- PDB-5n77: Crystal structure of the cytosolic domain of the CorA magnesium c... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 5n77
タイトル
Crystal structure of the cytosolic domain of the CorA magnesium channel from Escherichia coli in complex with magnesium
要素
Magnesium transport protein CorA
キーワード
TRANSPORT PROTEIN / Homopentamer Complex Transport Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報
nickel cation transmembrane transport / nickel cation transmembrane transporter activity / magnesium ion transport / cobalt ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能
Magnesium/cobalt transport protein CorA / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA-like Mg2+ transporter protein 類似検索 - ドメイン・相同性
A: Magnesium transport protein CorA B: Magnesium transport protein CorA C: Magnesium transport protein CorA D: Magnesium transport protein CorA E: Magnesium transport protein CorA ヘテロ分子
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.8→29.84 Å / Num. obs: 36878 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル
解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.836 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / CC1/2: 0.746 / % possible all: 93.5
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0073
精密化
XDS
データ削減
SCALA
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→29.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 36.054 / SU ML: 0.313 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.37 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.23591
1869
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.19461
-
-
-
obs
0.19672
34990
98.92 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK