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- PDB-4eme: X-ray crystal structure and specificity of the Plasmodium falcipa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eme
タイトルX-ray crystal structure and specificity of the Plasmodium falciparum malaria aminopeptidase
要素M18 aspartyl aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / DNPEP/M18/Aminopeptidase / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartyl aminopeptidase / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase i, Domain 2 / Aminopeptidase i, Domain 2 / Peptidase M18 / Peptidase M18, domain 2 / Aminopeptidase I zinc metalloprotease (M18) / Zn peptidases / Aminopeptidase / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aspartyl aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者McGowan, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: X-ray crystal structure and specificity of the Plasmodium falciparum malaria aminopeptidase PfM18AAP.
著者: Sivaraman, K.K. / Oellig, C.A. / Huynh, K. / Atkinson, S.C. / Poreba, M. / Perugini, M.A. / Trenholme, K.R. / Gardiner, D.L. / Salvesen, G. / Drag, M. / Dalton, J.P. / Whisstock, J.C. / McGowan, S.
履歴
登録2012年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M18 aspartyl aminopeptidase
B: M18 aspartyl aminopeptidase
C: M18 aspartyl aminopeptidase
D: M18 aspartyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,93512
ポリマ－263,4124
非ポリマー5238
水7,999444
1
A: M18 aspartyl aminopeptidase
B: M18 aspartyl aminopeptidase
C: M18 aspartyl aminopeptidase
D: M18 aspartyl aminopeptidase
ヘテロ分子

A: M18 aspartyl aminopeptidase
B: M18 aspartyl aminopeptidase
C: M18 aspartyl aminopeptidase
D: M18 aspartyl aminopeptidase
ヘテロ分子

A: M18 aspartyl aminopeptidase
B: M18 aspartyl aminopeptidase
C: M18 aspartyl aminopeptidase
D: M18 aspartyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)791,80636
ポリマ－790,23612
非ポリマー1,57024
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area99750 Å2
ΔGint-1368 kcal/mol
Surface area156720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)200.384, 200.384, 200.384
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質
M18 aspartyl aminopeptidase


分子量: 65853.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PFI1570c, PfM18AAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I2J3, aspartyl aminopeptidase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.68 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 67% MPD, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→100.4 Å / Num. all: 789865 / Num. obs: 82063 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 50.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.248
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.439 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→55.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9248 / SU R Cruickshank DPI: 0.362 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1959 4114 5.02 %RANDOM
Rwork0.1594 ---
obs0.1613 82024 99.79 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.272 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→55.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14993 0 8 444 15445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00915321HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1420731HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5300SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes429HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2202HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15321HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.03
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2024SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact18269SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2607 298 5.08 %
Rwork0.211 5567 -
all0.2136 5865 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5115-0.0385-0.17380.2949-0.2930.51780.01450.00140.00620.08890.03580.1283-0.0351-0.0933-0.0503-0.0412-0.0070.0594-0.0314-0.0204-0.0254-62.5362-26.4314-3.5182
20.4575-0.1178-0.17580.51460.12490.447-0.0516-0.1473-0.08460.11310.00350.0490.06950.05830.0481-0.03720.00950.0177-0.01530.0029-0.0523-34.4852-50.09153.2662
30.6272-0.0488-0.04140.5126-0.03370.6208-0.0465-0.0379-0.13870.03620.02010.15250.1746-0.1060.0264-0.0857-0.09380.0652-0.116-0.01270.0458-67.6521-63.5482-7.7136
40.48020.02860.08450.25730.11050.6662-0.04960.1875-0.1414-0.13070.04190.21930.1663-0.20870.0077-0.1043-0.1913-0.087-0.042-0.08270.0482-80.6572-70.6864-50.6486
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|570 A|1001 - A|1002 }A1 - 570
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|570 A|1001 - A|1002 }A1001 - 1002
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|570 B|1001 - B|1002 }B1 - 570
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|570 B|1001 - B|1002 }B1001 - 1002
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|2 - C|570 C|1001 - C|1002 }C2 - 570
6X-RAY DIFFRACTION3{ C|2 - C|570 C|1001 - C|1002 }C1001 - 1002
7X-RAY DIFFRACTION4{ D|2 - D|570 D|1001 - D|1002 }D2 - 570
8X-RAY DIFFRACTION4{ D|2 - D|570 D|1001 - D|1002 }D1001 - 1002

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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