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- PDB-5n9g: TFIIIB -TBP/Brf2/DNA and SANT domain of Bdp1- -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n9g
タイトルTFIIIB -TBP/Brf2/DNA and SANT domain of Bdp1-
要素
  • (Transcription factor ...) x 2
  • DNA/RNA (25-MER)
  • DNA/RNA (27-MER)
  • TATA-box-binding protein
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription preinitiation complex assembly / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / TFIIIC-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter ...transcription preinitiation complex assembly / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / TFIIIC-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / male pronucleus / female pronucleus / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / transcription preinitiation complex / RNA Polymerase I Transcription Termination / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase I Transcription Initiation / aryl hydrocarbon receptor binding / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / transcription factor TFIID complex / TFIIB-class transcription factor binding / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / male germ cell nucleus / DNA-templated transcription initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / euchromatin / mRNA transcription by RNA polymerase II / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / cellular response to oxidative stress / spermatogenesis / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / enzyme binding / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor TFIIIB component B'', Myb domain / Myb DNA-binding like / TATA-Binding Protein / Transcription factor TFIIB / Zinc finger TFIIB-type profile. / Cyclin-like / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-Binding Protein ...Transcription factor TFIIIB component B'', Myb domain / Myb DNA-binding like / TATA-Binding Protein / Transcription factor TFIIB / Zinc finger TFIIB-type profile. / Cyclin-like / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / Cyclin A; domain 1 / TBP domain superfamily / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Cyclin-like superfamily / Homeobox-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / Transcription factor TFIIIB component B'' homolog / TATA-box-binding protein / Transcription factor IIIB 50 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Gouge, J. / Vannini, A. / Guthertz, N.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K014390/1 英国
Cancer Research UKC47547/A21536 英国
Wellcome Trust200818/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Molecular mechanisms of Bdp1 in TFIIIB assembly and RNA polymerase III transcription initiation.
著者: Gouge, J. / Guthertz, N. / Kramm, K. / Dergai, O. / Abascal-Palacios, G. / Satia, K. / Cousin, P. / Hernandez, N. / Grohmann, D. / Vannini, A.
履歴
登録2017年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor IIIB 50 kDa subunit
B: TATA-box-binding protein
C: Transcription factor TFIIIB component B'' homolog
D: DNA/RNA (27-MER)
E: DNA/RNA (25-MER)
F: Transcription factor IIIB 50 kDa subunit
G: TATA-box-binding protein
H: Transcription factor TFIIIB component B'' homolog
I: DNA/RNA (27-MER)
J: DNA/RNA (25-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,20111
ポリマ－203,17810
非ポリマー231
水5,368298
1
A: Transcription factor IIIB 50 kDa subunit
B: TATA-box-binding protein
C: Transcription factor TFIIIB component B'' homolog
D: DNA/RNA (27-MER)
E: DNA/RNA (25-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,5895
ポリマ－101,5895
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17460 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area31990 Å2
手法PISA
2
F: Transcription factor IIIB 50 kDa subunit
G: TATA-box-binding protein
H: Transcription factor TFIIIB component B'' homolog
I: DNA/RNA (27-MER)
J: DNA/RNA (25-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,6126
ポリマ－101,5895
非ポリマー231
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16890 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area30570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.190, 124.080, 88.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
Transcription factor ... , 2種, 4分子 AFCH

#1: タンパク質 Transcription factor IIIB 50 kDa subunit / hTFIIIB50 / B-related factor 2 / BRF-2 / hBRFU


分子量: 42195.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRF2, BRFU, PRO1470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HAW0
#3: タンパク質 Transcription factor TFIIIB component B'' homolog / Transcription factor IIIB 150 / TFIIIB150 / Transcription factor-like nuclear regulator


分子量: 20414.334 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 241-396 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BDP1, KIAA1241, KIAA1689, TFNR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6H8Y1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BG

#2: タンパク質 TATA-box-binding protein / TATA sequence-binding protein / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription initiation ...TATA sequence-binding protein / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription initiation factor TFIID TBP subunit


分子量: 22589.652 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 159-339 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBP, GTF2D1, TF2D, TFIID / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20226

-
DNA/RNAハイブリッド , 2種, 4分子 DIEJ

#4: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (27-MER)


