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- PDB-5n8t: CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTAVIDIN D-amino acid containing peptide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n8t
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF STREPTAVIDIN D-amino acid containing peptide Gdlwqheatwkkq
要素Streptavidin
キーワードBiotin binding protein / STREPTAVIDIN / BIOTIN BINDING / D-AMINO ACIDS / STREPTAVIDIN PEPTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-ALANINE / D-GLUTAMIC ACID / D-GLUTAMINE / D-HISTIDINE / D-LEUCINE / D-LYSINE / D-THREONINE / D-TRYPTOPHAN / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Lyamichev, V. / Goodrich, L. / Sullivan, E. / Bannen, R. / Benz, J. / Albert, T. / Patel, J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Stepwise Evolution Improves Identification of Diverse Peptides Binding to a Protein Target.
著者: Lyamichev, V.I. / Goodrich, L.E. / Sullivan, E.H. / Bannen, R.M. / Benz, J. / Albert, T.J. / Patel, J.J.
履歴
登録2017年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,19310
ポリマ－18,8501
非ポリマー1,3439
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.779, 57.779, 84.405
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-326-

HOH

21A-362-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Streptavidin


分子量: 18849.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629

-
非ポリマー , 9種, 76分子

#2: 化合物 ChemComp-DLE / D-LEUCINE


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#3: 化合物 ChemComp-DTR / D-TRYPTOPHAN


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#4: 化合物 ChemComp-DGN / D-GLUTAMINE


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O3
#5: 化合物 ChemComp-DHI / D-HISTIDINE


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#6: 化合物 ChemComp-DGL / D-GLUTAMIC ACID


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#7: 化合物 ChemComp-DAL / D-ALANINE


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#8: 化合物 ChemComp-DTH / D-THREONINE


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO3
#9: 化合物 ChemComp-DLY / D-LYSINE


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 146.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14N2O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1M Sodium citrate pH 4.5, 20% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.700001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.700001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→47.72 Å / Num. obs: 18228 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.48 % / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 14.94
反射 シェル解像度: 1.61→1.71 Å / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 0.86 / Num. unique obs: 3098 / CC1/2: 0.341 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.61→47.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 6.602 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.096 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24341 946 4.9 %RANDOM
Rwork0.20397 ---
obs0.20587 18228 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.671 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.84 Å2-0 Å20 Å2
2---1.84 Å20 Å2
3---3.67 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.61→47.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数896 0 85 67 1048
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.021021
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5261.9561402
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90832024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0515133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.02223.68438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.18215127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.595154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021171
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0722.906520
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0692.906519
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6924.347648
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6924.348649
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0882.984500
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0852.984500
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.7234.433752
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.87934.0391169
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.87734.0521170
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.61→1.652 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 70 -
Rwork0.415 1333 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5671-0.6185-0.04992.39930.08231.4852-0.0262-0.19630.46350.18570.0292-0.1554-0.24660.0182-0.0030.11740.0262-0.01850.0418-0.03010.09244.395815.35033.0588
24.7581-2.16654.35526.5548-4.106412.418-0.0786-1.07990.41230.5627-0.04280.18160.1083-0.54320.12140.25240.0447-0.01820.3275-0.14720.0712.029612.009615.6319
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 134
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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