[日本語] English
万見
- PDB-5myi: Convergent evolution involving dimeric and trimeric dUTPases in s... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5myi
タイトルConvergent evolution involving dimeric and trimeric dUTPases in signalling.
要素dUTPase from DI S. aureus phage
キーワードHYDROLASE / Staphylococcus aureus / pathogenicity island / SaPI / dUTPases / signalling / gene transfer / mobile genetic elements
機能・相同性Dimeric dUTPase Dut-like / dUTPase/dCTP pyrophosphatase / dUTPase / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / metal ion binding / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / dUTPase from DI S. aureus phage
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Donderis, J. / Bowring, J. / Maiques, E. / Ciges-Tomas, J.R. / Alite, C. / Mehmedov, I. / Tormo-Mas, M.A. / Penades, J.R. / Marina, A.
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: Convergent evolution involving dimeric and trimeric dUTPases in pathogenicity island mobilization.
著者: Donderis, J. / Bowring, J. / Maiques, E. / Ciges-Tomas, J.R. / Alite, C. / Mehmedov, I. / Tormo-Mas, M.A. / Penades, J.R. / Marina, A.
履歴
登録2017年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: dUTPase from DI S. aureus phage
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6568
ポリマ－24,1981
非ポリマー4587
水1,856103
1
D: dUTPase from DI S. aureus phage
ヘテロ分子

D: dUTPase from DI S. aureus phage
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,31316
ポリマ－48,3962
非ポリマー91714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/61
Buried area2790 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area17070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.450, 79.450, 125.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 D

#1: タンパク質 dUTPase from DI S. aureus phage


分子量: 24198.186 Da / 分子数: 1 / 変異: A73L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A2D0TC88*PLUS, dUTP diphosphatase

-
非ポリマー , 5種, 110分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.07 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 30% PEG400 0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97948 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→68.81 Å / Num. obs: 19182 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2723 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→60.367 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2087 984 5.14 %
Rwork0.1651 --
obs0.1672 19129 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→60.367 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1365 0 25 103 1493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9241934
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.799532
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038208
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005252
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9001-2.00030.27171320.22522534X-RAY DIFFRACTION100
2.0003-2.12570.25551470.20222518X-RAY DIFFRACTION100
2.1257-2.28980.22841410.16212546X-RAY DIFFRACTION100
2.2898-2.52020.21621530.16372540X-RAY DIFFRACTION100
2.5202-2.88490.19421390.172567X-RAY DIFFRACTION100
2.8849-3.63460.22491290.16242650X-RAY DIFFRACTION100
3.6346-60.39790.18251430.15272790X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0159-0.0125-0.01770.0194-0.00980.01250.44980.11050.3649-0.454-0.0112-0.2775-0.3914-0.0515-0.00210.45760.0256-0.11350.2907-0.05450.477133.128650.23132.0215
20.71550.07330.06780.2363-0.03230.3712-0.03390.93720.6082-0.0621-0.2732-0.1922-0.32120.1144-0.02120.3315-0.0318-0.04840.36230.07180.294941.167940.6919-10.0213
30.3846-0.063-0.42330.027-0.05161.0094-0.22630.5653-0.1160.1935-0.09220.13350.98360.0788-0.01450.28190.1304-0.03060.5767-0.03280.232647.609625.9912-11.3538
40.1288-0.18220.05450.2125-0.06930.08320.02770.1674-0.04430.0604-0.1028-0.16130.04580.29660.00020.1862-0.0184-0.03660.21080.00890.194243.233329.46056.0258
50.12230.0537-0.00490.05810.0431-0.01050.0969-0.0204-0.24430.016-0.1050.15920.09750.0912-0.00020.2947-0.039-0.01250.2689-0.01980.272447.353435.609722.4726
60.3796-0.0007-0.1919-0.0379-0.0290.1036-0.05260.13960.1217-0.0928-0.03390.077-0.22690.1993-0.00010.24620.0028-0.03060.23040.00690.263542.95336.29010.9662
70.1236-0.0682-0.0610.0802-0.01120.0319-0.0150.1716-0.0722-0.1513-0.47650.49-0.4309-0.3393-0.00560.29190.0653-0.08740.3526-0.06770.344226.566438.4069-5.5711
80.02840.0088-0.03770.00780.00440.04410.3237-0.21960.32990.0089-0.18210.5229-0.2861-0.6898-0.00010.36250.1086-0.0120.5861-0.05190.368424.885938.265210.6046
90.00030.0094-0.00160.00840.0060.0262-0.30870.00190.31630.27630.1114-0.2364-0.36670.06410.00050.34530.0705-0.07290.3258-0.05830.30833.476837.589618.0089
100.1150.1287-0.03090.1469-0.07830.1145-0.0851-0.0755-0.0995-0.06280.00230.0488-0.2671-0.23020.00020.2375-0.0197-0.0040.326-0.00990.265734.549327.050313.5474
110.0256-0.01580.02680.0116-0.025-0.00940.0554-0.2705-0.6112-0.0099-0.51320.54081.251-0.2536-0.00060.5273-0.01170.05270.33270.03950.420431.016722.28742.1602
120.0355-0.12010.00920.0987-0.0407-0.0111-0.013-0.12050.1559-0.153-0.05140.0388-0.1793-0.1878-0.00030.22940.038-0.05040.2714-0.05510.249734.085638.72845.444
130.40070.15150.5110.24410.04850.45350.02980.48360.2854-0.2243-0.0887-0.2493-0.25890.1476-0.00010.3214-0.0408-0.02390.33180.02940.376649.150943.149-3.3297
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 1 through 6 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 7 through 23 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 24 through 28 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 29 through 47 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 48 through 60 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 61 through 82 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 83 through 97 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 98 through 103 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 104 through 109 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 110 through 120 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 121 through 126 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 127 through 143 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 144 through 165 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る