PDB-5n9f: Crystal Structure of Drosophila DHX36 helicase in complex with ss...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n9f

タイトル

Crystal Structure of Drosophila DHX36 helicase in complex with ssDNA CpG_A

要素

CG9323, isoform A
DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*C)-3')

キーワード

HYDROLASE / Helicase / DExH / ssDNA

機能・相同性

機能・相同性情報

DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / G-quadruplex DNA unwinding / G-quadruplex DNA binding / DNA helicase activity / helicase activity / G-quadruplex RNA binding / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA helicase / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.969 Å

データ登録者

Chen, W.-F. / Rety, S. / Hai-Lei Guo, H.-L. / Wu, W.-Q. / Liu, N.-N. / Liu, Q.-W. / Dai, Y.-X. / Xi, X.-G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and mechanistic insights into DHX36-mediated innate immunity and G-quadruplex unfolding
著者: Chen, W.-F. / Rety, S. / Hai-Lei Guo, H.-L. / Wu, W.-Q. / Liu, N.-N. / Liu, Q.-W. / Dai, Y.-X. / Xi, X.-G.

履歴

登録	2017年2月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n9f.cif.gz	722.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n9f.ent.gz	594.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n9f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5n9f_validation.pdf.gz	463.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5n9f_full_validation.pdf.gz	496.9 KB	表示
XML形式データ	5n9f_validation.xml.gz	60.6 KB	表示
CIF形式データ	5n9f_validation.cif.gz	80.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/5n9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/5n9f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n8uC 5n8zC 5n9eC 5n8rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5n90-1 5n94-2 5n9a-1 5n9e-1 5n8r-2 5n9d-1 5n9e-2 5n96-1 5n90-2 5n8s-1 5n8r-1 5n8z-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CG9323, isoform A

B: CG9323, isoform A

C: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*C)-3')

D: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*C)-3')

ヘテロ分子

223 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CG9323, isoform A

C: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*C)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CG9323, isoform A

D: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*C)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	306.683, 51.311, 164.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.55, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CG9323, isoform A / CG9323 / isoform B / GH12763p 分子量: 108401.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG9323, Dmel_CG9323 / プラスミド: pTwin1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C2566H / 参照: UniProt: Q8SWT2, EC: 3.6.1.3
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(GPGPGPGPAPCPGPAPTPC)-3') 分子量: 3110.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: part of ssDNA CpG_A / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES monohydrate-imidazole 20mM sodium formate 20mM ammonium acetate 20mM sodium citrate tribasic hydrate 20mM sodium oxamate 20mM potassium sodium tartrate tetrahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.969→67.1 Å / Num. obs: 46639 / % possible obs: 95.36 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 68.15 Å² / CC_1/2: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 2.969→3.075 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.5152 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Num. unique obs: 4799 / CC_1/2: 0.942 / % possible all: 99.23

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11_2563: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5N8R

5n8r

解像度: 2.969→67.1 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.7

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2696	2300	4.93 %	5%
R_work	0.2142	-	-	-
obs	0.2169	46636	95.38 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.969→67.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13744	387	2	0	14133

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	14421
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.681	19544
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.348	8876
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	2195
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2460

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9688-3.0334	0.4076	156	0.3372	2881	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0334-3.1039	0.3636	142	0.2916	2808	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1039-3.1815	0.3284	152	0.2817	2917	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1815-3.2676	0.332	165	0.2797	2776	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2676-3.3637	0.3931	139	0.296	2861	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3637-3.4723	0.33	112	0.2642	2289	X-RAY DIFFRACTION	80
3.4723-3.5964	0.3298	157	0.2536	2864	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5964-3.7404	0.2949	110	0.234	2183	X-RAY DIFFRACTION	76
3.7404-3.9106	0.2744	118	0.2208	2301	X-RAY DIFFRACTION	80
3.9106-4.1167	0.2846	156	0.2099	2835	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1167-4.3746	0.2413	165	0.1838	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3746-4.7123	0.2235	140	0.1748	2922	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7123-5.1864	0.2374	146	0.169	2920	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1864-5.9365	0.2693	136	0.2033	2924	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9365-7.478	0.2268	164	0.2089	2945	X-RAY DIFFRACTION	99
7.478-69.1912	0.2092	142	0.1804	3036	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3834	0.3712	0.3212	0.8178	0.4338	2.5969	0.128	-0.5661	0.1404	-0.0054	0.0075	0.0297	-0.3554	0.4618	-0.139	0.3838	-0.0918	0.0861	0.585	0.0032	0.4079	58.0269	16.5412	53.7967
2	0.3754	-0.3273	-0.6376	1.1498	-0.0929	1.801	-0.1718	-0.4355	-0.3462	0.0201	0.2768	0.7365	-0.4551	-0.318	-0.1106	0.5067	0.0539	0.2236	0.8236	0.0743	0.8081	17.1012	14.2549	64.3991
3	2.1579	-1.0639	-0.8244	0.9388	0.6021	2.2841	0.0007	-0.285	-0.1378	0.0201	0.0527	0.3179	-0.4163	-0.375	-0.0889	0.4601	0.0043	0.0432	0.4436	0.0685	0.4823	32.4228	16.4611	48.2464
4	2.4816	-0.7617	-0.3385	2.8233	0.6636	2.832	0.1194	0.1735	-0.0352	-0.2217	-0.1021	0.2967	-0.1417	-0.1738	-0.0294	0.5294	-0.0512	0.0047	0.2687	0.0481	0.2914	42.3732	12.408	21.5247
5	0.9573	-0.0518	-0.3725	0.9702	-1.1774	4.8125	0.2702	-0.0334	0.206	-0.0514	0.1387	0.127	-0.6743	-0.7642	-0.4189	0.5026	0.0236	0.0385	0.4553	-0.0418	0.4858	-61.3142	12.3353	28.5275
6	3.2027	0.0243	0.0323	1.3956	-0.2557	2.2414	0.0825	-0.7618	-0.1564	0.2347	-0.0561	-0.4555	0.1225	0.1825	-0.0419	0.4772	-0.087	-0.215	0.5771	0.0399	0.5805	-39.8494	-5.7839	59.8836
7	2.6358	-1.3368	0.9886	1.5351	-0.9058	2.4622	0.0413	-0.0727	0.0517	0.0217	-0.1027	-0.5116	0.0497	0.5187	0.065	0.3879	-0.0772	-0.054	0.4082	-0.0135	0.6443	-31.1653	-1.6037	45.3727
8	2.0448	-0.2026	-0.0123	2.6125	-0.7138	2.8215	0.0174	0.1576	-0.0628	-0.1758	-0.096	-0.4097	-0.0027	0.0895	0.0799	0.4787	-0.0348	0.0535	0.2937	-0.0547	0.3524	-41.4693	1.8434	19.6198
9	9.3461	-2.4301	1.6827	4.0443	-0.7347	7.0238	-0.1933	0.4267	0.1253	-0.0693	-0.3123	-0.5643	0.0027	1.4645	0.3716	0.9012	-0.0291	0.2679	0.8702	0.0182	0.6467	37.4783	17.1556	40.5713
10	3.0908	-1.3151	1.4875	1.9923	0.7461	2.0041	0.3049	0.0813	-0.1205	-0.1102	-0.2394	0.359	-0.3996	-1.6282	-0.0512	0.7935	0.0938	-0.1231	1.1446	0.0025	1.3607	-34.6568	-2.702	37.7734

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 52 through 321 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 322 through 396 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 397 through 650 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 651 through 929 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 52 through 123 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 124 through 418 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 419 through 649 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 650 through 929 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 2 through 11 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 2 through 11 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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