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- PDB-5nfe: Neutron structure of human transthyretin (TTR) T119M mutant at ro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nfe
タイトルNeutron structure of human transthyretin (TTR) T119M mutant at room temperature to 1.85A resolution
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / transthyretin / prealbumin / homotetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.853 Å
データ登録者Yee, A.W. / Moulin, M. / Blakeley, M.P. / Ostermann, A. / Cooper, J.B. / Haertlein, M. / Mitchell, E.P. / Forsyth, V.T.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilGR/R99393/01 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/C015452/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A molecular mechanism for transthyretin amyloidogenesis.
著者: Yee, A.W. / Aldeghi, M. / Blakeley, M.P. / Ostermann, A. / Mas, P.J. / Moulin, M. / de Sanctis, D. / Bowler, M.W. / Mueller-Dieckmann, C. / Mitchell, E.P. / Haertlein, M. / de Groot, B.L. / ...著者: Yee, A.W. / Aldeghi, M. / Blakeley, M.P. / Ostermann, A. / Mas, P.J. / Moulin, M. / de Sanctis, D. / Bowler, M.W. / Mueller-Dieckmann, C. / Mitchell, E.P. / Haertlein, M. / de Groot, B.L. / Boeri Erba, E. / Forsyth, V.T.
履歴
登録2017年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1342
ポリマ－28,1342
非ポリマー00
水68538
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin

A: Transthyretin
B: Transthyretin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2674
ポリマ－56,2674
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.710, 86.320, 65.338
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 14066.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / プラスミド: pET-M11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.9M sodium malonate pD5.9, 40mg/ml protein

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
22931
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
NUCLEAR REACTORFRM II BIODIFF12.67
シンクロトロンESRF ID30B20.9763
検出器
タイプID検出器日付
BIODIFF1IMAGE PLATE2016年9月8日
DECTRIS PILATUS 6M-F2PIXEL2016年10月4日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMneutron1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
12.671
20.97631
反射

Entry-ID: 5NFE / Num. obs: 19760

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsRpim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.85-43.6190.620.1640.13613.7
1.85-33.4997.34.40.0470.025227.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.85-1.91.70.5261.212780.499183.7
1.85-1.954.30.06216.730590.033299.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
XDSデータ削減
HKL-2000データスケーリング
SCALAデータスケーリング
Cootモデル構築
REFMAC位相決定
精密化

交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 5CM1

5cm1

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)SU MLσ(F)位相誤差
1.853-43.16X-RAY DIFFRACTION0.19410.16480.167720912089610.0196.340.161.9917.58
1.85-33.485NEUTRON DIFFRACTION0.25360.21320.21731975197441090.690.2322.81
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.853→43.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1794 0 0 38 1832
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0144043
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5487226
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3371959
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009780
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0144043
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.5487226
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3371959
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082288
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.009780
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8529-1.8960.23571370.17271237X-RAY DIFFRACTION97
1.896-1.94340.21591400.15471246X-RAY DIFFRACTION99
1.9434-1.9960.19381390.14741253X-RAY DIFFRACTION98
1.996-2.05470.18231370.14421252X-RAY DIFFRACTION97
2.0547-2.1210.17541350.14691211X-RAY DIFFRACTION95
2.121-2.19680.20491410.1471272X-RAY DIFFRACTION99
2.1968-2.28480.17261410.15111257X-RAY DIFFRACTION99
2.2848-2.38880.19181380.15131252X-RAY DIFFRACTION98
2.3888-2.51470.20711410.16461255X-RAY DIFFRACTION97
2.5147-2.67220.18631410.16981280X-RAY DIFFRACTION98
2.6722-2.87850.22031400.17141254X-RAY DIFFRACTION96
2.8785-3.16810.23981340.18061209X-RAY DIFFRACTION93
3.1681-3.62630.20311410.16051276X-RAY DIFFRACTION96
3.6263-4.5680.16451420.15021271X-RAY DIFFRACTION96
4.568-43.17170.18481440.19321280X-RAY DIFFRACTION90
1.8503-1.89660.34691280.31591151NEUTRON DIFFRACTION84
1.8966-1.94790.28821310.25991175NEUTRON DIFFRACTION86
1.9479-2.00520.29351300.25191180NEUTRON DIFFRACTION85
2.0052-2.06990.29251320.23031187NEUTRON DIFFRACTION87
2.0699-2.14390.26451360.21691215NEUTRON DIFFRACTION89
2.1439-2.22970.2431370.21951232NEUTRON DIFFRACTION89
2.2297-2.33120.25321370.21911239NEUTRON DIFFRACTION89
2.3312-2.4540.24521420.21691283NEUTRON DIFFRACTION93
2.454-2.60770.24671470.20421311NEUTRON DIFFRACTION94
2.6077-2.8090.24711460.19931333NEUTRON DIFFRACTION96
2.809-3.09150.30131550.20131381NEUTRON DIFFRACTION97
3.0915-3.53840.21761520.18571372NEUTRON DIFFRACTION97
3.5384-4.45630.19861510.15661355NEUTRON DIFFRACTION94
4.4563-33.49060.20511510.19471355NEUTRON DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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