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- PDB-5nhq: Nuclear Magnetic Resonance Structure of the Human Polyoma JC Viru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nhq
タイトルNuclear Magnetic Resonance Structure of the Human Polyoma JC Virus Agnoprotein
要素Agnoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Agnoprotein / dimer / oligomer / polyomavirus / JCV / SV40 / BKV / Merkel cell / DNA replication / progressive multifocal leukoencephalopathy / alpha-helix / intrinsically unstructured
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell rough endoplasmic reticulum membrane / host cell nuclear membrane / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / host cell plasma membrane / DNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Polyomavirus agnoprotein / Polyomavirus agnoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Coric, P. / Saribas, A.S. / Abou-Gharbia, M. / Childers, W. / Condra, J. / White, M.K. / Safak, M. / Bouaziz, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of HealthRO1NS090949 米国
Temple University Drug Discovery Initiative161398 米国
引用
ジャーナル: J. Cell. Biochem. / 年: 2017
タイトル: Nuclear Magnetic Resonance Structure of the Human Polyoma JC Virus Agnoprotein.
著者: Coric, P. / Saribas, A.S. / Abou-Gharbia, M. / Childers, W. / Condra, J.H. / White, M.K. / Safak, M. / Bouaziz, S.
#1: ジャーナル: J. Virol. / 年: 2014
タイトル: Nuclear magnetic resonance structure revealed that the human polyomavirus JC virus agnoprotein contains an alpha-helix encompassing the Leu/Ile/Phe-rich domain.
著者: Coric, P. / Saribas, A.S. / Abou-Gharbia, M. / Childers, W. / White, M.K. / Bouaziz, S. / Safak, M.
履歴
登録2017年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22018年1月31日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agnoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0961
ポリマ－8,0961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7950 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)12 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Agnoprotein / Agno


分子量: 8096.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthetized full protein
由来: (合成) JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
参照: UniProt: P03086

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic12D 1H-1H NOESY
121anisotropic12D 1H-1H TOCSY
131anisotropic12D DQF-COSY

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試料調製

詳細タイプ: lyophilized powder
内容: 0.2 mM no labelling agnoprotein, trifluoroethanol/water
詳細: 30% TFE and 200 mM hNaCl ave been added to the solution. The concentration of the sample is 0.2 mM
Label: Full agnoprotein / 溶媒系: trifluoroethanol/water
試料濃度: 0.2 mM / 構成要素: agnoprotein / Isotopic labeling: no labelling
試料状態イオン強度: 200 mM NaCl mM / Label: 70/30 (v/v) H2O/TFE / pH: 3 / PH err: 0.2 / 圧: pa Pa / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSVersion: 1.2 at patch level 1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CcpNmr Analysis2.4.0CCPNchemical shift assignment
TopSpin3.2Bruker Biospin解析
CcpNmr Analysis2.4CCPNpeak picking
CNSVersion: 1.2 at patch level 1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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