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- PDB-5ndx: The bacterial orthologue of Human a-L-iduronidase does not need N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ndx
タイトルThe bacterial orthologue of Human a-L-iduronidase does not need N-glycan post-translational modifications to be catalytically competent: Crystallography and QM/MM insights into Mucopolysaccharidosis I
要素Glycosyl hydrolase
キーワードHYDROLASE / Human a-L-iduronidase / Mucopolysaccharidosis I / Catalytic itinerary / Reaction coordinates / Catalytic mechanism / N-glycosylation site / Rhizobium leguminosarum / Iduronidase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 39 / : / Glycosyl hydrolases family 39 / : / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8U8 / Glyosyl hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium leguminosarum bv. trifolii (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Raich, L. / Valero-Gonzalez, J. / Castro-Lopez, J. / Millan, C. / Jimenez-Garcia, M.J. / Nieto, P. / Uson, I. / Hurtado-Guerrero, R. / Rovira, C.
資金援助 スペイン, 3件
組織認可番号国
MICINNCTQ2013-44367-C2-2-P スペイン
MICINNBFU2016-75633-P スペイン
MICINNCTQ2014-55174 スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The bacterial orthologue of Human a-L-iduronidase does not need N-glycan post-translational modifications to be catalytically competent: Crystallography and QM/MM insights into Mucopolysaccharidosis I.
著者: Raich, L. / Valero-Gonzalez, J. / Castro-Lopez, J. / Millan, C. / Jimenez-Garcia, M.J. / Nieto, P. / Uson, I. / Hurtado-Guerrero, R. / Rovira, C.
履歴
登録2017年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,64014
ポリマ－68,8791
非ポリマー1,76113
水6,918384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area23190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.028, 173.028, 156.687
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-702-

SO4

21A-702-

SO4

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要素

#1: タンパク質 Glycosyl hydrolase / Iduronidase


分子量: 68879.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This enzyme is the inactive mutant Glu146Gln of Rhizobium leguminosarum Iduronidase
由来: (組換発現) Rhizobium leguminosarum bv. trifolii (根粒菌)
遺伝子: BAE36_24485 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B8R7L2
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-8U8 / (2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-6-(4-methyl-2-oxidanylidene-chromen-7-yl)oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid / 2-オキソ-4-メチル-2H-1-ベンゾピラン-7-イルα-L-イドピラノシドウロン酸


分子量: 352.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16O9
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1 M succinic acid, 1% PEG 2000 MME and 100 mM HEPES pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 70222 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 22.2 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.013 / Net I/σ(I): 38.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 22.5 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Rpim(I) all: 0.137 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: See our manuscript for the template

解像度: 2.2→149.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 5.414 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17499 1939 2.8 %RANDOM
Rwork0.15865 ---
obs0.15913 68241 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.533 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.05 Å2-0.53 Å20 Å2
2---1.05 Å20 Å2
3---3.41 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→149.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4721 0 105 384 5210
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0194974
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9081.9866789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.083.00310600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.355614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.12222.636220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.49615767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3731546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2746
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021134
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3723.5932432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3663.5912431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.765.3733039
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.765.3753040
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0714.0682540
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0714.0682540
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.795.9813742
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.52844.6565689
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.52844.6485687
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 124 -
Rwork0.19 4984 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.8043 Å / Origin y: 74.0566 Å / Origin z: 1.1474 Å
111213212223313233
T0.0201 Å20.0063 Å20.0092 Å2-0.1539 Å20.0264 Å2--0.0503 Å2
L0.5603 °2-0.0538 °2-0.1662 °2-0.0852 °2-0.0022 °2--0.0732 °2
S0.0009 Å °-0.1161 Å °-0.0143 Å °-0.04 Å °0.0083 Å °-0.0168 Å °0.007 Å °-0.0132 Å °-0.0092 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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