PDB-5nc8: Shewanella denitrificans Kef CTD in AMP bound form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nc8

タイトル

Shewanella denitrificans Kef CTD in AMP bound form

要素

Potassium efflux system protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / KTN/RCK domain / Kef / AMP / Potassium efflux

機能・相同性

機能・相同性情報

: / potassium ion transport / membrane => GO:0016020 / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella denitrificans OS217 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.09 Å

データ登録者

Pliotas, C. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Adenosine Monophosphate Binding Stabilizes the KTN Domain of the Shewanella denitrificans Kef Potassium Efflux System.
著者: Pliotas, C. / Grayer, S.C. / Ekkerman, S. / Chan, A.K.N. / Healy, J. / Marius, P. / Bartlett, W. / Khan, A. / Cortopassi, W.A. / Chandler, S.A. / Rasmussen, T. / Benesch, J.L.P. / Paton, R.S. ...

履歴

登録	2017年3月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nc8.cif.gz	143.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nc8.ent.gz	112 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nc8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5nc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5nc8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3eywS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4oth-d 2xns-1 6bdy-d 3k17-3 4fzr-d 3ubt-3 4k9h-3 7c0x-2 5t8q-2 1t6e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (3) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#38 - 2003年2月
カリウムチャネル (Potassium Channels)
類似性 (3)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Potassium efflux system protein

B: Potassium efflux system protein

ヘテロ分子

53.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.600, 71.600, 140.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 407 - 569 / Label seq-ID: 28 - 190

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Potassium efflux system protein 分子量: 26444.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella denitrificans OS217 (バクテリア) 遺伝子: Sden_0368 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12SB3
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M sodium malonate pH7.0 20% w/v PEG 3350 / PH範囲: 7.0-7.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.09→47.62 Å / Num. obs: 6976 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 3.09→3.17 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.651 / Num. unique obs: 425 / % possible all: 85.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
xia2		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EYW containing residues 410 - 570 (omitting all water molecules and ligands with non-conserved residues set to alanine)

3eyw

解像度: 3.09→29.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.867 / SU B: 46.579 / SU ML: 0.386 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.505 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26042	318	4.6 %	RANDOM
R_work	0.2029	-	-	-
obs	0.20536	6658	97.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 93.541 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.51 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.51 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-9.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.09→29.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2448	0	46	0	2494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	2540
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	2451
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.558	1.976	3444
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.971	3	5597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.002	5	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.69	23.621	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.446	15	415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.788	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.159	0.2	393
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2871
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	605
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9002 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 3.09→3.17 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	21	-
R_work	0.298	399	-
obs	-	-	84.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5841	4.953	-2.6878	16.9774	-10.2862	8.1899	0.3931	-0.787	0.0332	0.1089	-1.3494	0.2164	0.6774	0.1403	0.9563	0.4193	-0.5862	0.138	1.0353	0.091	0.8436	4.0302	20.6966	15.6275
2	2.4651	-4.1868	1.2672	9.9408	0.6024	4.1159	-0.2433	-0.6135	-0.1868	0.7197	0.9008	-0.2477	0.295	0.3987	-0.6575	0.187	0.0388	-0.0368	0.9851	0.0938	0.3886	5.1223	19.9437	20.7729
3	7.4661	-1.0622	2.4986	7.1207	-0.8301	8.5068	0.0117	-0.5509	-0.6398	0.4927	-0.1696	0.177	0.6701	-0.3967	0.1579	0.1029	-0.0314	0.078	0.0739	0.1167	0.4759	2.6646	11.0172	14.4346
4	7.2028	0.4979	1.0321	19.8081	-2.9996	8.1256	-0.2466	-0.1916	-0.4402	0.5777	-0.352	0.5063	0.7234	-0.5588	0.5986	0.1458	-0.116	0.0528	0.1826	0.0032	0.4288	-6.515	9.3097	9.4255
5	2.1797	1.8295	-0.6974	10.9495	-1.8424	0.5657	-0.1532	0.2862	0.0502	-0.617	0.1483	0.1582	-0.0861	-0.1619	0.0049	0.2812	0.0646	-0.0815	0.096	-0.0212	0.2641	2.2891	29.7711	-0.4734
6	2.5561	5.2306	-0.0955	18.8536	6.2582	5.6085	-0.1327	0.0354	0.2433	-0.3945	0.3221	0.2967	-0.3069	-0.0255	-0.1894	0.2295	0.0231	-0.0319	0.2702	0.0243	0.3235	-4.177	35.8909	-3.8927
7	16.4456	1.1689	0.396	21.485	2.6745	16.9435	0.3283	0.8183	-0.6379	0.1031	-0.6476	-0.2163	-0.1416	-0.3165	0.3192	0.1641	0.066	0.0003	0.3655	-0.0663	0.2874	-9.107	19.9099	-11.5418
8	9.2344	4.597	-2.2923	10.3198	0.8877	2.0378	-0.0733	0.7349	0.2808	-1.0221	0.0599	-0.1531	-0.4205	-0.0368	0.0134	0.2898	-0.0301	-0.0326	0.135	0.0306	0.2405	12.873	36.6289	-6.8346
9	15.1011	-6.0217	0.3652	4.4692	1.9023	7.6044	0.2673	0.6223	-0.2044	-0.805	-0.2804	-0.0772	0.0476	0.3418	0.013	0.3968	-0.0165	0.0108	0.1739	0.0749	0.2507	11.8079	37.3061	-10.9574
10	6.1482	-5.5169	3.185	10.4119	-2.8894	1.8846	-0.083	0.0255	0.5489	-1.0142	-0.1694	-0.2054	-0.3665	-0.1138	0.2524	0.8118	-0.0603	0.1394	0.6364	-0.0423	0.5195	23.0501	37.6069	-12.841
11	6.9658	2.358	-0.385	7.8021	-2.7881	10.8915	-0.3277	0.2427	0.123	-0.4636	0.2116	-0.6027	-0.2911	0.5249	0.1161	0.0663	-0.0613	0.092	0.0677	-0.092	0.3345	21.6902	40.3533	2.1764
12	10.5046	4.1016	-2.243	4.1767	-1.898	1.151	0.0112	0.467	-0.2277	-0.0635	-0.0218	0.1154	-0.0652	-0.2797	0.0106	0.0638	0.086	-0.0526	0.2953	-0.0985	0.2966	-0.1638	30.731	11.2099
13	14.3922	3.4046	-0.3554	1.8049	-1.8688	3.6872	0.4455	-0.3835	0.4294	0.0759	-0.2888	0.1507	-0.1094	0.07	-0.1566	0.2131	0.0784	0.0009	0.2426	-0.0635	0.3477	3.1793	37.4238	17.63
14	3.6418	4.9619	2.4999	10.0252	1.4629	2.8772	-0.3588	0.3334	-0.4509	-0.7622	0.8668	-0.2905	-0.0444	0.0106	-0.508	0.4068	0.0743	0.0328	0.3984	0.0176	0.3163	21.437	37.2582	20.6688

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	407 - 421
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	422 - 443
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	444 - 488
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	489 - 501
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	502 - 546
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	547 - 563
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	564 - 569
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	407 - 421
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	422 - 441
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	442 - 464
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	465 - 518
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	519 - 546
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	547 - 564
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	565 - 570

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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