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- PDB-5my8: Crystal structure of SRPK1 in complex with SPHINX31 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5my8
タイトルCrystal structure of SRPK1 in complex with SPHINX31
要素SRSF protein kinase 1,SRSF protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / splicing kinase / inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm DNA condensation / regulation of mRNA processing / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Maturation of nucleoprotein / negative regulation of viral genome replication / spliceosomal complex assembly / positive regulation of viral genome replication / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / RNA splicing / chromosome segregation ...sperm DNA condensation / regulation of mRNA processing / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Maturation of nucleoprotein / negative regulation of viral genome replication / spliceosomal complex assembly / positive regulation of viral genome replication / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / RNA splicing / chromosome segregation / nuclear matrix / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein phosphorylation / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / chromatin / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...: / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / SPHINX31 / SRSF protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chaikuad, A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Development of Potent, Selective SRPK1 Inhibitors as Potential Topical Therapeutics for Neovascular Eye Disease.
著者: Batson, J. / Toop, H.D. / Redondo, C. / Babaei-Jadidi, R. / Chaikuad, A. / Wearmouth, S.F. / Gibbons, B. / Allen, C. / Tallant, C. / Zhang, J. / Du, C. / Hancox, J.C. / Hawtrey, T. / Da ...著者: Batson, J. / Toop, H.D. / Redondo, C. / Babaei-Jadidi, R. / Chaikuad, A. / Wearmouth, S.F. / Gibbons, B. / Allen, C. / Tallant, C. / Zhang, J. / Du, C. / Hancox, J.C. / Hawtrey, T. / Da Rocha, J. / Griffith, R. / Knapp, S. / Bates, D.O. / Morris, J.C.
履歴
登録2017年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SRSF protein kinase 1,SRSF protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,71125
ポリマ－43,6001
非ポリマー2,11124
水7,134396
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint53 kcal/mol
Surface area17690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.883, 74.883, 310.129
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

CIT

21A-1188-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 SRSF protein kinase 1,SRSF protein kinase 1 / SFRS protein kinase 1 / Serine/arginine-rich protein-specific kinase 1 / SR-protein-specific kinase 1


分子量: 43600.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRPK1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3-pRARE2
参照: UniProt: Q96SB4, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 6種, 420分子

#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-RXZ / SPHINX31


分子量: 507.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H24F3N5O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.27 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 22% broad-molecular-weight PEG smears (BMW PEG smears) and 0.1 M citrate, pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→28.74 Å / Num. obs: 57614 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.799 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 8123 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→28.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 3.621 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2002 2893 5 %RANDOM
Rwork0.16414 ---
obs0.16585 54679 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.393 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20.12 Å20 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.213 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→28.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2874 0 140 396 3410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193181
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6481.9634287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93537168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8935381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.91824.113141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.35515555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.3841516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02722
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5512.0321459
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5512.0321460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4573.0321829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4583.0321829
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3152.4861722
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3142.4871723
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.683.5072447
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.18319.1793934
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.18619.173932
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 218 -
Rwork0.251 3892 -
obs--98.56 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.678 Å / Origin y: 46.597 Å / Origin z: 19.865 Å
111213212223313233
T0.094 Å2-0.0679 Å20.0139 Å2-0.0629 Å2-0.0064 Å2--0.014 Å2
L0.2655 °2-0.2062 °2-0.1204 °2-0.6193 °20.2749 °2--0.8355 °2
S0.0182 Å °0.0332 Å °0.0007 Å °0.0219 Å °-0.0974 Å °0.0038 Å °-0.065 Å °0.0365 Å °0.0792 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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