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- PDB-5n2v: Changes in conformational equilibria regulate the activity of the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n2v
タイトルChanges in conformational equilibria regulate the activity of the Dcp2 decapping enzyme
要素
  • Edc1
  • mRNA decapping complex subunit 2
  • mRNA-decapping enzyme subunit 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA phosphatase activator activity / RNA decapping complex / mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / 加水分解酵素 / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA cap binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process ...mRNA phosphatase activator activity / RNA decapping complex / mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / 加水分解酵素 / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA cap binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / meiotic cell cycle / P-body / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / manganese ion binding / single-stranded RNA binding / magnesium ion binding / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proline-rich nuclear receptor coactivator motif / mRNA-decapping enzyme subunit 1 / Dcp1-like decapping family / mRNA decapping protein 2, Box A domain / mRNA decapping protein 2, Box A domain superfamily / mRNA decapping enzyme 2 , NUDIX hydrolase domain / Dcp2, box A domain / Dcp2, box A domain / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. ...Proline-rich nuclear receptor coactivator motif / mRNA-decapping enzyme subunit 1 / Dcp1-like decapping family / mRNA decapping protein 2, Box A domain / mRNA decapping protein 2, Box A domain superfamily / mRNA decapping enzyme 2 , NUDIX hydrolase domain / Dcp2, box A domain / Dcp2, box A domain / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / mRNA decapping complex subunit 2 / Uncharacterized protein C18G6.09c / mRNA-decapping enzyme subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Holdermann, I. / Sprangers, R.
資金援助1件
組織認可番号国
EUERC-616052
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Changes in conformational equilibria regulate the activity of the Dcp2 decapping enzyme.
著者: Wurm, J.P. / Holdermann, I. / Overbeck, J.H. / Mayer, P.H.O. / Sprangers, R.
履歴
登録2017年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.02024年2月28日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA-decapping enzyme subunit 1
B: mRNA decapping complex subunit 2
C: Edc1
D: mRNA-decapping enzyme subunit 1
E: mRNA decapping complex subunit 2
F: Edc1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,18714
ポリマ－93,1236
非ポリマー1,0648
水00
1
A: mRNA-decapping enzyme subunit 1
B: mRNA decapping complex subunit 2
C: Edc1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0947
ポリマ－46,5623
非ポリマー5324
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area17960 Å2
手法PISA
2
D: mRNA-decapping enzyme subunit 1
E: mRNA decapping complex subunit 2
F: Edc1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0947
ポリマ－46,5623
非ポリマー5324
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area17870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.841, 76.522, 89.526
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 mRNA-decapping enzyme subunit 1


分子量: 15130.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: dcp1, SPBC3B9.21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P805
#2: タンパク質 mRNA decapping complex subunit 2


分子量: 28689.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: dcp2, SPAC19A8.12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O13828, 加水分解酵素
#3: タンパク質・ペプチド Edc1


分子量: 2742.089 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q10108
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-M7G / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / m7GDP


分子量: 459.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19N5O11P2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 41% M1K3350 Morpheus Mix 4, MOPS pH 7.0, 0.06 M MgCl2/CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48.3 Å / Num. obs: 15440 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.95 / Rmerge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.64 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5j3t

5j3t


解像度: 3.1→48.289 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2868 802 5.2 %
Rwork0.2388 --
obs0.2414 15409 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.289 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6116 0 64 0 6180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026336
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4878594
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8693784
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043930
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031118
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.29420.33611260.26282409X-RAY DIFFRACTION100
3.2942-3.54850.34071430.26492426X-RAY DIFFRACTION100
3.5485-3.90540.31241190.2362426X-RAY DIFFRACTION100
3.9054-4.47020.26171470.22152415X-RAY DIFFRACTION100
4.4702-5.63060.24511210.21972441X-RAY DIFFRACTION100
5.6306-48.29470.27231460.2482490X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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