthase subunit C / Phenolphthiocerol/phthiocerol polyketide synthase subunit C
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Gavalda, S. / Faille, A. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Insights into Substrate Modification by Dehydratases from Type I Polyketide Synthases.
著者: Faille, A. / Gavalda, S. / Slama, N. / Lherbet, C. / Maveyraud, L. / Guillet, V. / Laval, F. / Quemard, A. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.
履歴
登録2017年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2017年5月31日ID: 5CF7
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phthiocerol/phenolphthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2592
ポリマ－34,3111
非ポリマー9481
水5,260292
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.377, 70.810, 42.571
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.87, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Phthiocerol/phenolphthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC / Beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase I


分子量: 34311.336 Da / 分子数: 1 / 変異: H959F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: ppsC, Rv2933 / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q7TXL8, UniProt: P96202*PLUS, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物 ChemComp-8Z2 / ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (~{E})-dodec-2-enethioate


分子量: 947.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H56N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.34 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: Na/K PO4 1.8 M / PH範囲: 6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97922 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→41.145 Å / Num. obs: 53493 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC1/2: 0.71 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Coot0.8.6.1モデル構築
PHENIX1.11.1-2575位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5iok

5iok


解像度: 1.6→36.325 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1919 3197 3.71 %
Rwork0.1704 --
obs0.1713 44239 98.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→36.325 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1986 0 61 292 2339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0232181
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.072995
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.984894
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.103363
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01377
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.62390.28441400.2793622X-RAY DIFFRACTION99
1.6239-1.64930.27021400.2713639X-RAY DIFFRACTION99
1.6493-1.67630.28431410.2493602X-RAY DIFFRACTION99
1.6763-1.70520.26011380.22713645X-RAY DIFFRACTION99
1.7052-1.73620.26851350.21343563X-RAY DIFFRACTION99
1.7362-1.76960.20431440.21023718X-RAY DIFFRACTION99
1.7696-1.80570.22011380.19933595X-RAY DIFFRACTION99
1.8057-1.8450.19921440.20353650X-RAY DIFFRACTION99
1.845-1.88790.23181340.20583529X-RAY DIFFRACTION99
1.8879-1.93510.38181360.38053442X-RAY DIFFRACTION92
1.9351-1.98740.19591390.18343563X-RAY DIFFRACTION99
1.9874-2.04590.21021390.17123674X-RAY DIFFRACTION99
2.0459-2.11190.18261390.16373664X-RAY DIFFRACTION99
2.1119-2.18740.19081390.16163585X-RAY DIFFRACTION99
2.1874-2.2750.26241280.20563471X-RAY DIFFRACTION94
2.275-2.37850.17491410.15463653X-RAY DIFFRACTION99
2.3785-2.50390.20081390.15353603X-RAY DIFFRACTION99
2.5039-2.66070.15921420.15483643X-RAY DIFFRACTION99
2.6607-2.86610.21491440.16393632X-RAY DIFFRACTION99
2.8661-3.15430.16711400.16353596X-RAY DIFFRACTION99
3.1543-3.61040.16861410.15153641X-RAY DIFFRACTION99
3.6104-4.54740.14681340.12453588X-RAY DIFFRACTION98
4.5474-36.33420.16531420.15763644X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.48860.86560.4740.82910.50760.9280.007-0.07330.0109-0.00080.0049-0.10580.04580.0814-0.02460.13020.00760.00520.10350.00310.144433.6198-3.768640.5268
23.1661.2351-0.17132.16220.25973.26420.0525-0.10750.31160.0786-0.04090.23160.0085-0.0202-0.08160.08530.0905-0.00350.0346-0.00220.182821.7774-2.131343.0296
34.7897-0.5278-0.02762.57430.28612.0877-0.0864-0.0932-0.06140.05630.02290.1160.1597-0.04030.06940.1576-0.03120.00720.09930.00140.133417.076-12.596842.1902
42.1907-0.69520.05332.8212-1.27153.21850.0896-0.04720.0903-0.0818-0.05080.25020.0565-0.1393-0.02910.1018-0.01030.00080.1105-0.02460.16713.8408-2.650244.4583
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 926 through 1017 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1018 through 1081 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1082 through 1137 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1138 through 1217 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る