PDB-5ngn: Lybatide 2, a cystine-rich peptide from Lycium barbarum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ngn

タイトル

Lybatide 2, a cystine-rich peptide from Lycium barbarum

要素

lybatide 2

キーワード

PLANT PROTEIN / cysteine-rich peptide / pi-helix / wolfberry / disulfide bonds

機能・相同性

ACETONITRILE / Lybatide 2

機能・相同性情報

生物種

Lycium barbarum (ナス科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Lei, J. / Tan, W.L. / Sakai, N. / Hilgenfeld, R.

資金援助

ドイツ,

シンガポール, 4件

組織	認可番号	国
German Federal Ministry of Education and Research	BMBF- 01DP12027	ドイツ
National Research Foundation in Singapore	NRF-CRP8-2011-05	シンガポール
NTU iFood Research Grant	M4081467.080	シンガポール
NTU	SGP-PROG-008	シンガポール

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Lybatides from Lycium barbarum Contain An Unusual Cystine-stapled Helical Peptide Scaffold.
著者: Tan, W.L. / Wong, K.H. / Lei, J. / Sakai, N. / Tan, H.W. / Hilgenfeld, R. / Tam, J.P.

履歴

登録	2017年3月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月11日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ngn.cif.gz	35.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ngn.ent.gz	23.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ngn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ngn_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ngn_full_validation.pdf.gz	443.8 KB	表示
XML形式データ	5ngn_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	5ngn_validation.cif.gz	11.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/5ngn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/5ngn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1av3-d 1dmd-d 6ats-d 2lo9-d 5kwp-d 6nw8-d 1lir-d 1jlo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: lybatide 2

B: lybatide 2

C: lybatide 2

ヘテロ分子

11.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: lybatide 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
3.76 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: lybatide 2

登録者が定義した集合体
3.63 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: lybatide 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
3.95 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	19.318, 54.655, 42.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.60, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質・ペプチド	lybatide 2 分子量: 3628.035 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lycium barbarum (ナス科) / 参照: UniProt: A0A2D0TC93*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CCN / ACETONITRILE / アセトニトリル分子量: 41.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃N
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.15 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 4.5, 2% PEG400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 0.9184, 1.8000

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月24日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9184	1
2	1.8	1

反射

解像度: 1.48→41.68 Å / Num. obs: 14465 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.033 / R_pim(I) all: 0.014 / Net I/σ(I): 44.3

反射シェル

解像度: 1.48→1.56 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.039 / Mean I/σ(I) obs: 31.8 / Num. unique obs: 2057 / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.017 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0151	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.48→41.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 0.713 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.137	713	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1076	-	-	-
obs	0.10904	13735	99.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.561 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0 Å²	0.11 Å²
2-	-	0.06 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.48→41.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	728	0	31	155	914

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.02	778
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	637
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.951	1.982	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.237	3	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.585	5	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.96	26.364	33
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.035	15	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.125	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.145	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	875
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	156
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.88	0.683	391
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.854	0.68	390
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.368	1.016	484
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.371	1.018	485
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.823	0.989	387
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.821	0.995	388
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.588	1.341	568
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.297	13.747	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.293	13.779	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.479→1.517 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.158	58	-
R_work	0.094	962	-
obs	-	-	97.05 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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