PDB-5n08: Structure of the apo form of the NO response regulator NsrR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n08

タイトル

Structure of the apo form of the NO response regulator NsrR

要素

HTH-type transcriptional repressor NsrR

キーワード

TRANSCRIPTION / NO SENSOR / APO FORM

機能・相同性

機能・相同性情報

2 iron, 2 sulfur cluster binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.90095480392 Å

データ登録者

Volbeda, A. / Fontecilla-Camps, J.C.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of the NO sensor NsrR reveal how its iron-sulfur cluster modulates DNA binding.
著者: Volbeda, A. / Dodd, E.L. / Darnault, C. / Crack, J.C. / Renoux, O. / Hutchings, M.I. / Le Brun, N.E. / Fontecilla-Camps, J.C.

履歴

登録	2017年2月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月3日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月16日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n08.cif.gz	274.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n08.ent.gz	197.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n08.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5n08_validation.pdf.gz	459.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5n08_full_validation.pdf.gz	466.3 KB	表示
XML形式データ	5n08_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	5n08_validation.cif.gz	30.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/5n08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/5n08	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n07C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1e5z-1 1e5y-1 1nzr-1 1azr-2 1e5z-2 1azr-1 3lic-d 6ios-d 3lia-1 1ils-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HTH-type transcriptional repressor NsrR

B: HTH-type transcriptional repressor NsrR

C: HTH-type transcriptional repressor NsrR

D: HTH-type transcriptional repressor NsrR

E: HTH-type transcriptional repressor NsrR

87 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HTH-type transcriptional repressor NsrR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: HTH-type transcriptional repressor NsrR

D: HTH-type transcriptional repressor NsrR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.8 kDa, 2 ポリマー
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3

C: HTH-type transcriptional repressor NsrR

E: HTH-type transcriptional repressor NsrR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	159.530, 159.530, 76.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...	A	A	2 - 59	2 - 59
1	2	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...	A	A	66 - 134	66 - 134
2	3	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...	B	B	2 - 59	2 - 59
2	4	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...	B	B	66 - 134	66 - 134
3	5	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain C and (resseq 2 or (resid 3 and (name...	C	C	2 - 59	2 - 59
3	6	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain C and (resseq 2 or (resid 3 and (name...	C	C	66 - 134	66 - 134
4	7	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain D and (resseq 2 or (resid 3 and (name...	D	D	2 - 59	2 - 59
4	8	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain D and (resseq 2 or (resid 3 and (name...	D	D	66 - 134	66 - 134
5	1	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain E and (resseq 2:18 or (resid 19 and (name...	E	E	2 - 59	2 - 59
5	9	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain E and (resseq 2:18 or (resid 19 and (name...	E	E	66 - 134	66 - 134

#1: タンパク質	HTH-type transcriptional repressor NsrR 分子量: 17406.910 Da / 分子数: 5 / 変異: C93A, C99A, C105A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア) 遺伝子: nsrR, SCO7427, SC6D11.23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L132

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.93 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 / 詳細: MPD, Tris, anaerobic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.14
反射	解像度: 3.9→43.14 Å / Num. obs: 10293 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.18 / R_pim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 3.9→4.04 Å / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 2.274 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 984 / CC_1/2: 0.164 / R_pim(I) all: 0.907 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: holo-NsrR

解像度: 3.90095480392→43.1394718379 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34218458775 / 位相誤差: 39.6275402404
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: USE OF TORSION NCS RESTRAINTS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276728442014	554	5.38491446345 %
R_work	0.26984705262	9734	-
obs	0.269802059181	10288	98.2617000955 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 214.70875756 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.90095480392→43.1394718379 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4364	0	0	0	4364

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00470836352958	4417
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.868504670821	6044
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0404552879778	779
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0081370579761	776
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4245976811	2664

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.9028-4.294	0.39553693321	144	0.385397612345	2385	X-RAY DIFFRACTION	92.5854037267
4.294-4.9118	0.330778888661	130	0.313103872204	2417	X-RAY DIFFRACTION	93.7912301125
4.9118-6.1748	0.285810012415	154	0.284700046052	2394	X-RAY DIFFRACTION	92.7547462224
6.1748-26.1098	0.222337088794	121	0.221122681651	2504	X-RAY DIFFRACTION	93.1547619048

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.77361191024	0.885503070052	-3.68270783822	5.05883052762	-1.26390701023	7.96451721585	-0.632273751496	-0.292106855523	0.195180442706	0.961503526733	-0.0878651737835	1.53262004384	1.00887934164	1.45761579929	0.881008700337	1.52438070484	-0.0049281618445	-0.199825450219	1.10267774393	0.188676698349	1.66537762362	15.028632128	135.435809235	25.5196903252
2	3.46635842479	0.0102926618173	-2.73015012177	2.97142193429	-2.09699224266	3.06837748645	0.359157704516	0.0119125873903	0.416069419182	0.689955041662	0.148868652713	1.20187083816	0.414683741101	-0.0883105749761	0.0282225028615	2.01604858004	0.243327243688	0.208549207071	1.53899934909	-0.0028846744412	2.53391311956	20.2819446809	108.259362391	21.0178584295
3	3.89710876819	0.420226459274	-0.277666443377	2.74948620047	-1.1014033453	4.0417103458	-0.452541201161	0.00737567664842	-1.82077081535	0.863921508875	0.176767484522	1.09427080169	0.561275829637	-0.00624582382862	-0.137918688908	1.79141654322	0.456927855312	0.11305339951	1.36735454569	-0.0532121061059	2.47277395939	36.8623962899	86.1163934446	15.0676414729
4	2.509313025	-3.59134169572	2.5594807778	2.60851963851	0.343958282928	4.4564824689	-0.0385063181221	-0.25583601403	-1.58897272959	-0.0573353633284	0.434827974707	1.25619915958	0.466145641997	0.0832859689735	0.445624782553	2.23815519156	0.362088804834	0.412072528806	1.91436646321	-0.0926479699975	1.88354765511	17.82745077	113.544566033	-4.65685426916
5	2.75028141122	-0.1879782385	3.05025169959	3.18004143588	1.53379128994	7.58774330817	1.20327263215	0.766348082498	-0.604342912565	-0.57999261704	0.467425715365	0.58608919308	-0.415522251718	-0.941985811547	-1.00421031286	1.90843783047	0.510111212392	0.0047787352613	1.62947462576	-0.250094415753	2.4176561713	32.6892798783	89.9276330036	-10.0606707632

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 134 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 2 through 134 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 2 through 134 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 2 through 134 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 2 through 134 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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