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- PDB-5n40: Structure of Yersinia pseudotuberculosis adhesin InvE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n40
タイトルStructure of Yersinia pseudotuberculosis adhesin InvE
要素Putative invasin
キーワードCELL ADHESION / Adhesin / C-type lectin-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
InvasinE, Adhesion domain / Adhesion domain / Invasin, domain 3 / Invasin, domain 3 / Intimin/invasin bacterial adhesion mediator protein / Inverse autotransporter, beta-domain / Inverse autotransporter, beta-domain superfamily / : / Inverse autotransporter, beta-domain / Bacterial Ig-like domain (group 1) ...InvasinE, Adhesion domain / Adhesion domain / Invasin, domain 3 / Invasin, domain 3 / Intimin/invasin bacterial adhesion mediator protein / Inverse autotransporter, beta-domain / Inverse autotransporter, beta-domain superfamily / : / Inverse autotransporter, beta-domain / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain profile. / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / LysM domain superfamily / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative invasin
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pseudotuberculosis IP 31758 (仮性結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sadana, P. / Scrima, A.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Helmholtz Association Young InvestigatorVH-NG-727 ドイツ
Presidents Initiative and Networking Funds of the Helmholtz Association of German Research CentersVH-GS-202 ドイツ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Structure of the Y. pseudotuberculosis adhesin InvasinE.
著者: Sadana, P. / Monnich, M. / Unverzagt, C. / Scrima, A.
履歴
登録2017年2月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative invasin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8262
ポリマ－36,7201
非ポリマー1061
水11,025612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area16300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.260, 27.030, 88.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative invasin


分子量: 36720.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis IP 31758 (仮性結核菌)
遺伝子: YpsIP31758_0608 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U1R0I0
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 612 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.12 M MgCl2, 0.1 M TRIS pH 8.5, and 26% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→46.465 Å / Num. obs: 35804 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.589 % / Biso Wilson estimate: 17.12 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 16.31 / Num. measured all: 235919 / Scaling rejects: 1113
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.86.8320.5873.2256140.9010.63599.7
1.8-1.96.7920.3934.6644200.9580.42599.2
1.9-26.5160.2397.7335730.9780.2698.5
2-36.5190.09616.4154620.9960.10499.2
3-106.4730.03938.9865230.9990.04299.6
10-46.4655.8540.02947.5821210.03298.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2650精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIXdev_2650位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→46.465 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1948 1790 5 %
Rwork0.1594 --
obs0.1612 35801 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 76.02 Å2 / Biso mean: 22.7095 Å2 / Biso min: 8.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→46.465 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2574 0 17 612 3203
Biso mean--41.33 29.12 -
残基数----352
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042630
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6443608
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049445
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004474
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.1651569
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6999-1.74590.29221360.218525832719100
1.7459-1.79720.2891370.209326052742100
1.7972-1.85530.20951340.19925542688100
1.8553-1.92160.2581360.23592591272798
1.9216-1.99850.221340.18542546268099
1.9985-2.08950.16911390.157226312770100
2.0895-2.19960.21481360.151325942730100
2.1996-2.33740.20031350.18692550268597
2.3374-2.51790.18581380.152226272765100
2.5179-2.77120.23791380.157526212759100
2.7712-3.17220.20441390.149726512790100
3.1722-3.99630.16311410.134826792820100
3.9963-46.48240.15511470.140127792926100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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