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- PDB-5nj8: Structural basis for aryl hydrocarbon receptor mediated gene acti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nj8
タイトルStructural basis for aryl hydrocarbon receptor mediated gene activation
要素
  • (Aryl hydrocarbon ...) x 2
  • DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*C)-3')
キーワードTRANSCRIPTION / basic helix loop helix PAS domain transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of B cell proliferation / Phase I - Functionalization of compounds / Xenobiotics / Aryl hydrocarbon receptor signalling / NPAS4 regulates expression of target genes / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Endogenous sterols / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / regulation of adaptive immune response ...cytosolic aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of B cell proliferation / Phase I - Functionalization of compounds / Xenobiotics / Aryl hydrocarbon receptor signalling / NPAS4 regulates expression of target genes / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Endogenous sterols / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / regulation of adaptive immune response / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / positive regulation of hormone biosynthetic process / cellular response to molecule of bacterial origin / Aryl hydrocarbon receptor signalling / aryl hydrocarbon receptor complex / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of protein sumoylation / Xenobiotics / Phase I - Functionalization of compounds / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / blood vessel development / E-box binding / aryl hydrocarbon receptor binding / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Endogenous sterols / embryonic placenta development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / NPAS4 regulates expression of target genes / cellular response to forskolin / xenobiotic metabolic process / TBP-class protein binding / positive regulation of erythrocyte differentiation / cellular response to cAMP / positive regulation of glycolytic process / Hsp90 protein binding / circadian regulation of gene expression / PPARA activates gene expression / response to toxic substance / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription coactivator binding / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of gene expression / cellular response to oxidative stress / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to hypoxia / transcription cis-regulatory region binding / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aryl hydrocarbon receptor / Aryl hydrocarbon receptor/Aryl hydrocarbon receptor repressor / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / : / Nuclear translocator / PAS fold-3 / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif ...Aryl hydrocarbon receptor / Aryl hydrocarbon receptor/Aryl hydrocarbon receptor repressor / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / : / Nuclear translocator / PAS fold-3 / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ERBIUM (III) ION / DNA / DNA (> 10) / Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / Aryl hydrocarbon receptor / Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Daumke, O. / Schulte, K.W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Aryl Hydrocarbon Receptor-Mediated Gene Activation.
著者: Schulte, K.W. / Green, E. / Wilz, A. / Platten, M. / Daumke, O.
履歴
登録2017年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年2月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id / _struct_site_gen.pdbx_num_res / _struct_site_gen.site_id
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aryl hydrocarbon receptor
B: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
C: Aryl hydrocarbon receptor
D: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
E: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,50121
ポリマ－124,4358
非ポリマー2,06613
水00
1
A: Aryl hydrocarbon receptor
B: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
E: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,44712
ポリマ－62,2174
非ポリマー1,2308
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10360 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area21180 Å2
手法PISA
2
C: Aryl hydrocarbon receptor
D: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
G: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0549
ポリマ－62,2174
非ポリマー8365
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8760 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area21170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.321, 91.321, 464.914
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-101-

ER3

-
要素

-
Aryl hydrocarbon ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor / AhR / Class E basic helix-loop-helix protein 76 / bHLHe76


分子量: 28423.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AHR, BHLHE76 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosette / 参照: UniProt: P35869
#2: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / ARNT protein / Dioxin receptor / nuclear translocator / Hypoxia-inducible factor 1-beta / HIF1-beta


分子量: 26467.090 Da / 分子数: 2 / Mutation: C256S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: internal deletion of 274-301 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Arnt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53762, UniProt: P27540*PLUS

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 EGFH

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*C)-3')


分子量: 3632.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Dioxin response element / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*C)-3')


分子量: 3694.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Dioxin response element / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 2種, 13分子

