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万見
- PDB-5nj6: Crystal structure of a thermostabilised human protease-activated ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nj6
タイトルCrystal structure of a thermostabilised human protease-activated receptor-2 (PAR2) in ternary complex with Fab3949 and AZ7188 at 4.0 angstrom resolution
要素
  • Fab3949 H
  • Fab3949 L
  • Proteinase-activated receptor 2,Soluble cytochrome b562,Proteinase-activated receptor 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / 7TM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of neutrophil mediated killing of gram-negative bacterium / potassium channel activating, G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of renin secretion into blood stream / positive regulation of eosinophil degranulation / leukocyte proliferation / mature conventional dendritic cell differentiation / regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of glomerular filtration / negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway ...positive regulation of neutrophil mediated killing of gram-negative bacterium / potassium channel activating, G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of renin secretion into blood stream / positive regulation of eosinophil degranulation / leukocyte proliferation / mature conventional dendritic cell differentiation / regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of glomerular filtration / negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / thrombin-activated receptor activity / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of actin filament depolymerization / cell-cell junction maintenance / positive regulation of cytokine production involved in immune response / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / T cell activation involved in immune response / positive regulation of pseudopodium assembly / negative regulation of chemokine production / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of chemotaxis / negative regulation of JNK cascade / neutrophil activation / establishment of endothelial barrier / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of positive chemotaxis / positive regulation of leukocyte chemotaxis / positive regulation of Rho protein signal transduction / leukocyte migration / pseudopodium / regulation of blood coagulation / positive regulation of interleukin-10 production / regulation of JNK cascade / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / G-protein alpha-subunit binding / negative regulation of insulin secretion / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of interleukin-8 production / electron transport chain / positive regulation of JNK cascade / vasodilation / positive regulation of interleukin-6 production / G-protein beta-subunit binding / positive regulation of type II interferon production / blood coagulation / signaling receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (q) signalling events / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / protease binding / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / early endosome / positive regulation of cell migration / inflammatory response / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / innate immune response / signaling receptor binding / heme binding / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protease-activated receptor 2 / Protease-activated receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulins ...Protease-activated receptor 2 / Protease-activated receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Proteinase-activated receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Cheng, R.K.Y. / Fiez-Vandal, C. / Schlenker, O. / Edman, K. / Aggeler, B. / Brown, D.G. / Brown, G. / Cooke, R.M. / Dumelin, C.E. / Dore, A.S. ...Cheng, R.K.Y. / Fiez-Vandal, C. / Schlenker, O. / Edman, K. / Aggeler, B. / Brown, D.G. / Brown, G. / Cooke, R.M. / Dumelin, C.E. / Dore, A.S. / Geschwindner, S. / Grebner, C. / Hermansson, N.-O. / Jazayeri, A. / Johansson, P. / Leong, L. / Prihandoko, R. / Rappas, M. / Soutter, H. / Snijder, A. / Sundstrom, L. / Tehan, B. / Thornton, P. / Troast, D. / Wiggin, G. / Zhukov, A. / Marshall, F.H. / Dekker, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structural insight into allosteric modulation of protease-activated receptor 2.
著者: Cheng, R.K.Y. / Fiez-Vandal, C. / Schlenker, O. / Edman, K. / Aggeler, B. / Brown, D.G. / Brown, G.A. / Cooke, R.M. / Dumelin, C.E. / Dore, A.S. / Geschwindner, S. / Grebner, C. / Hermansson, ...著者: Cheng, R.K.Y. / Fiez-Vandal, C. / Schlenker, O. / Edman, K. / Aggeler, B. / Brown, D.G. / Brown, G.A. / Cooke, R.M. / Dumelin, C.E. / Dore, A.S. / Geschwindner, S. / Grebner, C. / Hermansson, N.O. / Jazayeri, A. / Johansson, P. / Leong, L. / Prihandoko, R. / Rappas, M. / Soutter, H. / Snijder, A. / Sundstrom, L. / Tehan, B. / Thornton, P. / Troast, D. / Wiggin, G. / Zhukov, A. / Marshall, F.H. / Dekker, N.
履歴
登録2017年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteinase-activated receptor 2,Soluble cytochrome b562,Proteinase-activated receptor 2
H: Fab3949 H
L: Fab3949 L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1263
ポリマ－96,1263
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, 1:1 complex stoichiometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5660 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area37340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.144, 38.520, 159.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Proteinase-activated receptor 2,Soluble cytochrome b562,Proteinase-activated receptor 2 / PAR-2 / Coagulation factor II receptor-like 1 / G-protein coupled receptor 11 / Thrombin receptor- ...PAR-2 / Coagulation factor II receptor-like 1 / G-protein coupled receptor 11 / Thrombin receptor-like 1 / Cytochrome b-562 / PAR-2 / Coagulation factor II receptor-like 1 / G-protein coupled receptor 11 / Thrombin receptor-like 1


分子量: 49212.621 Da / 分子数: 1
変異: G89A, H108A, G157A, M166L, Y174A, V176E, N222Q, M268A, I289A, L293A,G89A, H108A, G157A, M166L, Y174A, V176E, N222Q, M268A, I289A, L293A,G89A, H108A, G157A, M166L, Y174A, V176E, N222Q, M268A, I289A, L293A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: F2RL1, GPR11, PAR2, cybC / プラスミド: pFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P55085, UniProt: P0ABE7
#2: 抗体 Fab3949 H


分子量: 23590.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Fab3949 L


分子量: 23322.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.15 % / 解説: NEEDLE SHAPED
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.7
詳細: 0.1M MES pH 5.5-6.2, 0.2M POTASSIUM / SODIUM TARTRATE, 30-35% (W/V) PEG400, 2% (W/V) 2,5-HEXANEDIOL
PH範囲: 5.5-6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97717 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97717 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→45.13 Å / Num. obs: 8440 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 39.33 Å2 / CC1/2: 0.961 / Rmerge(I) obs: 0.315 / Rpim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 4→4.47 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2505 / CC1/2: 0.666 / Rpim(I) all: 0.401 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
XDS2014データ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2014位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NDD

5ndd


解像度: 4→45.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.81 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.732 / Rfactor Rfree error: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 1.149
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.319 395 4.69 %RANDOM
Rwork0.263 ---
obs0.265 8418 91.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 71.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.3757 Å20 Å20 Å2
2--8.7652 Å20 Å2
3---5.6105 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.76 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 4→45.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6467 0 0 0 6467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0066626HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.89020HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2198SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes124HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes961HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6626HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.73
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion899SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7492SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 4→4.47 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 106 4.52 %
Rwork0.252 2238 -
all0.256 2344 -
obs--92.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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