分子量: 8363.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: based on U6-2 promoter / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#5: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (25-MER)


分子量: 8026.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 2種, 299分子

#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10-16% PEG 8000, 150-200 mM KCl, 100 mM MES pH 6.5, 10-15 mM MgCl2, 1 mM TCEP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.91976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49.04 Å / Num. obs: 47164 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 75.25 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rpim(I) all: 0.161 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.79 Å / 冗長度: 9.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / CC1/2: 0.257 / Rpim(I) all: 1.552 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ROC

4roc


解像度: 2.7→49.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU R Cruickshank DPI: 2.372 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.906 / SU Rfree Blow DPI: 0.308 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.313
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 2368 5.02 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.196 47140 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 86.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.8142 Å20 Å2-3.2874 Å2
2--14.6197 Å20 Å2
3----1.8054 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→49.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9034 2120 1 299 11454
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0111788HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0316368HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4997SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes195HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1460HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11788HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.63
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1527SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13131SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 178 5.09 %
Rwork0.2267 3319 -
all0.2288 3497 -
obs--99.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3174-0.6588-1.59114.4512-1.65575.0583-0.12950.3072-0.05370.35570.08560.2675-0.4677-0.43240.04390.3150.06230.0129-0.2512-0.0126-0.2438-5.077512.80213.1564
21.2618-0.2022-1.00633.6611-1.88923.6182-0.1047-0.0942-0.153-0.36650.19470.49040.5077-0.3535-0.08990.2872-0.06680.0737-0.30340.018-0.2388-5.5595-18.310327.4105
36.2728-0.55553.64671.14271.09551.04580.0405-0.0636-0.20450.13290.01540.01240.14640.1005-0.05590.2002-0.00690.1257-0.1020.1529-0.045316.2106-12.944734.295
41.00551.0477-2.94032.6757-2.32981.9436-0.02440.1972-0.10680.0347-0.0076-0.16430.07350.15510.0319-0.15770.09030.15570.21520.1692-0.128644.4684.48963.7351
53.0898-0.2148-0.57492.0627-0.09362.0694-0.02340.27240.1775-0.2755-0.2859-0.56990.00270.59750.3093-0.03520.03260.078-0.12410.1046-0.126731.974710.247712.6404
62.05052.90640.44411.2816-0.30332.6534-0.0251-0.38160.29740.3102-0.2205-0.14460.07920.48270.24560.23540.0240.039-0.1055-0.0109-0.114616.25967.84629.2304
70.51381.9979-1.08460.8251.66990.4977-0.00370.1603-0.03660.03940.07290.0703-0.05340.0282-0.06920.2425-0.09540.2007-0.28060.0640.0014-2.5503-4.017112.4775
82.0003-2.9796-0.10958.17850.1715.44180.11070.5531-0.5488-0.1393-0.2045-0.4260.0932-0.01630.09380.16080.11280.2292-0.1042-0.0213-0.236431.474-8.4116-0.6219
90.04880.0905-0.16060.17010.56410.18050.0109-0.0172-0.0225-0.01030.00670.0156-0.0009-0.0086-0.01760.1570.02220.0026-0.0582-0.1504-0.10228.329-24.8618-6.0148
