PDB-5mxd: BACE-1 IN COMPLEX WITH LIGAND 32397778

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mxd

タイトル

BACE-1 IN COMPLEX WITH LIGAND 32397778

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE / BACE PROTEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Alexander, R.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Human Beta Secretase 1 In Complex With Ligand 32397778
著者: Alexander, R.

履歴

登録	2017年1月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mxd.cif.gz	460.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mxd.ent.gz	393.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mxd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mxd_validation.pdf.gz	473.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mxd_full_validation.pdf.gz	481.7 KB	表示
XML形式データ	5mxd_validation.xml.gz	39.5 KB	表示
CIF形式データ	5mxd_validation.cif.gz	53.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/5mxd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/5mxd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4fse-3 4zsq-1 1sgz-1 4h3j-2 1xn3-4 4h3i-2 3kmy-3 4h3f-2 4zsm-2 1xn3-2 4ha5-2 2qmg-1 4r95-2 2vkm-4 4fsl-3 1fkn-2 4djv-2 3l5c-2 3skf-2 2qmg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

145 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	232.913, 100.737, 59.045
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.03, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2 分子量: 48111.129 Da / 分子数: 3 / 断片: PROTEASE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-III / ~{N},~{N}-dimethyl-2-pyrrolidin-1-yl-quinazolin-4-amine 分子量: 242.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₈N₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.99999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月18日詳細: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator, Dynamically bendable mirror, KB mirror pair
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.52→113.9 Å / Num. obs: 43635 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.64
反射シェル	解像度: 2.52→2.77 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.556 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0049	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.52→113.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 34.555 / SU ML: 0.331 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.683 / ESU R Free: 0.332 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28085	991	2.3 %	RANDOM
R_work	0.22695	-	-	-
obs	0.22822	42644	96.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.783 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.7 Å²	0 Å²	-0.84 Å²
2-	-	-2.28 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.52→113.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8960	0	57	0	9017

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	9256
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8558
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.232	1.953	12589
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.899	3	19677
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.788	5	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.145	23.863	422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.515	15	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.358	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	10542
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2201
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.516	4.382	4554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.516	4.382	4553
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.301	7.384	5682
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.301	7.384	5683
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.569	4.699	4702
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.569	4.701	4703
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.269	7.793	6908
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.22	19.795	9834
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.219	19.798	9835
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.52→2.585 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.385	68	-
R_work	0.388	3231	-
obs	-	-	97.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7339	-2.806	-1.37	20.5726	0.6079	5.0064	0.1117	0.0659	0.0952	-1.1338	-0.1109	-0.6106	0.0918	0.0376	-0.0009	0.0971	-0.006	-0.0218	0.2217	0.0036	0.1615	-27.871	-57.672	11.411
2	4.8329	1.7845	0.903	2.6908	-0.3462	2.298	-0.0276	0.3041	0.1475	-0.0499	0.0549	-0.1291	0.0266	-0.1225	-0.0272	0.0092	-0.0199	-0.0018	0.1321	0.0252	0.0311	-44.319	-56.793	14.325
3	2.1588	4.9395	-0.6836	11.7764	-0.898	4.903	0.461	-0.1313	0.2333	1.0901	-0.1652	0.1191	-0.5537	0.3434	-0.2958	0.1946	0.0593	-0.0312	0.33	-0.0829	0.4602	-51.351	-46.412	19.163
4	4.4798	0.88	0.1369	3.338	-0.3969	1.2981	-0.0148	0.0119	0.6015	0.1223	-0.0245	-0.0163	-0.1506	-0.0201	0.0393	0.0586	0.014	-0.0741	0.1263	-0.0161	0.199	-21.487	-46.532	25.285
5	5.1252	3.3665	-3.1043	2.4593	-0.6796	9.6004	-0.2431	0.0296	-0.3493	-0.2215	0.1466	-0.2194	-0.2983	1.0162	0.0965	0.3345	-0.15	0.0973	0.5127	-0.1488	0.3311	-18.187	-88.469	-7.62
6	3.8907	1.8908	0.0303	5.129	2.391	3.7553	-0.1826	0.2027	0.0581	-0.3734	0.3756	-0.6943	-0.1801	0.7596	-0.1931	0.1028	-0.0363	0.0063	0.3146	-0.0758	0.2186	-15.631	-79.416	6.441
7	1.3201	-2.2922	0.3356	17.378	1.6509	0.7753	-0.1657	-0.178	-0.26	0.4071	0.3595	-0.1375	0.2183	0.0926	-0.1938	0.2617	0.0282	0.0004	0.3107	0.0112	0.285	-11.916	-84.003	19.006
8	1.9747	0.2035	0.4597	4.6413	1.0667	1.5529	0.0828	-0.0025	-0.1467	0.2464	0.1041	-0.3214	0.1828	0.2218	-0.187	0.0936	0.0489	-0.0675	0.2306	-0.0249	0.0588	-26.787	-104.588	1.695
9	11.7535	-9.2434	2.1433	12.2567	-0.379	0.7459	-0.1431	-0.9453	-0.6134	0.523	0.2425	0.6966	0.0844	-0.3202	-0.0993	0.0531	-0.032	0.0237	0.2829	0.0086	0.2364	-71.653	-27.021	40.177
10	3.1234	1.6185	0.2968	2.5166	0.707	2.3239	-0.1426	0.1664	-0.1841	-0.2225	0.1036	0.0813	0.3335	-0.1727	0.0389	0.2574	0.056	-0.0276	0.3418	-0.0649	0.0607	-71.539	-37.912	27.417
11	7.5348	-0.3683	5.5932	2.5259	0.17	6.6083	0.1023	-0.0454	0.0623	0.2432	-0.003	0.0065	0.2334	0.2601	-0.0992	0.2885	-0.0173	0.0536	0.2593	-0.0091	0.2584	-62.87	-47.897	25.476
12	1.9905	-0.2993	1.1294	2.8098	0.4774	3.0152	0.0973	0.2077	-0.1954	-0.0387	0.0046	-0.3673	0.2614	0.1816	-0.1019	0.0513	0.0591	-0.0031	0.1709	-0.0464	0.0845	-51.1	-25.366	40.967

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	12 - 63
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	81 - 146
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	64 - 80
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	147 - 385
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 11
7	X-RAY DIFFRACTION	6	B	12 - 63
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	81 - 146
9	X-RAY DIFFRACTION	7	B	64 - 80
10	X-RAY DIFFRACTION	8	B	147 - 385
11	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 11
12	X-RAY DIFFRACTION	10	C	12 - 63
13	X-RAY DIFFRACTION	10	C	81 - 146
14	X-RAY DIFFRACTION	11	C	64 - 80
15	X-RAY DIFFRACTION	12	C	147 - 385

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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