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- PDB-5nc8: Shewanella denitrificans Kef CTD in AMP bound form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nc8
タイトルShewanella denitrificans Kef CTD in AMP bound form
要素Potassium efflux system protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / KTN/RCK domain / Kef / AMP / Potassium efflux
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / antiporter activity / proton transmembrane transport / potassium ion transport / nucleotide binding / membrane
類似検索 - 分子機能
K+/H+ exchanger / Sodium/solute symporter superfamily / TrkA-N domain / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...K+/H+ exchanger / Sodium/solute symporter superfamily / TrkA-N domain / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Potassium efflux system protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella denitrificans OS217 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Pliotas, C. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Adenosine Monophosphate Binding Stabilizes the KTN Domain of the Shewanella denitrificans Kef Potassium Efflux System.
著者: Pliotas, C. / Grayer, S.C. / Ekkerman, S. / Chan, A.K.N. / Healy, J. / Marius, P. / Bartlett, W. / Khan, A. / Cortopassi, W.A. / Chandler, S.A. / Rasmussen, T. / Benesch, J.L.P. / Paton, R.S. ...著者: Pliotas, C. / Grayer, S.C. / Ekkerman, S. / Chan, A.K.N. / Healy, J. / Marius, P. / Bartlett, W. / Khan, A. / Cortopassi, W.A. / Chandler, S.A. / Rasmussen, T. / Benesch, J.L.P. / Paton, R.S. / Claridge, T.D.W. / Miller, S. / Booth, I.R. / Naismith, J.H. / Conway, S.J.
履歴
登録2017年3月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium efflux system protein
B: Potassium efflux system protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5844
ポリマ－52,8902
非ポリマー6942
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area15200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.600, 71.600, 140.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 407 - 569 / Label seq-ID: 28 - 190

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Potassium efflux system protein


分子量: 26444.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella denitrificans OS217 (バクテリア)
遺伝子: Sden_0368 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12SB3
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M sodium malonate pH7.0 20% w/v PEG 3350 / PH範囲: 7.0-7.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→47.62 Å / Num. obs: 6976 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 3.09→3.17 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.651 / Num. unique obs: 425 / % possible all: 85.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EYW containing residues 410 - 570 (omitting all water molecules and ligands with non-conserved residues set to alanine)

3eyw


解像度: 3.09→29.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 46.579 / SU ML: 0.386 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.505 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26042 318 4.6 %RANDOM
Rwork0.2029 ---
obs0.20536 6658 97.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 93.541 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.51 Å20 Å20 Å2
2--4.51 Å2-0 Å2
3----9.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.09→29.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2448 0 46 0 2494
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192540
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022451
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5581.9763444
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97135597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0025313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.6923.621116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.44615415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7881518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02605
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9002 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.09→3.17 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 21 -
Rwork0.298 399 -
obs--84.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.58414.953-2.687816.9774-10.28628.18990.3931-0.7870.03320.1089-1.34940.21640.67740.14030.95630.4193-0.58620.1381.03530.0910.84364.030220.696615.6275
22.4651-4.18681.26729.94080.60244.1159-0.2433-0.6135-0.18680.71970.9008-0.24770.2950.3987-0.65750.1870.0388-0.03680.98510.09380.38865.122319.943720.7729
37.4661-1.06222.49867.1207-0.83018.50680.0117-0.5509-0.63980.4927-0.16960.1770.6701-0.39670.15790.1029-0.03140.0780.07390.11670.47592.664611.017214.4346
47.20280.49791.032119.8081-2.99968.1256-0.2466-0.1916-0.44020.5777-0.3520.50630.7234-0.55880.59860.1458-0.1160.05280.18260.00320.4288-6.5159.30979.4255
52.17971.8295-0.697410.9495-1.84240.5657-0.15320.28620.0502-0.6170.14830.1582-0.0861-0.16190.00490.28120.0646-0.08150.096-0.02120.26412.289129.7711-0.4734
62.55615.2306-0.095518.85366.25825.6085-0.13270.03540.2433-0.39450.32210.2967-0.3069-0.0255-0.18940.22950.0231-0.03190.27020.02430.3235-4.17735.8909-3.8927
716.44561.16890.39621.4852.674516.94350.32830.8183-0.63790.1031-0.6476-0.2163-0.1416-0.31650.31920.16410.0660.00030.3655-0.06630.2874-9.10719.9099-11.5418
89.23444.597-2.292310.31980.88772.0378-0.07330.73490.2808-1.02210.0599-0.1531-0.4205-0.03680.01340.2898-0.0301-0.03260.1350.03060.240512.87336.6289-6.8346
915.1011-6.02170.36524.46921.90237.60440.26730.6223-0.2044-0.805-0.2804-0.07720.04760.34180.0130.3968-0.01650.01080.17390.07490.250711.807937.3061-10.9574
106.1482-5.51693.18510.4119-2.88941.8846-0.0830.02550.5489-1.0142-0.1694-0.2054-0.3665-0.11380.25240.8118-0.06030.13940.6364-0.04230.519523.050137.6069-12.841
116.96582.358-0.3857.8021-2.788110.8915-0.32770.24270.123-0.46360.2116-0.6027-0.29110.52490.11610.0663-0.06130.0920.0677-0.0920.334521.690240.35332.1764
1210.50464.1016-2.2434.1767-1.8981.1510.01120.467-0.2277-0.0635-0.02180.1154-0.0652-0.27970.01060.06380.086-0.05260.2953-0.09850.2966-0.163830.73111.2099
1314.39223.4046-0.35541.8049-1.86883.68720.4455-0.38350.42940.0759-0.28880.1507-0.10940.07-0.15660.21310.07840.00090.2426-0.06350.34773.179337.423817.63
143.64184.96192.499910.02521.46292.8772-0.35880.3334-0.4509-0.76220.8668-0.2905-0.04440.0106-0.5080.40680.07430.03280.39840.01760.316321.43737.258220.6688
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A407 - 421
2X-RAY DIFFRACTION2A422 - 443
3X-RAY DIFFRACTION3A444 - 488
4X-RAY DIFFRACTION4A489 - 501
5X-RAY DIFFRACTION5A502 - 546
6X-RAY DIFFRACTION6A547 - 563
7X-RAY DIFFRACTION7A564 - 569
8X-RAY DIFFRACTION8B407 - 421
9X-RAY DIFFRACTION9B422 - 441
10X-RAY DIFFRACTION10B442 - 464
11X-RAY DIFFRACTION11B465 - 518
12X-RAY DIFFRACTION12B519 - 546
13X-RAY DIFFRACTION13B547 - 564
14X-RAY DIFFRACTION14B565 - 570

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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