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万見
- PDB-5n0k: Rat ceruloplasmin orthorhombic form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n0k
タイトルRat ceruloplasmin orthorhombic form
要素Ceruloplasmin
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Metal ion SLC transporters / glutathione-dependent peroxiredoxin / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / phospholipid-hydroperoxide glutathione peroxidase activity / plasma membrane copper ion transport / Iron uptake and transport / oxidoreductase activity, acting on metal ions, oxygen as acceptor / cuproxidase / glutathione peroxidase ...Metal ion SLC transporters / glutathione-dependent peroxiredoxin / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / phospholipid-hydroperoxide glutathione peroxidase activity / plasma membrane copper ion transport / Iron uptake and transport / oxidoreductase activity, acting on metal ions, oxygen as acceptor / cuproxidase / glutathione peroxidase / mammary gland involution / glutathione peroxidase activity / response to copper ion / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular copper ion homeostasis / lactation / response to nutrient / lung development / liver development / female pregnancy / protein-folding chaperone binding / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / copper ion binding / cell surface / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Coagulation factor 5/8-like / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase ...: / Coagulation factor 5/8-like / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / ferroxidase / Ceruloplasmin
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Samygina, V.R. / Sokolov, A.V. / Bourenkov, G. / Vasilyev, V.B.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
RFBR15-54-74006 ロシア
引用ジャーナル: Metallomics / 年: 2017
タイトル: Rat ceruloplasmin: a new labile copper binding site and zinc/copper mosaic.
著者: Samygina, V.R. / Sokolov, A.V. / Bourenkov, G. / Schneider, T.R. / Anashkin, V.A. / Kozlov, S.O. / Kolmakov, N.N. / Vasilyev, V.B.
履歴
登録2017年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ceruloplasmin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,69114
ポリマ－120,8111
非ポリマー87913
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area38270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.360, 103.810, 172.811
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Ceruloplasmin / Ceruloplasmin / isoform CRA_a


分子量: 120811.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: G3V7K3, UniProt: P13635*PLUS
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 218分子

#3: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG8000, LITHIUM SULFATE, 0.1M TRIS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 61072 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.186 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 1.389 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. measured obs: 133202 / Num. unique all: 8809 / Rpim(I) all: 0.367 / Rrim(I) all: 1.437 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4enz

4enz


解像度: 2.3→14.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 13.557 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.204 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22627 2996 4.9 %RANDOM
Rwork0.17455 ---
obs0.17706 57741 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.589 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.24 Å2-0 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→14.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8312 0 26 206 8544
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0198582
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027805
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8381.94211641
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.086318039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.87651041
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.3324.455431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.604151429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4431538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.21224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022042
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9693.4464143
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9683.4464142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3885.1625179
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3875.1635180
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8873.6654439
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8873.6664440
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2575.4136459
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.96138.4629266
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.94138.4279234
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 220 -
Rwork0.276 4145 -
obs--99.98 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.191 Å / Origin y: -5.814 Å / Origin z: -24.803 Å
111213212223313233
T0.0301 Å2-0.0031 Å2-0.0026 Å2-0.0162 Å2-0.0148 Å2--0.0531 Å2
L0.4692 °2-0.0827 °20.0264 °2-0.8213 °2-0.038 °2--0.4816 °2
S-0.0134 Å °-0.0156 Å °-0.0177 Å °0.0794 Å °-0.1008 Å °0.1188 Å °-0.0864 Å °-0.0105 Å °0.1142 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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