PDB-5mzs: Crystal structure of the ferric enterobactin receptor (PfeA) muta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mzs

タイトル

Crystal structure of the ferric enterobactin receptor (PfeA) mutant (R480A_Q482A) from Pseudomonas aeruginosa

要素

Ferric enterobactin receptor

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / PfeA / PA2688 / outer membrane receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

siderophore transmembrane transport / colicin transmembrane transporter activity / siderophore transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / outer membrane / enterobactin binding / cell outer membrane / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.67 Å

データ登録者

Moynie, L. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The complex of ferric-enterobactin with its transporter from Pseudomonas aeruginosa suggests a two-site model.
著者: Moynie, L. / Milenkovic, S. / Mislin, G.L.A. / Gasser, V. / Malloci, G. / Baco, E. / McCaughan, R.P. / Page, M.G.P. / Schalk, I.J. / Ceccarelli, M. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2017年2月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mzs.cif.gz	287.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mzs.ent.gz	234.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mzs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mzs_validation.pdf.gz	427.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mzs_full_validation.pdf.gz	430.5 KB	表示
XML形式データ	5mzs_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	5mzs_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/5mzs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/5mzs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m9bSC 5nc4C 5nr2C 5outC 6i2jC 6q5eC 6r1fC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z2n-d 6i2j-d 5nr2-d 6y47-d 6r1f-d 5nc4-d 6z33-d 5fok-2 5m9b-d 5nc3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ferric enterobactin receptor

78.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.230, 156.860, 76.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Ferric enterobactin receptor 分子量: 78601.281 Da / 分子数: 1 / 変異: R480A_Q482A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mutants R480A Q482A 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 遺伝子: pfeA, PA2688 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05098
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 8000, ADA, magnesium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96858 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96858 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.67→76.58 Å / Num. obs: 31598 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.67→2.72 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 1.197 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 1564 / Num. unique obs: 9471 / CC_1/2: 0.662 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5m9b

5m9b

解像度: 2.67→76.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 31.189 / SU ML: 0.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.478 / ESU R Free: 0.307 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26597	1546	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21787	-	-	-
obs	0.22021	30008	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.326 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.49 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.67→76.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5418	0	0	7	5425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	5530
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5071
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.473	1.947	7506
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.771	3	11651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.12	5	705
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.987	24.424	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.171	15	884
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.312	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	804
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	6510
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.835	4.192	2823
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.834	4.192	2822
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.097	6.298	3527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.097	6.297	3528
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.909	4.457	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.908	4.456	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.406	6.587	3979
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.347	88.68	11776
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.347	88.676	11777
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.67→2.739 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.379	124	-
R_work	0.36	2206	-
obs	-	-	99.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.344	-0.026	-0.287	3.9095	0.333	2.5049	-0.0214	0.1872	-0.1045	-0.3499	-0.0203	0.0821	-0.0338	0.0567	0.0416	0.0542	0.0123	-0.015	0.0877	0.0323	0.2516	-4.1803	26.5228	-12.3436
2	2.2817	0.0476	0.1525	3.2705	1.0553	3.2288	-0.0692	0.2628	0.1755	-0.5204	0.0894	-0.6358	-0.5313	0.5288	-0.0202	0.1766	-0.1361	0.0588	0.1763	0.0504	0.5044	10.7432	34.6448	-14.2102
3	4.8325	-1.0433	-2.5398	3.3265	2.8382	4.381	0.131	0.0124	0.4971	-0.7781	0.0351	-0.1019	-1.2064	0.4443	-0.1661	0.4412	-0.1788	-0.0051	0.1634	0.1314	0.4372	-0.9308	41.3892	-14.3809
4	1.758	-0.3869	-0.2586	2.1863	0.8033	3.2564	-0.1018	0.4076	0.1349	-0.3852	-0.1227	0.2481	-0.6201	-0.1785	0.2245	0.2832	0.1065	-0.0907	0.1956	0.0339	0.4165	-12.928	38.0745	-16.1056
5	1.8761	-0.5239	-0.4394	3.041	-0.282	2.3772	-0.0736	0.5319	-0.0809	-0.6133	-0.0631	0.7291	-0.0635	-0.4349	0.1367	0.2789	-0.0357	-0.2683	0.2793	-0.0812	0.4854	-17.5121	23.8314	-20.1011
6	0.7098	-1.5375	-0.4139	3.3938	0.8861	0.2476	0.4558	0.3297	-0.1092	-1.1251	-0.474	0.2379	-0.2175	-0.2526	0.0182	1.0185	-0.2659	-0.5192	1.2583	0.0435	0.535	-16.1382	26.4296	-40.3871
7	5.7258	-1.0059	2.4242	6.3927	-1.513	5.8795	-0.0662	0.6444	-0.059	-0.4918	-0.1047	0.1493	0.4875	-0.0253	0.1709	0.1995	-0.009	0.0851	0.1196	-0.094	0.4267	-0.9886	9.5121	-14.7872
8	4.0075	-0.122	3.9653	3.0051	-2.1698	11.4127	-0.1056	0.4774	-0.1942	-0.6096	-0.0146	-0.1383	0.1503	-0.0272	0.1202	0.2401	0.0836	0.1134	0.2091	-0.1052	0.4421	6.8116	13.6315	-20.8866
9	2.373	-0.8923	-0.6054	5.8434	0.2586	0.2841	-0.0877	0.2843	-0.0318	-0.2866	-0.0534	-1.3609	0.1295	0.0881	0.1411	0.1452	0.0756	0.2007	0.3168	0.0738	0.6216	14.187	23.1852	-14.6374

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 154
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	155 - 238
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	239 - 298
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	299 - 382
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	383 - 529
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	530 - 567
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	568 - 613
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	614 - 661
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	662 - 721

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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