PDB-5ngd: Crystal structure of the V325G mutant of the bacteriophage G20C p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ngd

タイトル

Crystal structure of the V325G mutant of the bacteriophage G20C portal protein

要素

Portal protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / G20C / portal protein / bacteriophage

機能・相同性

: / Phage P23-45 portal protein / Portal protein

機能・相同性情報

生物種

Thermus phage P7426 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Pascoa, T. / Jenkins, H.T. / Chechik, M. / Greive, S.J. / Antson, A.A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Acs Nano / 年: 2017
タイトル: Porphyrin-Assisted Docking of a Thermophage Portal Protein into Lipid Bilayers: Nanopore Engineering and Characterization
著者: Cressiot, B. / Greive, S.J. / Si, W. / Pascoa, T.C. / Mojtabavi, M. / Chechik, M. / Jenkins, H.T. / Lu, X. / Aksimentiev, A. / Antson, A.A. / Wanunu, M.

履歴

登録	2017年3月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ngd.cif.gz	620.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ngd.ent.gz	515.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ngd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ngd_validation.pdf.gz	435.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ngd_full_validation.pdf.gz	439 KB	表示
XML形式データ	5ngd_validation.xml.gz	58.2 KB	表示
CIF形式データ	5ngd_validation.cif.gz	85.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/5ngd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/5ngd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zjn
類似構造データ	4zjn-1 6ibg-1 6qjt-1 4567 0241 4891 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Portal protein

B: Portal protein

C: Portal protein

D: Portal protein

184 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Portal protein

B: Portal protein

C: Portal protein

D: Portal protein

A: Portal protein

B: Portal protein

C: Portal protein

D: Portal protein

A: Portal protein

B: Portal protein

C: Portal protein

D: Portal protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
552 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	223.234, 223.234, 115.817
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	A	A	29 - 434	8 - 413
2	1	ARG	ARG	B	B	29 - 434	8 - 413
1	2	ARG	ARG	A	A	29 - 434	8 - 413
2	2	ARG	ARG	C	C	29 - 434	8 - 413
1	3	GLN	GLN	A	A	29 - 435	8 - 414
2	3	GLN	GLN	D	D	29 - 435	8 - 414
1	4	GLN	GLN	B	B	29 - 435	8 - 414
2	4	GLN	GLN	C	C	29 - 435	8 - 414
1	5	ARG	ARG	B	B	29 - 434	8 - 413
2	5	ARG	ARG	D	D	29 - 434	8 - 413
1	6	ARG	ARG	C	C	29 - 434	8 - 413
2	6	ARG	ARG	D	D	29 - 434	8 - 413

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Portal protein 分子量: 45981.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus phage P7426 (ファージ) / 遺伝子: P74p85 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7XXR3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 703 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Protein in 1 M NaCl, 20 mM Tris pH 7.5. Reservoir: 0.1 M Imidazole HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG 4000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97883 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97883 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→111.62 Å / Num. obs: 165587 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 2.1 % / CC_1/2: 0.943 / R_merge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 3.3
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.736 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 8194 / CC_1/2: 0.401 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→111.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 8.308 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.122 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22512	1623	1 %	RANDOM
R_work	0.20605	-	-	-
obs	0.20623	164209	97.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.625 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0.15 Å²	-0 Å²
2-	-	0.3 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→111.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12337	0	0	703	13040

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	12643
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	11917
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.724	1.966	17226
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.019	3	27537
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.403	5	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.421	24.335	526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.299	15	2038
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.682	15	61
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	14109
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2524
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.044	1.668	6434
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.044	1.667	6433
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.694	2.493	8032
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.694	2.493	8033
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.401	1.837	6209
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.401	1.837	6210
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.245	2.694	9188
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.765	20.26	14115
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.722	20.08	13989
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数
1	1	A	24218
1	2	B	24218
2	1	A	24242
2	2	C	24242
3	1	A	24384
3	2	D	24384
4	1	B	24280
4	2	C	24280
5	1	B	24222
5	2	D	24222
6	1	C	24378
6	2	D	24378

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.277	117	-
R_work	0.298	12111	-
obs	-	-	97.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1263	-0.8474	0.1534	1.2944	-0.3698	0.2796	0.1012	0.3072	-0.0273	-0.2421	-0.1134	-0.0231	0.0402	0.0434	0.0122	0.1656	0.005	0.0086	0.179	-0.0204	0.0732	-94.5247	208.1417	-50.7404
2	1.0084	0.1466	-0.041	2.6123	-0.0926	0.5457	0.0252	-0.127	-0.0396	0.1581	-0.0498	-0.4587	-0.0012	0.1	0.0246	0.1505	0.0105	-0.0275	0.2066	0.0141	0.0809	-86.7896	190.6412	29.5817
3	0.9865	-0.0303	-0.0453	0.7786	-0.0421	0.6041	0.0018	0.0821	-0.0091	-0.0095	0.0092	-0.1731	0.0103	0.181	-0.011	0.0143	0.0086	-0.0049	0.0666	-0.0125	0.0426	-68.5074	186.1898	-20.7128
4	0.9278	0.0435	-0.0825	0.8144	-0.1488	0.6588	-0.0062	0.0674	0.0516	0.0088	0.0083	-0.1515	-0.0667	0.1746	-0.0021	0.0263	-0.0133	-0.0102	0.0601	-0.0081	0.0391	-70.8453	208.7183	-20.6322
5	0.7996	-0.0292	0.099	0.7455	-0.1494	0.6062	-0.0059	0.0097	0.1695	0.0118	0.0068	-0.0719	-0.1251	0.1071	-0.001	0.0375	-0.0255	0.0013	0.0224	-0.0045	0.0453	-83.8199	227.2429	-20.5958
6	0.5965	0.0851	-0.0786	0.8616	-0.386	0.7094	0.0093	-0.0441	0.1611	0.046	-0.0062	0.0061	-0.144	0.0039	-0.003	0.041	-0.0006	-0.002	0.0033	-0.0119	0.0442	-104.4622	236.6421	-20.7704

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	382 - 435
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	382 - 435
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	382 - 435
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	382 - 436
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	243 - 288
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	243 - 288
7	X-RAY DIFFRACTION	2	C	243 - 288
8	X-RAY DIFFRACTION	2	D	243 - 288
9	X-RAY DIFFRACTION	3	A	29 - 242
10	X-RAY DIFFRACTION	3	A	289 - 381
11	X-RAY DIFFRACTION	4	B	29 - 242
12	X-RAY DIFFRACTION	4	B	289 - 381
13	X-RAY DIFFRACTION	5	C	29 - 242
14	X-RAY DIFFRACTION	5	C	289 - 381
15	X-RAY DIFFRACTION	6	D	28 - 242
16	X-RAY DIFFRACTION	6	D	289 - 381

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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