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- PDB-5n95: Tetragonal structure of mutant V173I of 3D polymerase from Foot-a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n95
タイトルTetragonal structure of mutant V173I of 3D polymerase from Foot-and-Mouth Disease Virus
要素3D polymerase
キーワードVIRAL PROTEIN / 3Dpolymerase / RNA dependent RNA polymerases / 5'-fluoracil / nucleotide analogues
機能・相同性
機能・相同性情報


L-peptidase / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / regulation of translation ...L-peptidase / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / regulation of translation / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type ...Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirus coat protein / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIPHOSPHATE / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ferrer-Orta, C. / Verdaguer, N.
引用ジャーナル: Genome Biol Evol / 年: 2017
タイトル: Molecular and Functional Bases of Selection against a Mutation Bias in an RNA Virus.
著者: de la Higuera, I. / Ferrer-Orta, C. / de Avila, A.I. / Perales, C. / Sierra, M. / Singh, K. / Sarafianos, S.G. / Dehouck, Y. / Bastolla, U. / Verdaguer, N. / Domingo, E.
履歴
登録2017年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3D polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3822
ポリマ－54,1241
非ポリマー2581
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, It's a monomer in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area21600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.537, 92.537, 120.441
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 3D polymerase


分子量: 54124.367 Da / 分子数: 1 / 変異: V173I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
遺伝子: CDS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4H1Z0, UniProt: P03311*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-3PO / TRIPHOSPHATE / 三りん酸


分子量: 257.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H5O10P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 36% PEG4000 0.2M Ammonium acetate 0.1M MES pH6.0 4% gamma-butyrolactone

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→46.27 Å / Num. obs: 16540 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.59→2.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.765 / Num. unique obs: 2175 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMACrigid body refinement位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U09

1u09


解像度: 2.6→46.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 31.614 / SU ML: 0.305 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.2 / ESU R Free: 0.355 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27083 834 5 %RANDOM
Rwork0.22826 ---
obs0.23029 15685 98.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 63.117 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.07 Å2-0 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→46.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3742 0 13 44 3799
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193871
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0351.9525249
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1338185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.885479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.21923.462182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.32715638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.2091527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02827
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3764.741916
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3764.7391915
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7137.112395
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.7137.1112396
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.1624.7471955
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.1574.7071943
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.3487.0522834
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.09453.8624148
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.09353.7314145
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 63 -
Rwork0.345 1076 -
obs--93.36 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.962 Å / Origin y: 25.496 Å / Origin z: 30.425 Å
111213212223313233
T0.2174 Å2-0.0286 Å20.0033 Å2-0.148 Å20.0313 Å2--0.0142 Å2
L1.579 °2-0.5257 °2-0.1495 °2-0.8177 °20.0246 °2--0.2575 °2
S0.0661 Å °0.0213 Å °-0.0912 Å °-0.3175 Å °-0.0659 Å °0.0089 Å °-0.0137 Å °-0.0086 Å °-0.0002 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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