[日本語] English
万見
- PDB-5n22: Structure of xEco2 acetyltransferase domain bound to K106-CoA con... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n22
タイトルStructure of xEco2 acetyltransferase domain bound to K106-CoA conjugate
要素
  • GLY-ALA-LYS-LYX-ASP-GLN-TYR-PHE-LEU
  • XEco2
キーワードCELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic cohesin complex / acyltransferase activity / regulation of DNA replication / chromosome, centromeric region / chromosome organization / meiotic cell cycle / cell division / DNA repair / chromatin / ATP hydrolysis activity ...meiotic cohesin complex / acyltransferase activity / regulation of DNA replication / chromosome, centromeric region / chromosome organization / meiotic cell cycle / cell division / DNA repair / chromatin / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
N-acetyltransferase ESCO, zinc-finger / N-acetyltransferase ESCO, acetyl-transferase domain / zinc-finger of acetyl-transferase ESCO / ESCO1/2 acetyl-transferase / Structural maintenance of chromosomes 3, ABC domain, eukaryotic / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain ...N-acetyltransferase ESCO, zinc-finger / N-acetyltransferase ESCO, acetyl-transferase domain / zinc-finger of acetyl-transferase ESCO / ESCO1/2 acetyl-transferase / Structural maintenance of chromosomes 3, ABC domain, eukaryotic / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8HB / XEco2 / Structural maintenance of chromosomes protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Chao, W.C.H. / Wade, B.O. / Singleton, M.R.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Cancer Research UKFC001155 英国
Wellcome TrustFC001155 英国
Medical Research Council (United Kingdom)FC001155 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of Eco1-Mediated Cohesin Acetylation.
著者: Chao, W.C. / Wade, B.O. / Bouchoux, C. / Jones, A.W. / Purkiss, A.G. / Federico, S. / O'Reilly, N. / Snijders, A.P. / Uhlmann, F. / Singleton, M.R.
履歴
登録2017年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: XEco2
B: XEco2
C: XEco2
D: XEco2
E: GLY-ALA-LYS-LYX-ASP-GLN-TYR-PHE-LEU
G: GLY-ALA-LYS-LYX-ASP-GLN-TYR-PHE-LEU
J: GLY-ALA-LYS-LYX-ASP-GLN-TYR-PHE-LEU
L: GLY-ALA-LYS-LYX-ASP-GLN-TYR-PHE-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,17412
ポリマ－89,8168
非ポリマー3,3584
水4,756264
1
A: XEco2
E: GLY-ALA-LYS-LYX-ASP-GLN-TYR-PHE-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2943
ポリマ－22,4542
非ポリマー8401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: XEco2
J: GLY-ALA-LYS-LYX-ASP-GLN-TYR-PHE-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2943
ポリマ－22,4542
非ポリマー8401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: XEco2
G: GLY-ALA-LYS-LYX-ASP-GLN-TYR-PHE-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2943
ポリマ－22,4542
非ポリマー8401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: XEco2
L: GLY-ALA-LYS-LYX-ASP-GLN-TYR-PHE-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2943
ポリマ－22,4542
非ポリマー8401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.236, 57.768, 70.954
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
XEco2


分子量: 20856.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: xeco2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8QZK6
#2: タンパク質・ペプチド
GLY-ALA-LYS-LYX-ASP-GLN-TYR-PHE-LEU


分子量: 1597.903 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: O93309*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-8HB / (2~{S})-2-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethylsulfanyl]propanoic acid


分子量: 839.597 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40N7O18P3S
由来: (合成) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.18 M MgCl2, 10% glycerol, 27% 2-propanol and 0.09 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→59.16 Å / Num. obs: 59859 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 8.25
反射 シェル解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.765 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Num. unique all: 5936 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2664: ???)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.99→59.16 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2531 2817 4.78 %
Rwork0.2109 --
obs0.2129 58985 98.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→59.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5683 0 62 264 6009
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135879
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3717970
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1313508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065868
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009979
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.02430.42541260.3792698X-RAY DIFFRACTION96
2.0243-2.06110.37161440.36492735X-RAY DIFFRACTION96
2.0611-2.10080.36321310.34362754X-RAY DIFFRACTION97
2.1008-2.14370.35841340.31972783X-RAY DIFFRACTION97
2.1437-2.19030.33581450.30212712X-RAY DIFFRACTION97
2.1903-2.24120.31571220.27962796X-RAY DIFFRACTION98
2.2412-2.29730.39011520.27942788X-RAY DIFFRACTION98
2.2973-2.35940.3451880.26592818X-RAY DIFFRACTION98
2.3594-2.42880.3111210.26832851X-RAY DIFFRACTION98
2.4288-2.50720.27911410.24362765X-RAY DIFFRACTION98
2.5072-2.59680.32281730.22712774X-RAY DIFFRACTION99
2.5968-2.70080.27361590.21782825X-RAY DIFFRACTION99
2.7008-2.82370.26171290.20462832X-RAY DIFFRACTION99
2.8237-2.97260.22891370.18712838X-RAY DIFFRACTION100
2.9726-3.15880.25911470.19622837X-RAY DIFFRACTION100
3.1588-3.40270.22621510.18312857X-RAY DIFFRACTION100
3.4027-3.74510.2321640.17652819X-RAY DIFFRACTION100
3.7451-4.28680.21331270.16222874X-RAY DIFFRACTION100
4.2868-5.40040.18511660.16232893X-RAY DIFFRACTION100
5.4004-59.1880.22821600.21092919X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る