103.98540.79620.93521.5353-1.2424.3655-0.20810.540.4679-0.2959-0.12110.1176-0.02530.04720.32920.11920.03720.1289-0.3040.0011-0.232413.26428.7326.0204
111.4982-0.44830.12144.04092.87592.44470.0078-0.1181-0.081-0.12610.0184-0.0787-0.02190.0989-0.02620.2533-0.12530.1434-0.304-0.17190.353112.5895-28.90167.8344
121.5726-3.1624-3.95217.8292.42127.18060.09970.1415-0.4703-0.0061-0.1615-0.07570.0658-0.16030.06170.2129-0.05590.2045-0.304-0.0764-0.064913.0065-15.209111.165
133.88212.36422.70491.7479-0.14022.9706-0.12140.50830.43710.0452-0.25720.4277-0.36830.260.37870.26390.10890.1297-0.23170.1087-0.187214.433717.42173.9536
142.57612.0117-3.2847.64243.0833.7684-0.0625-0.03840.1030.00110.07550.38740.1173-0.2104-0.0130.0963-0.010.05310.0059-0.0333-0.1266-16.434727.784828.8184
150.73720.8848-0.76183.435-1.77131.7888-0.04620.12460.088-0.1370.13230.3011-0.024-0.2254-0.08620.29150.04060.0635-0.2129-0.0149-0.2474-6.613646.844723.672
163.22451.3483-3.61524.9351-2.46666.3386-0.12880.48230.3983-0.0505-0.25670.2376-0.26220.38670.38550.3268-0.0146-0.0203-0.21780.0543-0.29764.291566.73558.8734
171.5328-1.42052.7990.7089-0.50023.15410.1126-0.20610.37560.14890.0754-0.4494-0.29530.1955-0.188-0.0037-0.1712-0.14410.0270.1254-0.095130.536542.57949.5155
181.5187-0.37420.5152.3433-0.14083.04660.034-0.1911-0.10860.1891-0.0014-0.52020.18940.5198-0.03260.02290.00280.0105-0.15390.0312-0.155423.811533.658537.0921
191.64661.4766-1.10411.6082.96911.6644-0.0070.00890.0898-0.0761-0.03680.01580.0424-0.02510.04380.28750.09280.0813-0.12240.0275-0.150122.659636.462814.5272
20-0.03451.7750.42200.77080.3781-0.0681-0.19570.0682-0.0310.1054-0.00720.0890.0683-0.03740.34040.1073-0.0713-0.29340.0242-0.1566-4.775646.480132.5602
211.6649-0.00221.53698.3155-0.98486.7507-0.1037-0.56750.4180.2105-0.0512-0.19950.01440.10750.1549-0.0184-0.1349-0.1284-0.0666-0.1144-0.199821.207851.947755.4131
22-0.1360.13470.37010.21520.45020.4289-0.00590.00890.0011-0.00380.00620.02020.00160.0115-0.00020.0826-0.0053-0.07240.0166-0.04020.002212.52870.095856.3487
233.33110.4251-0.18493.0366-2.08234.68180.0363-0.4843-0.39290.408-0.13340.0289-0.172-0.10510.09710.19080.0592-0.0076-0.304-0.0245-0.28156.773935.486442.4912
240.30130.33920.08282.29572.6520.4015-0.00440.07480.07480.08070.0051-0.0053-0.02120.041-0.00070.33970.1625-0.1117-0.304-0.05350.22285.494673.357340.3531
252.6055-1.3342-0.05976.67372.6723.58420.0232-0.46420.48690.223-0.2746-0.1553-0.3005-0.32540.25140.34460.0993-0.0905-0.3017-0.0635-0.06289.822251.137636.4462
265.0311-3.1826-1.92555.90351.5563-0.4567-0.0027-0.5771-0.3221-0.0565-0.06770.34710.28030.16380.07040.3366-0.0864-0.0439-0.06160.1395-0.33664.922622.616848.6648
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|65 - 165}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|166 - 311}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|312 - 371}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|372 - 406}
5X-RAY DIFFRACTION5{B|157 - 277}
6X-RAY DIFFRACTION6{B|278 - 334}
7X-RAY DIFFRACTION7{C|286 - 295}
8X-RAY DIFFRACTION8{C|296 - 372}
9X-RAY DIFFRACTION9{C|373 - 382}
10X-RAY DIFFRACTION10{D|2 - 23}
11X-RAY DIFFRACTION11{D|24 - 28}
12X-RAY DIFFRACTION12{E|2 - 11}
13X-RAY DIFFRACTION13{E|12 - 26}
14X-RAY DIFFRACTION14{F|65 - 91}
15X-RAY DIFFRACTION15{F|92 - 265}
16X-RAY DIFFRACTION16{F|266 - 312}
17X-RAY DIFFRACTION17{F|355 - 407}
18X-RAY DIFFRACTION18{G|157 - 322}
19X-RAY DIFFRACTION19{G|323 - 334}
20X-RAY DIFFRACTION20{H|287 - 296}
21X-RAY DIFFRACTION21{H|297 - 376}
22X-RAY DIFFRACTION22{H|377 - 384}
23X-RAY DIFFRACTION23{I|2 - 24}
24X-RAY DIFFRACTION24{I|25 - 28}
25X-RAY DIFFRACTION25{J|2 - 15}
26X-RAY DIFFRACTION26{J|16 - 26}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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