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- PDB-5n2s: Crystal structure of stabilized A1 receptor in complex with PSB36... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n2s
タイトルCrystal structure of stabilized A1 receptor in complex with PSB36 at 3.3A resolution
要素Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G-PROTEIN-COUPLED RECEPTOR / INTEGRAL THERMOSTABILIZING MUTATIONS
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of nucleoside transport / negative regulation of neurotrophin production / regulation of glomerular filtration / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / positive regulation of peptide secretion / negative regulation of mucus secretion / purine nucleoside binding / negative regulation of glutamate secretion / negative regulation of long-term synaptic depression / negative regulation of hormone secretion ...positive regulation of nucleoside transport / negative regulation of neurotrophin production / regulation of glomerular filtration / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / positive regulation of peptide secretion / negative regulation of mucus secretion / purine nucleoside binding / negative regulation of glutamate secretion / negative regulation of long-term synaptic depression / negative regulation of hormone secretion / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / heterotrimeric G-protein binding / Adenosine P1 receptors / mucus secretion / G protein-coupled adenosine receptor activity / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / negative regulation of leukocyte migration / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / regulation of sensory perception of pain / response to purine-containing compound / positive regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of potassium ion transport / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of systemic arterial blood pressure / regulation of cardiac muscle cell contraction / triglyceride homeostasis / protein targeting to membrane / long-term synaptic depression / temperature homeostasis / leukocyte migration / presynaptic active zone / calyx of Held / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / negative regulation of acute inflammatory response / negative regulation of long-term synaptic potentiation / asymmetric synapse / axolemma / : / fatty acid homeostasis / negative regulation of lipid catabolic process / phagocytosis / lipid catabolic process / positive regulation of protein dephosphorylation / heat shock protein binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / excitatory postsynaptic potential / G protein-coupled receptor binding / apoptotic signaling pathway / electron transport chain / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / terminal bouton / cognition / vasodilation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / nervous system development / G alpha (i) signalling events / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / positive regulation of MAPK cascade / dendritic spine / periplasmic space / electron transfer activity / response to hypoxia / inflammatory response / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / synapse / dendrite / heme binding / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A1 receptor / Adenosine receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...Adenosine A1 receptor / Adenosine receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8K8 / Soluble cytochrome b562 / Adenosine receptor A1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.303 Å
データ登録者Cheng, R.K.Y. / Segala, E. / Robertson, N. / Deflorian, F. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Fiez-Vandal, C. / Marshall, F.H. / Cooke, R.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structures of Human A1 and A2A Adenosine Receptors with Xanthines Reveal Determinants of Selectivity.
著者: Cheng, R.K.Y. / Segala, E. / Robertson, N. / Deflorian, F. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Fiez-Vandal, C. / Marshall, F.H. / Cooke, R.M.
履歴
登録2017年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0244
ポリマ－48,4461
非ポリマー5793
水362
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.273, 111.658, 160.543
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1329-

LYS

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要素

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A1 / Cytochrome b-562


分子量: 48445.855 Da / 分子数: 1
変異: A57L, T91A, N159A, Y205A, L236A, L240A, T277A, C309S,A57L, T91A, N159A, Y205A, L236A, L240A, T277A, C309S
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: cybC, ADORA1 / プラスミド: PFAST-BAC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): TNI PRO / 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P30542
#2: 化合物 ChemComp-8K8 / 1-butyl-3-(3-oxidanylpropyl)-8-[(1~{R},5~{S})-3-tricyclo[3.3.1.0^{3,7}]nonanyl]-7~{H}-purine-2,6-dione


分子量: 386.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N4O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.92 % / 解説: PLATES
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M SODIUM / POTASSIUM PHOSPHATE PH 7.5, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 37.5% (W/V) PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月30日 / 詳細: (DOUBLE) KB MIRROR PAIR
放射モノクロメーター: DOUBLE SI(111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.303→160.6 Å / Num. obs: 9824 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 3.303→3.57 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.887 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1930 / CC1/2: 0.782 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSJanuary, 2014データ削減
Aimless0.5.9データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IU4

5iu4


解像度: 3.303→32.891 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2784 459 4.81 %
Rwork0.256 --
obs0.2571 9534 97.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.303→32.891 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2989 0 38 2 3029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5174218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4361123
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004513
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3032-3.78060.3681480.32212987X-RAY DIFFRACTION98
3.7806-4.76080.28671570.24373010X-RAY DIFFRACTION98
4.7608-32.89250.24211540.24083078X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.27070.3885-1.07053.7243-0.60151.2605-0.24820.4139-0.0339-0.1923-0.09350.0265-0.3154-0.74240.31270.98050.0962-0.06140.5931-0.02730.400997.3926127.228830.0811
22.89110.9512-1.95065.2813-1.34375.2519-0.0141-0.04610.0864-0.1369-0.1384-0.55-1.05650.19610.12470.6657-0.0067-0.06350.465-0.07570.4964107.6226127.752236.655
33.19990.3987-3.7121.2448-0.58346.79470.0542-0.7537-0.6426-0.1255-0.3897-0.28120.16191.86160.4231.42920.06810.11491.65370.09060.800584.4289151.735480.2163
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 6:139)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 140:295)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 1002:1104)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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