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- PDB-5n0b: Crystal structure of the tetanus neurotoxin in complex with GD1a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n0b
タイトルCrystal structure of the tetanus neurotoxin in complex with GD1a
要素Tetanus toxin
キーワードTOXIN / Tetanus neurotoxin / tetanospasmin / tentoxilysin / clostridial toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


tentoxilysin / symbiont-mediated perturbation of host neurotransmitter secretion / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / protein transmembrane transporter activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / metalloendopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / toxin activity / proteolysis / zinc ion binding ...tentoxilysin / symbiont-mediated perturbation of host neurotransmitter secretion / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / protein transmembrane transporter activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / metalloendopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / toxin activity / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily ...Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Tetanus toxin
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium tetani (破傷風菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Masuyer, G. / Conrad, J. / Stenmark, P.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council2014-5667 スウェーデン
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2017
タイトル: The structure of the tetanus toxin reveals pH-mediated domain dynamics.
著者: Geoffrey Masuyer / Julian Conrad / Pål Stenmark /
要旨: The tetanus neurotoxin (TeNT) is a highly potent toxin produced by that inhibits neurotransmission of inhibitory interneurons, causing spastic paralysis in the tetanus disease. TeNT differs from the ...The tetanus neurotoxin (TeNT) is a highly potent toxin produced by that inhibits neurotransmission of inhibitory interneurons, causing spastic paralysis in the tetanus disease. TeNT differs from the other clostridial neurotoxins by its unique ability to target the central nervous system by retrograde axonal transport. The crystal structure of the tetanus toxin reveals a "closed" domain arrangement stabilised by two disulphide bridges, and the molecular details of the toxin's interaction with its polysaccharide receptor. An integrative analysis combining X-ray crystallography, solution scattering and single particle electron cryo-microscopy reveals pH-mediated domain rearrangements that may give TeNT the ability to adapt to the multiple environments encountered during intoxication, and facilitate binding to distinct receptors.
履歴
登録2017年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetanus toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,3714
ポリマ－152,9101
非ポリマー1,4623
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area56820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.695, 136.840, 92.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.07, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Tetanus toxin / Tentoxylysin


分子量: 152909.828 Da / 分子数: 1 / 変異: R372A, Y375F / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Catalytically inactive variant of the tetanus neurotoxin
由来: (組換発現) Clostridium tetani (破傷風菌) / 遺伝子: tetX, CTC_p60 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04958, tentoxilysin
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1290.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAcb1-4[DNeup5Aca2-3]DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-4-2-3/a4-b1_b3-c2_b4-d1_d3-e1_e3-f2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% v/v polyethylene glycol 3350, 0.1M Bis-Tris propane pH 6.5, 0.2M potassium thiocyanate
PH範囲: 6.0-6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→68.5 Å / Num. obs: 58411 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.6→2.86 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.937 / Num. unique obs: 27187 / CC1/2: 0.307 / Rpim(I) all: 0.644 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Z7H, 1FV2

1z7h

1fv2


解像度: 2.6→68.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 14.355 / SU ML: 0.277 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.48 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24723 2862 4.9 %RANDOM
Rwork0.20288 ---
obs0.20505 55548 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.736 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7 Å20 Å22.87 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3----1.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→68.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10348 0 96 136 10580
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0210669
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.171.9714461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.874322808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.08651276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26625.472508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.016151901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0961535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02111656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022065
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4496.5945116
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4496.5945115
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2469.8866388
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2469.8866389
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1736.6865553
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1736.6865553
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7769.9538074
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.52774.39311261
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.52474.40411250
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 202 -
Rwork0.355 4127 -
obs--99.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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