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万見
- PDB-5n76: Crystal structure of the apo-form of the CO dehydrogenase accesso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n76
タイトルCrystal structure of the apo-form of the CO dehydrogenase accessory protein CooT from Rhodospirillum rubrum
要素CooT
キーワードnickel-binding protein / CODH maturation / anaerobic metabolism
機能・相同性CO dehydrogenase accessory protein CooT / CO dehydrogenase accessory protein CooT / CooT
機能・相同性情報
生物種Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Timm, J. / Brochier-Armanet, C. / Perard, J. / Zambelli, B. / Ollagnier-de-Choudens, S. / Ciurli, S. / Cavazza, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Fondation Simone Del DucaCAJ-14-166 フランス
引用ジャーナル: Metallomics / 年: 2017
タイトル: The CO dehydrogenase accessory protein CooT is a novel nickel-binding protein.
著者: Timm, J. / Brochier-Armanet, C. / Perard, J. / Zambelli, B. / Ollagnier-de-Choudens, S. / Ciurli, S. / Cavazza, C.
履歴
登録2017年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CooT
D: CooT
B: CooT
C: CooT
E: CooT
F: CooT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6316
ポリマ－42,6316
非ポリマー00
水4,306239
1
A: CooT
D: CooT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2102
ポリマ－14,2102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1630 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7160 Å2
手法PISA
2
B: CooT
C: CooT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2102
ポリマ－14,2102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area7280 Å2
手法PISA
3
E: CooT
F: CooT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2102
ポリマ－14,2102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1630 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.943, 108.943, 110.734
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
CooT


分子量: 7105.162 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: MCMAKVVLTKADGGRVEIGDVLEVRAEGGAVRVTTLFDEEHAFPGLAIGRVDLRSGVISL IEEQNR
由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
遺伝子: cooT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P72320
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 50 mM sodium acetate pH 4.6, 100 mM CaCl2 and 16% (v/v) 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44.59 Å / Num. obs: 52618 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.26 % / Net I/σ(I): 10.84

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→44.59 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
反射数%反射
obs49987 99.2 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2748 0 0 239 2987

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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