PDB-5mx5: Mouse PA28alpha-beta

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mx5

タイトル

Mouse PA28alpha-beta

要素

Proteasome activator complex subunit 1
Proteasome activator complex subunit 2

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / proteasome activator / regulator / heptamer /

interferon-gamma (インターフェロンγ) /

hydrolase (加水分解酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / proteasome activator complex / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 ...Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / proteasome activator complex / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Assembly of the pre-replicative complex / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Degradation of AXIN / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / G2/M Checkpoints / Asymmetric localization of PCP proteins / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / Regulation of RAS by GAPs / Regulation of PTEN stability and activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / Degradation of GLI1 by the proteasome / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Degradation of DVL / UCH proteinases / Orc1 removal from chromatin / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Hedgehog ligand biogenesis / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Hedgehog 'on' state / positive regulation of endopeptidase activity / antigen processing and presentation of exogenous antigen / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Activation of NF-kappaB in B cells / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Interleukin-1 signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Separation of Sister Chromatids / Downstream TCR signaling / KEAP1-NFE2L2 pathway / MAPK6/MAPK4 signaling / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / ABC-family proteins mediated transport /

Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / endopeptidase activator activity / regulation of proteasomal protein catabolic process /

核質 / identical protein binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Huber, E.M. / Groll, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: The Mammalian Proteasome Activator PA28 Forms an Asymmetric alpha 4 beta 3 Complex.
著者: Huber, E.M. / Groll, M.

履歴

登録	2017年1月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mx5.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mx5.ent.gz	959.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mx5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/5mx5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/5mx5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5msjSC 5mskC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5msk-d 5msj-4 5msj-2 5msj-1 1kqn-d 2y7j-d 6dfk-1 5ef1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (49) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (4) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (2) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (1) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (2) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (49)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (4)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (2)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (2)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (3)
#123 - 2010年3月
P-糖タンパク質 (P-glycoprotein)
類似性 (1)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (2)
#99 - 2008年3月
カドヘリン (Cadherin)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Proteasome activator complex subunit 1

B: Proteasome activator complex subunit 2

C: Proteasome activator complex subunit 1

D: Proteasome activator complex subunit 2

E: Proteasome activator complex subunit 1

F: Proteasome activator complex subunit 2

G: Proteasome activator complex subunit 1

H: Proteasome activator complex subunit 1

I: Proteasome activator complex subunit 2

J: Proteasome activator complex subunit 1

K: Proteasome activator complex subunit 2

L: Proteasome activator complex subunit 1

M: Proteasome activator complex subunit 2

N: Proteasome activator complex subunit 1

ヘテロ分子

393 kDa, 14 ポリマー
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1

A: Proteasome activator complex subunit 1

B: Proteasome activator complex subunit 2

C: Proteasome activator complex subunit 1

D: Proteasome activator complex subunit 2

E: Proteasome activator complex subunit 1

F: Proteasome activator complex subunit 2

G: Proteasome activator complex subunit 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
196 kDa, 7 ポリマー
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2

H: Proteasome activator complex subunit 1

I: Proteasome activator complex subunit 2

J: Proteasome activator complex subunit 1

K: Proteasome activator complex subunit 2

L: Proteasome activator complex subunit 1

M: Proteasome activator complex subunit 2

N: Proteasome activator complex subunit 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
196 kDa, 7 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	126.090, 137.380, 136.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.44, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Proteasome activator complex subunit 1 / 11S regulator complex subunit alpha / REG-alpha / Activator of multicatalytic protease subunit 1 / ...11S regulator complex subunit alpha / REG-alpha / Activator of multicatalytic protease subunit 1 / Proteasome activator 28 subunit alpha / PA28alpha 分子量: 28717.973 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Psme1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P97371
#2: タンパク質	Proteasome activator complex subunit 2 / 11S regulator complex subunit beta / REG-beta / Activator of multicatalytic protease subunit 2 / ...11S regulator complex subunit beta / REG-beta / Activator of multicatalytic protease subunit 2 / Proteasome activator 28 subunit beta / PA28beta 分子量: 27094.283 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Psme2, Pa28b1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P97372
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M KH2PO4, 9 % PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 96305 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / R_merge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MSJ

5msj

解像度: 2.9→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 41.043 / SU ML: 0.351 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.416 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27226	4784	5 %	RANDOM
R_work	0.24307	-	-	-
obs	0.24453	90889	96.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.625 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	0 Å²	3.76 Å²
2-	-	-4.44 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.9→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23437	0	15	246	23698

