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- PDB-5n0l: The structure of the cofactor binding GAF domain of the nutrient ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n0l
タイトルThe structure of the cofactor binding GAF domain of the nutrient sensor CodY from Clostridium difficile
要素GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
キーワードTRANSCRIPTION / Nutrient sensor / transcription regulation / GAF domain / clostridium
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY, N-terminal / GTP-sensing helix-turn-helix, CodY, C-terminal / GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY / CodY GAF-like domain / CodY helix-turn-helix domain / GAF-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOLEUCINE / Global transcriptional regulator CodY / Global transcriptional regulator CodY
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Levdikov, V.M. / Blagova, E.V. / Wilkinson, A.J. / Sonenshein, A.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of HealthGM042219 米国
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Impact of CodY protein on metabolism, sporulation and virulence in Clostridioides difficile ribotype 027.
著者: Daou, N. / Wang, Y. / Levdikov, V.M. / Nandakumar, M. / Livny, J. / Bouillaut, L. / Blagova, E. / Zhang, K. / Belitsky, B.R. / Rhee, K. / Wilkinson, A.J. / Sun, X. / Sonenshein, A.L.
#1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure of the Branched-chain Amino Acid and GTP-sensing Global Regulator, CodY, from Bacillus subtilis.
著者: Levdikov, V.M. / Blagova, E. / Young, V.L. / Belitsky, B.R. / Lebedev, A. / Sonenshein, A.L. / Wilkinson, A.J.
履歴
登録2017年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年11月21日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / struct_conn / Item: _atom_site.occupancy
改定 2.12019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
B: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
C: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
D: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
E: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
F: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,92012
ポリマ－104,1336
非ポリマー7876
水11,674648
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14960 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area39650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.890, 190.390, 43.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-380-

HOH

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要素

#1: タンパク質
GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY


分子量: 17355.488 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: codY, BN1095_790003, BN1096_560190, BN1097_540194
プラスミド: pET-YSBLIC-3C / 詳細 (発現宿主): encodes cleavage his tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A031WD25, UniProt: Q18BE1*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ILE / ISOLEUCINE / イソロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% polyethylene glycol 3350, 0.2 M sodium formate, 0.1 M Bis-tris-propane, pH 6.5 and protein solutions containing 10 mM isoleucine.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→56.19 Å / Num. obs: 115569 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.68→1.72 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 1.81 / Num. unique obs: 8396 / CC1/2: 0.515 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B18

2b18


解像度: 1.68→56.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 8.491 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2283 5726 5 %RANDOM
Rwork0.15406 ---
obs0.15778 109833 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.644 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å20 Å2-0 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.68→56.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7230 0 54 648 7932
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0197619
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5381.98810312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.319316826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.6835990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.48926.296324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.788151416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.4151524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.21247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.028466
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021350
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.3093.3923924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.313.3923923
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.5915.1024890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.595.1014891
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.7234.083695
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.7234.083695
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.6955.865411
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.69441.6058215
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.65241.3378127
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.349314829
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free35.6215440
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded25.944514953
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.724 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 408 -
Rwork0.287 7981 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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