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- PDB-5mz5: Crystal structure of aldehyde dehydrogenase 21 (ALDH21) from Phys... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mz5
タイトルCrystal structure of aldehyde dehydrogenase 21 (ALDH21) from Physcomitrella patens in its apoform
要素ALDH21)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / succinic semialdehyde dehydrogenase / NADP+ binding
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) / lactaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal ...: / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Physcomitrella patens subsp. patens (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Kopecny, D. / Koncitikova, R. / Briozzo, P. / Morera, S.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
GACR15-22322S チェコ
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2017
タイトル: The ALDH21 gene found in lower plants and some vascular plants codes for a NADP(+) -dependent succinic semialdehyde dehydrogenase.
著者: Kopecna, M. / Vigouroux, A. / Vilim, J. / Koncitikova, R. / Briozzo, P. / Hajkova, E. / Jaskova, L. / von Schwartzenberg, K. / Sebela, M. / Morera, S. / Kopecny, D.
履歴
登録2017年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALDH21)
B: ALDH21)
C: ALDH21)
D: ALDH21)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,55129
ポリマ－226,5514
非ポリマー2,00025
水16,214900
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25100 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area59470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.802, 151.793, 158.518
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
ALDH21)


分子量: 56637.805 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Physcomitrella patens subsp. patens (植物)
遺伝子: PHYPADRAFT_215149 / プラスミド: pCDFDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A9SS48
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 900 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: protein buffer: 20 mM Tris-HCl buffer pH 8.0, 100 mM NaCl and 2% (w/v) glycerol; precipitant solution: 30 % (w/v) PEG 2000-MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月4日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 120186 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.41 % / Biso Wilson estimate: 36.94 Å2 / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 10.46
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 3.24 % / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Rsym value: 0.8 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2W8Q

2w8q


解像度: 2.15→48.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU R Cruickshank DPI: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.215 / SU Rfree Blow DPI: 0.165 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.165
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 5992 5 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.186 119834 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3562 Å20 Å20 Å2
2---3.9809 Å20 Å2
3---6.3371 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14866 0 130 900 15896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0115275HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1120612HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5359SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes376HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2182HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15275HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.57
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.77
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1966SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact18605SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 405 5 %
Rwork0.25 7698 -
all0.252 8103 -
obs--91.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.35410.0133-0.10230.37710.0350.48650.00330.04230.039-0.09020.0089-0.0383-0.05010.0641-0.01220.0008-0.01550.0101-0.03530.0091-0.089347.8978-71.248439.508
20.2672-0.02770.08710.3083-0.02190.3730.00750.0126-0.0376-0.0386-0.00080.04870.0587-0.0635-0.00670.0008-0.01640.011-0.01370.0005-0.082117.2908-91.254545.1602
30.26420.00990.11770.43010.03920.43430.0114-0.03130.00320.09680.0007-0.04840.02640.0609-0.0121-0.00390.0118-0.0091-0.0232-0.0092-0.087947.8736-80.890683.3932
40.32160.0108-0.07340.2080.03710.3841-0.0055-0.04210.10230.0301-0.00270.0093-0.0875-0.10310.0082-0.00880.0419-0.014-0.0146-0.0255-0.069417.8285-60.082377.8294
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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