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- PDB-5nai: mono-Zinc VIM-5 metallo-beta-lactamase in complex with (1-chloro-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nai
タイトルmono-Zinc VIM-5 metallo-beta-lactamase in complex with (1-chloro-4-hydroxyisoquinoline-3-carbonyl)-D-tryptophan (Compound 1)
要素Class B metallo-beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / metallo-beta-lactamase / inhibitor / complex / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-93W / FLUORIDE ION / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Li, G.-B. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2017
タイトル: Crystallographic analyses of isoquinoline complexes reveal a new mode of metallo-beta-lactamase inhibition.
著者: Li, G.B. / Brem, J. / Lesniak, R. / Abboud, M.I. / Lohans, C.T. / Clifton, I.J. / Yang, S.Y. / Jimenez-Castellanos, J.C. / Avison, M.B. / Spencer, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2017年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class B metallo-beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8378
ポリマ－28,1001
非ポリマー7367
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area620 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area9520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.553, 67.555, 40.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Class B metallo-beta-lactamase / Meta-beta-carbapenem / Metallo-beta-lactamase


分子量: 28100.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaVIM-5 / プラスミド: open vector based / 詳細 (発現宿主): plasmid derived / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GKX2

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非ポリマー , 5種, 285分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-93W / (2~{R})-2-[(1-chloranyl-4-oxidanyl-isoquinolin-3-yl)carbonylamino]-3-(1~{H}-indol-3-yl)propanoic acid


分子量: 409.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H16ClN3O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド


分子量: 18.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.48 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium fluoride, 0.1 M Bis-Tris propane, 20% (w/v) Polyethylene glycol 3350, pH=8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→50 Å / Num. obs: 74624 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.15→1.19 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.15 Å40.05 Å
Translation1.15 Å40.05 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A87

5a87


解像度: 1.15→3.89 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 14.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.141 1950 2.69 %
Rwork0.131 --
obs0.131 72606 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→3.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1713 0 40 278 2031
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6840.0023-0.64965.42870.95142.3244-0.0187-0.0128-0.12820.1436-0.15060.43820.1928-0.24490.17080.1295-0.02220.02660.1942-0.02360.20213.5907-8.70437.9717
21.4389-0.3464-0.14212.9584-0.52631.9457-0.02180.05360.0064-0.00350.02660.06550.0543-0.04090.00530.0906-0.007-0.00140.1083-0.00620.113710.9208-5.82462.4834
34.3679-3.71340.44364.92190.33612.0851-0.00290.0739-0.27940.0285-0.0030.38590.1009-0.28810.01890.1323-0.02960.00060.1820.0030.16763.3756-8.5-3.4842
41.10120.37180.03421.0267-0.00821.1096-0.03460.0998-0.0366-0.06360.048-0.06270.0350.0192-0.01850.1345-0.0030.00370.13760.00170.131121.1708-2.0654-4.4392
51.98520.55510.61820.7674-0.34962.2592-0.0617-0.05610.12970.04260.0303-0.0724-0.08450.08870.05130.1239-0.00690.00310.13330.00020.136522.79895.13134.2613
61.0390.80260.06490.6975-0.31741.7524-0.0127-0.05990.02470.127-0.0124-0.06950.01150.05920.0220.14640.0020.00660.1347-0.01650.135518.8267-1.149611.4556
78.1002-4.4302-0.87032.59161.14943.07560.0003-0.44690.44530.3295-0.0184-0.4088-0.16560.22570.09050.1874-0.0369-0.01430.2006-0.00360.17427.30943.993815.6001
81.73131.3160.07945.30950.73141.86130.0727-0.25770.25130.1736-0.06380.1628-0.101-0.11780.00460.14890.010.00570.1747-0.02910.152513.03711.896914.2338
95.9621-0.29741.56254.7285-0.91665.89570.0714-0.2115-0.06280.0675-0.1617-0.24840.21060.24330.09110.1683-0.00550.00350.16710.00510.119323.7447-3.464521.578
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 31 THROUGH 52 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 53 THROUGH 88 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 89 THROUGH 102 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 103 THROUGH 163 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 164 THROUGH 183 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 184 THROUGH 215 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 216 THROUGH 229 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 230 THROUGH 245 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'A' AND (RESID 246 THROUGH 261 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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