#5: 化合物
ChemComp-ER3 / ERBIUM (III) ION / エルビウムトリカチオン


分子量: 167.259 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Er
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: Plates
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 10 mM HEPES/NaOH pH 6.8, 18% PEG3350, 200 mM ammonium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.476 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月28日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Si111-DCM with sagital bender / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.476 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 32653 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 7.82
反射 シェル解像度: 3.3→3.49 Å / 冗長度: 16.5 % / Rmerge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 4.11 / Num. unique obs: 5197 / CC1/2: 0.979 / Rsym value: 0.683 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.3→46.83 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 35.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3327 917 5 %
Rwork0.2921 --
obs0.2942 18323 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→46.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4864 968 16 0 5848
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056042
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6788337
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8883448
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042981
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004908
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3001-3.4740.41471240.31632352X-RAY DIFFRACTION98
3.474-3.69160.36211250.32462385X-RAY DIFFRACTION98
3.6916-3.97650.39851300.31842451X-RAY DIFFRACTION100
3.9765-4.37640.33531290.2852452X-RAY DIFFRACTION100
4.3764-5.00910.33251300.27152479X-RAY DIFFRACTION100
5.0091-6.30850.33181340.2992536X-RAY DIFFRACTION100
6.3085-46.83510.29521450.28212751X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2699-0.0621-0.04380.92390.19880.0466-0.2327-0.06690.1527-0.1365-0.0351-0.3148-0.08710.0586-0.06231.48330.1718-0.08320.4494-0.01470.3373-0.512429.3907200.4939
20.2473-0.12430.09110.05540.00430.1466-0.2861-0.01-0.1566-0.07850.00420.3563-0.12540.15460.00321.28290.2819-0.16930.5549-0.05730.8809-9.933221.964200.0559
30.00310.02050.04670.18330.3670.8193-0.18270.0220.0576-0.0635-0.2832-0.3442-0.1078-0.0914-0.18620.35510.0903-0.01510.2080.09480.665314.937124.7156229.6474
4-0.01960.039-0.00360.211-0.11240.10160.0882-0.07310.1305-0.1875-0.334-0.23630.16210.0418-0.04250.3010.0017-0.04360.26920.09160.328314.608915.012232.6177
5-0.00050.0108-0.00090.00270.0028-0.0014-0.0539-0.1525-0.2233-0.38160.2069-0.04850.13150.08850.00011.42490.1182-0.22590.7188-0.13320.6163-8.19039.9676197.5579
60.09570.12930.01630.14350.00530.08790.17130.4695-0.61420.00720.5784-0.3336-0.0675-0.2281-0.00071.5450.0689-0.25870.8069-0.08370.6398-7.42279.7617198.6716
70.1755-0.0410.22770.47860.14080.3410.5140.18670.25410.27650.0035-0.1642-0.1716-0.29540.73270.7124-0.00060.13930.53250.20540.33541.938911.0616237.1803
80.02930.0017-0.02730.06610.00180.02250.00170.21870.13120.407-0.01280.0605-0.1287-0.3221-0.00010.8036-0.0360.00710.63940.07970.59581.005211.643236.3805
90.1233-0.13510.19550.1297-0.17650.27790.3959-0.0544-0.01690.10190.1504-0.0312-0.02170.01570.79880.47310.386-0.0991-0.2680.3090.1554-9.056942.1127218.9071
100.19610.16190.05150.0915-0.01890.1288-0.0585-0.02240.0896-0.11990.07650.2342-0.09430.08210.1120.5575-0.00140.1528-0.0410.01920.52965.015460.0065220.069
110.033-0.0677-0.02830.15290.04420.0217-0.0365-0.01160.16120.0323-0.1037-0.1770.19630.0377-0.31970.79180.32210.72030.2526-0.0830.33127.514819.56211.2753
120.06870.03770.03340.03220.01840.02240.2249-0.2769-0.10540.00950.0376-0.38180.0816-0.35890.21990.5686-0.05580.56460.38760.26610.728234.744936.0055207.789
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 34 through 88)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 85 through 143)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 32 through 88)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 84 through 144)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 1 through 12)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 1 through 12)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 1 through 12)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 1 through 12)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'A' and resid 109 through 272)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'B' and resid 152 through 345)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'C' and resid 107 through 271)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain 'D' and resid 148 through 342)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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