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万見
- PDB-5n2e: Structure of the E9 DNA polymerase from vaccinia virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n2e
タイトルStructure of the E9 DNA polymerase from vaccinia virus
要素DNA polymerase
キーワードTRANSFERASE / Vaccinia virus / DNA polymerase / protein-protein interface / family B polymerase / processivity factor
機能・相同性
機能・相同性情報


viral DNA genome replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / hydrolase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA polymerase, family B, viral insert domain / DNA polymerase B exonuclease, N-terminal / DNA polymerase family B viral insert / DNA polymerase family B exonuclease domain, N-terminal / : / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain ...DNA-directed DNA polymerase, family B, viral insert domain / DNA polymerase B exonuclease, N-terminal / DNA polymerase family B viral insert / DNA polymerase family B exonuclease domain, N-terminal / : / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Tarbouriech, N. / Burmeister, W.P. / Iseni, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency13-BSV8-0014 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: The vaccinia virus DNA polymerase structure provides insights into the mode of processivity factor binding.
著者: Tarbouriech, N. / Ducournau, C. / Hutin, S. / Mas, P.J. / Man, P. / Forest, E. / Hart, D.J. / Peyrefitte, C.N. / Burmeister, W.P. / Iseni, F.
履歴
登録2017年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen
Item: _entity.formula_weight / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line ..._entity.formula_weight / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,5508
ポリマ－117,3871
非ポリマー1,1627
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint19 kcal/mol
Surface area47010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.415, 133.415, 230.525
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase


分子量: 117387.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (strain Copenhagen) (ウイルス)
株: Copenhagen / 遺伝子: POL, E9L / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P20509, DNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ

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非ポリマー , 5種, 226分子

#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶解説: long needle
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: 9-11% PEG 3000, 20-25% glycerol, 100 mM MES-NaOH pH 6.25
PH範囲: 6.0-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→46 Å / Num. obs: 63014 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2.74→2.81 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 4369 / Rrim(I) all: 0.728 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.74→115.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 9.503 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23561 3075 4.9 %RANDOM
Rwork0.18605 ---
obs0.18849 59888 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.966 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20.07 Å20 Å2
2--0.15 Å2-0 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.74→115.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8171 0 71 219 8461
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0198436
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.028008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8551.97311391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.076318460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.66651000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.09723.775408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.768151523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2251559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021982
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.1857.1633997
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.1837.1623996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.16710.7314992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.16610.7334993
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.6567.6524439
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.6557.6524439
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.93411.2356398
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.56755.6639438
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.56855.6649438
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.74→2.811 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 229 -
Rwork0.328 4334 -
obs--99.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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