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	23892
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	23010
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.926	1.984	32329
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.821	3	53571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.356	5	2901
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.422	25.099	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.039	15	4418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.868	15	132
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.043	0.2	3691
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	25961
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4411
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.412	6.866	11688
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.412	6.866	11687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.781	10.29	14561
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.781	10.29	14562
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.224	6.868	12204
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.224	6.861	12193
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.464	10.294	17751
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.004	81.219	26496
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.983	81.212	26482
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.904→2.977 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	333	-
R_work	0.345	6328	-
obs	-	-	94.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3209	-0.0782	-0.203	0.6946	0.2219	0.8168	0.0226	0.2001	0.0371	-0.2695	-0.0684	0.0137	-0.1975	-0.154	0.0458	0.221	0.0304	-0.0163	0.1252	-0.0331	0.0176	-49.155	-9.1555	131.9306
2	1.847	-0.3181	-0.2659	0.6726	0.0655	0.3248	-0.032	0.0551	-0.0069	-0.2376	0.0716	-0.0617	0.0097	-0.0265	-0.0396	0.2237	-0.0223	0.0029	0.1721	-0.0954	0.0639	-44.2704	-30.3585	137.5797
3	2.1347	0.2499	-0.1343	0.3778	-0.1022	0.6176	-0.0003	0.0549	-0.3408	-0.0648	0.0016	-0.1523	0.165	-0.0061	-0.0013	0.1048	0.0075	0.0209	0.0421	-0.0603	0.1745	-31.2263	-38.0279	154.2662
4	1.1726	0.6378	-0.406	0.8504	-0.0866	0.3901	-0.0245	-0.0526	-0.1479	0.0722	0.0353	-0.2002	0.101	0.0709	-0.0107	0.0556	0.0237	-0.0694	0.1218	0.0389	0.1816	-21.5091	-27.3743	169.1315
5	0.9275	0.1952	-0.644	1.1366	-0.171	0.5301	0.1067	-0.1184	-0.0122	0.1726	-0.0595	-0.2365	-0.1145	0.1007	-0.0472	0.1115	-0.05	-0.0512	0.1857	0.0047	0.121	-19.317	-5.2156	171.711
6	0.3854	0.1603	-0.2145	0.4846	-0.2852	1.7569	0.0041	-0.0523	0.0542	0.0207	-0.0492	-0.1287	-0.1358	-0.003	0.0451	0.2074	-0.0247	0.0119	0.0695	0.0104	0.0662	-28.3583	9.7141	160.7336
7	0.4728	0.1424	-0.0713	0.5909	0.0821	0.8597	-0.0035	0.0641	0.1068	-0.1501	-0.0384	-0.0159	-0.1915	-0.1408	0.0419	0.223	0.0114	-0.0008	0.0536	0.0188	0.0421	-41.8075	8.803	142.3236
8	1.2575	0.1067	-1.4341	0.7285	0.0373	1.9884	0.0627	0.0349	0.0729	0.0681	-0.0724	0.1566	-0.2243	-0.0164	0.0096	0.1883	-0.0324	0.0639	0.0761	-0.0551	0.1437	-89.3157	12.597	195.601
9	0.8595	0.8396	-0.9032	1.3927	-1.117	1.8003	0.1058	-0.0759	0.0514	0.2538	-0.0715	0.0377	-0.2899	0.0765	-0.0344	0.1739	-0.0562	0.0688	0.1025	-0.0818	0.0767	-78.116	0.9002	211.0708
10	2.7671	0.8348	-0.9286	0.8817	-0.3389	0.8249	0.1233	-0.2742	0.0026	0.2456	-0.0804	0.0124	-0.1195	0.1273	-0.0429	0.2106	-0.0343	0.0056	0.1198	0.0322	0.0335	-75.7743	-21.1009	213.4385
11	2.21	-0.1039	-0.6264	0.5474	0.0435	0.447	0.0397	0.0157	-0.1193	0.2131	-0.0247	0.0462	0.0508	0.0302	-0.015	0.1686	-0.0137	0.0065	0.0484	0.0598	0.1375	-85.5489	-36.6025	201.4682
12	1.6462	-0.3821	-0.6595	1.0493	0.2381	0.8524	0.0552	0.0721	-0.2592	0.0453	-0.0369	0.1789	0.0845	-0.0675	-0.0183	0.1069	-0.0595	-0.0289	0.0423	0.0042	0.1239	-99.1122	-34.3594	183.7415
13	0.879	-0.6504	-0.5394	1.2234	0.2327	0.4671	0.046	0.1055	-0.0161	-0.0839	0.014	0.135	0.0468	-0.035	-0.06	0.0581	0.0173	-0.0762	0.1617	-0.0159	0.1828	-105.3417	-16.8611	173.5192
14	0.9918	0.0389	-0.8309	0.7846	0.2945	1.7384	0.0613	0.1908	0.1904	-0.064	0.0411	0.3065	-0.2133	-0.0056	-0.1024	0.0804	0.0408	-0.0132	0.1145	0.0369	0.2235	-101.3339	4.8683	178.8909

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 242
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	7 - 243
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	6 - 243
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 243
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	4 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 244
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	3 - 242
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	6 - 242
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	9 - 243
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	7 - 242
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	5 - 242
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	4 - 242
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	5 - 244
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	6 - 242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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