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- PDB-5mz6: Cryo-EM structure of a Separase-Securin complex from Caenorhabdit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mz6
タイトルCryo-EM structure of a Separase-Securin complex from Caenorhabditis elegans at 3.8 A resolution
要素
  • Interactor of FizzY protein
  • SEParase
キーワードCELL CYCLE / caspase / cohesin / cleavage
機能・相同性
機能・相同性情報


Separation of Sister Chromatids / separase-securin complex / eggshell formation / metaphase plate / regulation of nematode larval development / separase / cortical granule exocytosis / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / meiotic chromosome separation / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion ...Separation of Sister Chromatids / separase-securin complex / eggshell formation / metaphase plate / regulation of nematode larval development / separase / cortical granule exocytosis / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / meiotic chromosome separation / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / polarity specification of anterior/posterior axis / polar body extrusion after meiotic divisions / cortical granule / mitotic sister chromatid separation / regulation of centriole-centriole cohesion / regulation of exocytosis / multicellular organismal reproductive process / meiotic spindle / centrosome localization / regulation of locomotion / cleavage furrow / centrosome duplication / mitotic cytokinesis / condensed chromosome / condensed nuclear chromosome / protein localization / spindle microtubule / protein processing / mitotic spindle / spindle / nuclear envelope / chromosome / cell cortex / midbody / protease binding / protein stabilization / cysteine-type endopeptidase activity / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase family C50 / Peptidase C50, separase / SEPARIN core domain / SEPARIN core domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Separin homolog sep-1 / Securin-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Boland, A. / Martin, T.G. / Zhang, Z. / Yang, J. / Bai, X.C. / Chang, L. / Scheres, S.H.W. / Barford, D.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structure of a metazoan separase-securin complex at near-atomic resolution.
著者: Andreas Boland / Thomas G Martin / Ziguo Zhang / Jing Yang / Xiao-Chen Bai / Leifu Chang / Sjors H W Scheres / David Barford /
要旨: Separase is a caspase-family protease that initiates chromatid segregation by cleaving the kleisin subunits (Scc1 and Rec8) of cohesin, and regulates centrosome duplication and mitotic spindle ...Separase is a caspase-family protease that initiates chromatid segregation by cleaving the kleisin subunits (Scc1 and Rec8) of cohesin, and regulates centrosome duplication and mitotic spindle function through cleavage of kendrin and Slk19. To understand the mechanisms of securin regulation of separase, we used single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine a near-atomic-resolution structure of the Caenorhabditis elegans separase-securin complex. Separase adopts a triangular-shaped bilobal architecture comprising an N-terminal tetratricopeptide repeat (TPR)-like α-solenoid domain docked onto the conserved C-terminal protease domain. Securin engages separase in an extended antiparallel conformation, interacting with both lobes. It inhibits separase by interacting with the catalytic site through a pseudosubstrate mechanism, thus revealing that in the inhibited separase-securin complex, the catalytic site adopts a conformation compatible with substrate binding. Securin is protected from cleavage because an aliphatic side chain at the P1 position represses protease activity by disrupting the organization of catalytic site residues.
履歴
登録2017年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Database references
改定 1.22017年4月19日Group: Database references
改定 1.32017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name
改定 1.42019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3583
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: SEParase
B: Interactor of FizzY protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,3442
ポリマ－171,3442
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area39900 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 SEParase / Separase


分子量: 144315.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: sep-1, CELE_Y47G6A.12, Y47G6A.12 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G5ED39
#2: タンパク質 Interactor of FizzY protein


分子量: 27027.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: ify-1, C27A2.3, CELE_C27A2.3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q18235

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Caenorhabditis elegans Separase-Securin complex / タイプ: COMPLEX
詳細: C. elegans Separase-Securin complex at 3.8 Angstrom resolution refined with Relion.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.17 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.8
試料濃度: 0.02 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse sample
試料支持詳細: Glow discharging was performed before applying graphene oxide solution onto the grid. Grid was washed three times, dried and sample was applied. For detailed information see: https://figshare. ...詳細: Glow discharging was performed before applying graphene oxide solution onto the grid. Grid was washed three times, dried and sample was applied. For detailed information see: https://figshare.com/articles/Graphene_Oxide_Grid_Preparation/3178669
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Custom Manual Plunger

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.8 sec. / 電子線照射量: 1.25 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: -20 eV
画像スキャン横: 3710 / 縦: 3710

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4GctfCTF補正
7Coot0.88モデルフィッティング
9RELION2初期オイラー角割当
10RELION2最終オイラー角割当
12RELION2３次元再構成
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 1 Å / B: 1 Å / C: 1 Å / 空間群名: 1 / 空間群番号: 1
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103696 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0058569
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.89111591
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.8255189
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0491312
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061473

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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