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- PDB-5n9i: STRUCTURE OF 206-GVVTSE-211, THE STERIC ZIPPER THAT SUPPORTS THE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n9i
タイトルSTRUCTURE OF 206-GVVTSE-211, THE STERIC ZIPPER THAT SUPPORTS THE SELF-ASSOCIATION OF P. STUARTII OMP-PST1 INTO DIMERS OF TRIMERS
要素Porin 1
キーワードCELL ADHESION / STERIC-ZIPPER / PORIN / MICRO-CRYSTAL / SELF-ASSOCIATION
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / : / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Providencia stuartii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Colletier, J.P. / Nasrallah, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-15-CE18-0005-02 フランス
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Porin self-association enables cell-to-cell contact in
著者: El-Khatib, M. / Nasrallah, C. / Lopes, J. / Tran, Q.T. / Tetreau, G. / Basbous, H. / Fenel, D. / Gallet, B. / Lethier, M. / Bolla, J.M. / Pages, J.M. / Vivaudou, M. / Weik, M. / Winterhalter, M. / Colletier, J.P.
履歴
登録2017年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Porin 1
B: Porin 1
C: Porin 1
D: Porin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,3624
ポリマ－2,3624
非ポリマー00
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area500 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area2930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)4.800, 16.910, 45.450
Angle α, β, γ (deg.)90.05, 90.01, 90.05
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Porin 1


分子量: 590.624 Da / 分子数: 4 / 断片: DIMERIZATION DOMAIN, UNP residues 228-233 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Providencia stuartii (バクテリア) / 参照: UniProt: E3U904
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.9 % / 解説: Needles
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 2.5 M AMONIUM SULFATE, 0.1 M ACID CITRIC PH4 / PH範囲: 4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.298
11-h,-k,l20.198
11h,-k,-l30.288
11-H, K, -L40.216
反射解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 1076 / % possible obs: 96.66 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 15.748 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.1197 / Rpim(I) all: 0.1088 / Rrim(I) all: 0.1623 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 1.91→1.979 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1879 / Mean I/σ(I) obs: 3.24 / Num. unique obs: 122 / CC1/2: 0.973 / Rpim(I) all: 0.169 / Rrim(I) all: 0.2535 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: a canonical beta-sheet

解像度: 1.91→45.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.112 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2059 168 15.9 %RANDOM
Rwork0.14735 ---
obs0.15705 890 92.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.675 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.24 Å215.14 Å2-15.62 Å2
2--24.21 Å2-0.38 Å2
3----16.97 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.91→45.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数164 0 0 18 182
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02160
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2292.026216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.322520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg56.565304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.1741524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.906→1.956 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.532 10 -
Rwork0.208 88 -
obs--96.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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