+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mzu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the myosin chaperone UNC-45 from C. elegans (alternative conformation) | ||||||
要素 | UNC-45 | ||||||
キーワード | CHAPERONE / myosin folding / protein filament / UCS domain / ARM repeats | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 egg-laying behavior / locomotion / embryo development ending in birth or egg hatching / muscle organ development / sarcomere organization / cleavage furrow / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / Hsp90 protein binding / cell cortex ...egg-laying behavior / locomotion / embryo development ending in birth or egg hatching / muscle organ development / sarcomere organization / cleavage furrow / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / Hsp90 protein binding / cell cortex / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
Model details | Alternative conformation, with rearranged UCS domain | ||||||
データ登録者 | Hellerschmied, D. / Gazda, L. / Clausen, T. | ||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: UFD-2 is an adaptor-assisted E3 ligase targeting unfolded proteins. 著者: Hellerschmied, D. / Roessler, M. / Lehner, A. / Gazda, L. / Stejskal, K. / Imre, R. / Mechtler, K. / Dammermann, A. / Clausen, T. #1: ジャーナル: Cell / 年: 2013 タイトル: The myosin chaperone UNC-45 is organized in tandem modules to support myofilament formation in C. elegans. 著者: Gazda, L. / Pokrzywa, W. / Hellerschmied, D. / Loewe, T. / Forne, I. / Mueller-Planitz, F. / Hoppe, T. / Clausen, T. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mzu.cif.gz | 320.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5mzu.ent.gz | 270.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mzu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5mzu_validation.pdf.gz | 433.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5mzu_full_validation.pdf.gz | 448.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5mzu_validation.xml.gz | 29.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5mzu_validation.cif.gz | 40.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/5mzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/5mzu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 108552.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: unc-45, CELE_F30H5.1, F30H5.1 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G5EG62 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.24 % / Mosaicity: 0.213 ° |
---|---|
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Hepes pH 7.0, 10% PEG8000, 12% ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月2日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 16050 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 160.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 0.987 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 70085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.8→29.4 Å / SU ML: 0.67 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.51 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 334.86 Å2 / Biso mean: 183.7562 Å2 / Biso min: 108.09 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.8→29.4 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 12.7028 Å / Origin y: -34.2048 Å / Origin z: 27.4897 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |