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- PDB-5n6u: Crystal structure of Beta-D-Mannosidase from Dictyoglomus thermop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n6u
タイトルCrystal structure of Beta-D-Mannosidase from Dictyoglomus thermophilum.
要素Beta-mannosidase
キーワードHYDROLASE / mannosidase / thermostable
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mannosidase Ig/CBM-like domain / Beta-mannosidase, Ig-fold domain / Ig-fold domain / Mannosidase Ig/CBM-like domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain ...Mannosidase Ig/CBM-like domain / Beta-mannosidase, Ig-fold domain / Ig-fold domain / Mannosidase Ig/CBM-like domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / Beta-mannosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyoglomus thermophilum H-6-12 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Richet, N. / Lafite, P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
GLYCOPEPSAPR-518N フランス
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2017
タイトル: Is the acid/base catalytic residue mutation in beta-d-mannosidase DtMan from Dictyoglomus thermophilum sufficient enough to provide thioglycoligase activity?
著者: Guillotin, L. / Richet, N. / Lafite, P. / Daniellou, R.
履歴
登録2017年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 1.22017年5月17日Group: Database references
改定 1.32019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact ...pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-mannosidase
B: Beta-mannosidase
C: Beta-mannosidase
D: Beta-mannosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)395,4878
ポリマ－394,7664
非ポリマー7214
水37821
1
A: Beta-mannosidase
B: Beta-mannosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,7434
ポリマ－197,3832
非ポリマー3602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area63360 Å2
手法PISA
2
C: Beta-mannosidase
D: Beta-mannosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,7434
ポリマ－197,3832
非ポリマー3602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area63380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.250, 75.560, 217.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 811 / Label seq-ID: 24 - 834

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Beta-mannosidase


分子量: 98691.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyoglomus thermophilum H-6-12 (バクテリア)
遺伝子: DICTH_1692 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5YAN4, beta-mannosidase
#2: 糖
ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 24% PEG400, 0.1 M Na-HEPES pH 7, 200 mM MgCl2 / PH範囲: 7-8

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.913
11-h,-k,l20.087
反射解像度: 3.08→49.5 Å / Num. obs: 71693 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.74 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Rpim(I) all: 0.11 / Rrim(I) all: 0.216 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 3.08→3.14 Å / Rmerge(I) obs: 1.762 / Rpim(I) all: 1.093 / Rrim(I) all: 2.083

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JE8

2je8


解像度: 3.08→49.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 16.623 / SU ML: 0.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.108 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25483 3813 5 %RANDOM
Rwork0.20376 ---
obs0.20637 71693 88.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--45.63 Å2-0 Å27.1 Å2
2--68.52 Å20 Å2
3----22.89 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.08→49.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27200 0 44 21 27265
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0228028
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0226384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7711.94637912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4763.00160784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.08353240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.40924.111460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.292154968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.06815168
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.23860
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02131400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.026832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.7278.40112972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.7278.40112971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.40712.59816208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.40712.59816209
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.4538.84215056
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.4538.84215057
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.12613.04521705
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.36866.50432256
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.36866.50532257
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A1050660.08
12B1050660.08
21A1051080.08
22C1051080.08
31A1037140.09
32D1037140.09
41B1036080.09
42C1036080.09
51B1045840.09
52D1045840.09
61C1036120.1
62D1036120.1
LS精密化 シェル解像度: 3.08→3.146 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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