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- PDB-5n83: Structure of the distal domain of mouse adenovirus 2 fibre, methy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n83
タイトルStructure of the distal domain of mouse adenovirus 2 fibre, methylmercury chloride derivative
要素Fiber
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Triple beta-spiral / 3-bladed propeller / ABCJ-GHID topology / N-acetyl-glucosamine binding
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / virion component / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Murine adenovirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Singh, A.K. / van Raaij, M.J.
資金援助 スペイン, 4件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2011-24843 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2014-53425-P スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2015-68990-REDT スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessFIS2011-16090-E スペイン
引用ジャーナル: J. Gen. Virol. / 年: 2018
タイトル: Structure and N-acetylglucosamine binding of the distal domain of mouse adenovirus 2 fibre.
著者: Singh, A.K. / Nguyen, T.H. / Vidovszky, M.Z. / Harrach, B. / Benko, M. / Kirwan, A. / Joshi, L. / Kilcoyne, M. / Berbis, M.A. / Canada, F.J. / Jimenez-Barbero, J. / Menendez, M. / Wilson, S.S. ...著者: Singh, A.K. / Nguyen, T.H. / Vidovszky, M.Z. / Harrach, B. / Benko, M. / Kirwan, A. / Joshi, L. / Kilcoyne, M. / Berbis, M.A. / Canada, F.J. / Jimenez-Barbero, J. / Menendez, M. / Wilson, S.S. / Bromme, B.A. / Smith, J.G. / van Raaij, M.J.
履歴
登録2017年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _entity.formula_weight
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fiber
B: Fiber
C: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4368
ポリマ－77,4333
非ポリマー1,0035
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10980 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area22690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.116, 164.285, 96.432
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERAA594 - 78644 - 236
21SERSERBB594 - 78644 - 236
12SERSERAA594 - 78644 - 236
22SERSERCC594 - 78644 - 236
13ALAALABB593 - 78643 - 236
23ALAALACC593 - 78643 - 236

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Fiber


分子量: 25810.922 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMTGGQQMGRGSEF is an expression and purification tag that could not be modelled in any chain because no electron density was visible for it. GALTAQGA of chain A, GALTAQG ...詳細: GSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMTGGQQMGRGSEF is an expression and purification tag that could not be modelled in any chain because no electron density was visible for it. GALTAQGA of chain A, GALTAQG of chain B and GALTAQ of chain C are disordered and could not be modelled either.
由来: (組換発現) Murine adenovirus 2 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E7CH51
#2: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.36 % / 解説: Plate
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 4.0 M ammonium formate, 0.1 M HEPES-NaOH, 3 mM methylmercury chloride, 10 mM Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.0024 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0024 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→96.4 Å / Num. obs: 19199 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 71.3 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2.76→3.02 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.589 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 4473 / CC1/2: 0.867 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
autoSHARP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.76→82.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 15.07 / SU ML: 0.289 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24824 985 5.1 %RANDOM
Rwork0.20272 ---
obs0.20507 18197 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.004 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5 Å20 Å20 Å2
2--2.41 Å20 Å2
3----0.91 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.76→82.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4529 0 5 44 4578
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.024634
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024105
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.461.9546298
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93139545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.265582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.94823.939198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.09315732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.041521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02990
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6336.0872337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6346.0852336
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1919.1182916
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.199.1192917
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2846.3492296
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2836.3492296
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5419.3933382
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.51970.1614761
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.51970.1784761
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A111020.1
12B111020.1
21A110020.11
22C110020.11
31B110220.1
32C110220.1
LS精密化 シェル解像度: 2.757→2.829 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 69 -
Rwork0.327 1269 -
obs--96.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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