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万見
- PDB-5nf8: Solution structure of detergent-solubilized Rcf1, a yeast mitocho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nf8
タイトルSolution structure of detergent-solubilized Rcf1, a yeast mitochondrial inner membrane protein involved in respiratory Complex III/IV supercomplex formation
要素Respiratory supercomplex factor 1, mitochondrial
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Homodimer / solution structure / Charged dimer interface
機能・相同性
機能・相同性情報


: / regulation of proton transport / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / mitochondrial respirasome assembly / mitochondrial membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
: / Hypoxia induced protein, domain / Hypoxia induced protein conserved region / HIG1 domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Respiratory supercomplex factor 1, mitochondrial / Respiratory supercomplex factor 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Zhou, S. / Pettersson, P. / Sjoholm, J. / Sjostrand, D. / Hogbom, M. / Brzezinski, P. / Maler, L. / Adelroth, P.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Solution NMR structure of yeast Rcf1, a protein involved in respiratory supercomplex formation.
著者: Zhou, S. / Pettersson, P. / Huang, J. / Sjoholm, J. / Sjostrand, D. / Pomes, R. / Hogbom, M. / Brzezinski, P. / Maler, L. / Adelroth, P.
履歴
登録2017年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Respiratory supercomplex factor 1, mitochondrial
B: Respiratory supercomplex factor 1, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7772
ポリマ－40,7772
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1860 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area27560 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Respiratory supercomplex factor 1, mitochondrial / Altered inheritance of mitochondria protein 31


分子量: 20388.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RCF1, AIM31, SCRG_01865 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: B3LLM2, UniProt: Q03713*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-15N HSQC
232isotropic13D HN(CA)CB
242isotropic23D HN(COCA)CB
252isotropic13D HNCO
262isotropic13D HN(CA)CO
272isotropic13D HNCA
282isotropic13D HN(CO)CA
292isotropic13D N-NOESY-HSQC
3103isotropic13D (H)CCH-TOCSY
3113isotropic13D CC(CO)NH
3123isotropic13D H(CCO)NH
3133isotropic12D 1H-13C HSQC
3143isotropic13D N-NOESY-HSQC
3153isotropic13D C-NOESY-HSQC
4164isotropic12D 1H-13C HSQC
4174isotropic13D N-NOESY-HSQC
4184isotropic13D C-NOESY-HSQC
5195isotropic12D 1H-13C HSQC
5205isotropic13D C-NOESY-HSQC
6216isotropic13D F1-13C/15N-filtered, F3-15N-edited-NOESY-HSQC
6226isotropic13D F1-13C/15N-filtered, F3-13C-edited-NOESY-HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
micelle10.4 mM [U-15N] rcf1, 90% H2O/10% D2O15N_rcf190% H2O/10% D2O
micelle20.4 mM [U-13C; U-15N; U-2H] rcf1, 90% H2O/10% D2O13C, 15N, 2H_rcf190% H2O/10% D2O
micelle30.4 mM [U-13C; U-15N] rcf1, 90% H2O/10% D2O13C, 15N_rcf190% H2O/10% D2O
micelle40.4 mM [U-13C; U-15N; 50% U-2H] rcf1, 90% H2O/10% D2O50%-2H, 13C, 15N_rcf190% H2O/10% D2O
micelle50.4 mM [U-15N; U-2H; 99%-1HD, 13CD-IL; 99%-1HG, 13CG-V] rcf1, 90% H2O/10% D2O2H, 15N, IVL-13C_rcf190% H2O/10% D2O
micelle60.4 mM [U-50% 13C; U-50% 15N; U-50% 12C; U-50% 14N] rcf1, 90% H2O/10% D2O50% 13C, 15N; 50% 12C, 14N_rcf190% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMrcf1[U-15N]1
0.4 mMrcf1[U-13C; U-15N; U-2H]2
0.4 mMrcf1[U-13C; U-15N]3
0.4 mMrcf1[U-13C; U-15N; 50% U-2H]4
0.4 mMrcf1[U-15N; U-2H; 99%-1HD, 13CD-IL; 99%-1HG, 13CG-V]5
0.4 mMrcf1[U-50% 13C; U-50% 15N; U-50% 12C; U-50% 14N]6
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
10 Not definedconditions_151 Pa323 K
20 Not definedconditions_251 Pa323 K
30 Not definedconditions_351 Pa323 K
40 Not definedconditions_451 Pa323 K
50 Not definedconditions_551 Pa323 K
60 Not definedconditions_651 Pa323 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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