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万見
- PDB-5ngy: Crystal structure of Leuconostoc citreum NRRL B-1299 dextransucra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ngy
タイトルCrystal structure of Leuconostoc citreum NRRL B-1299 dextransucrase DSR-M
要素DSR-M glucansucrase inactive mutant E715Q
キーワードTRANSFERASE / dextransucrase / dextran / sugar binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


dextransucrase activity / dextransucrase / glucan biosynthetic process / glucosyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 70, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 70 / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PRASEODYMIUM ION / dextransucrase
類似検索 - 構成要素
生物種Leuconostoc citreum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Claverie, M. / Cioci, G. / Remaud-simeon, M. / Moulis, C. / Tranier, S. / Vuillemin, M.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2017
タイトル: Investigations on the Determinants Responsible for Low Molar Mass Dextran Formation by DSR-M Dextransucrase
著者: Claverie, M. / Cioci, G. / Vuillemin, M. / Monties, N. / Roblin, P. / Lippens, G. / Remaud-simeon, M. / Moulis, C.
履歴
登録2017年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DSR-M glucansucrase inactive mutant E715Q
B: DSR-M glucansucrase inactive mutant E715Q
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,54511
ポリマ－287,9532
非ポリマー1,5929
水00
1
A: DSR-M glucansucrase inactive mutant E715Q
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,1066
ポリマ－143,9761
非ポリマー1,1295
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DSR-M glucansucrase inactive mutant E715Q
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,4395
ポリマ－143,9761
非ポリマー4634
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.869, 128.810, 234.518
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNSERSERAA290 - 494127 - 331
21ASNASNSERSERBB290 - 494127 - 331
12LEULEULYSLYSAA496 - 1434333 - 1271
22LEULEULYSLYSBB496 - 1434333 - 1271

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 DSR-M glucansucrase inactive mutant E715Q


分子量: 143976.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leuconostoc citreum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2H4A2Q1*PLUS
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-6DGlcpa1-6DGlcpa1-6DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a6-b1_b6-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-PR / PRASEODYMIUM ION


分子量: 140.908 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Pr

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 % / 解説: thin rod
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG3350, 0.2M KSCN, 0.1 Pr(III)acetate, BIS-TRIS pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月15日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→50 Å / Num. obs: 34388 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 44.5 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rpim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 3.7→3.9 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4910 / CC1/2: 0.822 / Rpim(I) all: 0.284 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5lfc

5lfc


解像度: 3.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 80.89 / SU ML: 0.517 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.681 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23643 1693 4.9 %RANDOM
Rwork0.19234 ---
obs0.19453 32648 98.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.87 Å20 Å2-0 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3---5.74 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18805 0 53 0 18858
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0219264
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0217262
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0981.93326188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83339636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.84552405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.56225.619993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.266153027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2081562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.22828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0222765
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024671
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3464.7999628
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3464.7999627
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2677.212025
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2677.212026
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2884.8819636
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2884.8819636
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2427.28414164
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.47638.1121414
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.47638.11221415
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A93570.12
12B93570.12
21A542550.07
22B542550.07
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.796 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 112 -
Rwork0.263 2375 -
obs--97.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8361-0.0324-0.20430.16290.04170.22950.01010.14430.0415-0.0918-0.01880.0516-0.0852-0.06370.00870.11130.0037-0.02160.036-0.00280.0232-34.560916.8137-26.6144
20.5182-0.0439-0.38790.388-0.12350.7111-0.03420.02860.00930.09230.005-0.1268-0.0532-0.13790.02920.14790.0412-0.02980.04740.00150.0422-23.8901-14.456428.0412
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A171 - 1501
2X-RAY DIFFRACTION2B290 - 1501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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