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- PDB-5n0x: Crystal structure of OphA-DeltaC6 in complex with SAM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n0x
タイトルCrystal structure of OphA-DeltaC6 in complex with SAM
要素Peptide N-Methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase
機能・相同性Tetrapyrrole methylase / Tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) Methylases / Tetrapyrrole methylase, subdomain 1 / Tetrapyrrole methylase superfamily / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation / S-ADENOSYLMETHIONINE / Methyltransferase/ribosomally synthesized cyclic peptide omphalotin A precursor ophMA
機能・相同性情報
生物種Omphalotus olearius (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Song, H. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2018
タイトル: A molecular mechanism for the enzymatic methylation of nitrogen atoms within peptide bonds.
著者: Song, H. / van der Velden, N.S. / Shiran, S.L. / Bleiziffer, P. / Zach, C. / Sieber, R. / Imani, A.S. / Krausbeck, F. / Aebi, M. / Freeman, M.F. / Riniker, S. / Kunzler, M. / Naismith, J.H.
履歴
登録2017年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide N-Methyltransferase
B: Peptide N-Methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0207
ポリマ－90,1122
非ポリマー9085
水7,981443
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14410 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area29770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.740, 101.960, 121.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptide N-Methyltransferase


分子量: 45056.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Omphalotus olearius (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R2JFI5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.02 % octyl beta-D-glucopyranoside (OG), 0.2 M KCl, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 and 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9281 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9281 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→78.04 Å / Num. obs: 104957 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.948 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.636 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N0O

5n0o


解像度: 1.67→78.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 5.524 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.098 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22429 5147 4.9 %RANDOM
Rwork0.19588 ---
obs0.1973 99062 99.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.285 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.67→78.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5842 0 60 443 6345
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196179
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025697
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3441.9828423
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.949313253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6345772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.32424.066273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.04915996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8221540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2932
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216937
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7972.253088
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7972.253088
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4213.3613874
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4213.3613875
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6922.3473091
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6922.3473091
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.1913.4874550
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.72727.3566590
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.63126.7316490
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.713 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 353 -
Rwork0.37 7096 -
obs--97.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.96540.0836-0.03531.57180.46021.5522-0.05590.03470.0773-0.00380.0312-0.02410.07850.10610.02460.00790.00540.00420.01640.03030.092288.4377116.0513145.0024
21.08120.0577-0.10981.29080.30241.4516-0.06210.03630.0805-0.06680.01920.07690.10670.00860.04290.01750.00040.00340.00860.02720.086885.2043115.7172144.7735
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 501
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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