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- PDB-5mx0: Crystal structure of human fibromodulin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mx0
タイトルCrystal structure of human fibromodulin
要素Fibromodulin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Leucine-rich repeat / extracellular matrix / collagen binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective CHST6 causes MCDC1 / Defective ST3GAL3 causes MCT12 and EIEE15 / transforming growth factor beta receptor complex assembly / keratan sulfate catabolic process / keratan sulfate biosynthetic process / Keratan sulfate degradation / Defective B4GALT1 causes B4GALT1-CDG (CDG-2d) / Keratan sulfate biosynthesis / collagen fibril organization / ECM proteoglycans ...Defective CHST6 causes MCDC1 / Defective ST3GAL3 causes MCT12 and EIEE15 / transforming growth factor beta receptor complex assembly / keratan sulfate catabolic process / keratan sulfate biosynthetic process / Keratan sulfate degradation / Defective B4GALT1 causes B4GALT1-CDG (CDG-2d) / Keratan sulfate biosynthesis / collagen fibril organization / ECM proteoglycans / lysosomal lumen / extracellular matrix / Golgi lumen / collagen-containing extracellular matrix / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Fibromodulin / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Fibromodulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Paracuellos, P. / Hohenester, E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust101748/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: Matrix Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural and functional analysis of two small leucine-rich repeat proteoglycans, fibromodulin and chondroadherin.
著者: Paracuellos, P. / Kalamajski, S. / Bonna, A. / Bihan, D. / Farndale, R.W. / Hohenester, E.
履歴
登録2017年1月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibromodulin
B: Fibromodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,66914
ポリマ－81,6192
非ポリマー6,05012
水10,196566
1
A: Fibromodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8357
ポリマ－40,8101
非ポリマー3,0256
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fibromodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8357
ポリマ－40,8101
非ポリマー3,0256
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.110, 98.930, 111.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-874-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Fibromodulin / FM / Collagen-binding 59 kDa protein / Keratan sulfate proteoglycan fibromodulin / KSPG fibromodulin


分子量: 40809.684 Da / 分子数: 2
変異: Y38S, Y39S, Y42S, Y45S, Y47S, Y50S, Y53S, Y55S, Y63S, Y65S
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FMOD, FM, SLRR2E / プラスミド: pCEP-Pu / 細胞株 (発現宿主): HEK293 c18 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q06828
#2: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10 mg/ml protein + 26% (w/v) PEG 3350, 200 mM lithium sulphate monohydrate, 100 mM Tris-HCl (pH 8.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→65.913 Å / Num. obs: 55434 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.21→2.27 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.84 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.523 / Rpim(I) all: 0.737 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XKU

1xku


解像度: 2.21→65.913 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2162 2823 5.1 %
Rwork0.1793 --
obs0.1812 55367 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→65.913 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4881 0 396 566 5843
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035416
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7597408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4972108
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03890
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003909
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.21-2.24810.3181310.29722609X-RAY DIFFRACTION99
2.2481-2.2890.35111300.32542661X-RAY DIFFRACTION99
2.289-2.3330.33111370.28952553X-RAY DIFFRACTION99
2.333-2.38070.32481310.28932621X-RAY DIFFRACTION98
2.3807-2.43240.34121560.27662591X-RAY DIFFRACTION98
2.4324-2.4890.29781280.25992629X-RAY DIFFRACTION100
2.489-2.55130.2671520.24632638X-RAY DIFFRACTION100
2.5513-2.62020.27111520.22782643X-RAY DIFFRACTION100
2.6202-2.69730.25251240.22192640X-RAY DIFFRACTION100
2.6973-2.78440.30251450.2232631X-RAY DIFFRACTION100
2.7844-2.88390.26691540.21542589X-RAY DIFFRACTION99
2.8839-2.99940.26361340.22322635X-RAY DIFFRACTION98
2.9994-3.13590.2751330.22692579X-RAY DIFFRACTION97
3.1359-3.30120.25971350.21792675X-RAY DIFFRACTION99
3.3012-3.5080.20861570.18442641X-RAY DIFFRACTION100
3.508-3.77890.17631330.15612634X-RAY DIFFRACTION99
3.7789-4.15910.17461510.12412653X-RAY DIFFRACTION99
4.1591-4.76080.14491290.11242586X-RAY DIFFRACTION97
4.7608-5.99750.17351430.12922678X-RAY DIFFRACTION99
5.9975-65.94210.18751680.16412658X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -41.2711 Å / Origin y: 19.1171 Å / Origin z: 132.5475 Å
111213212223313233
T0.3546 Å20.0076 Å2-0.036 Å2-0.3001 Å2-0.009 Å2--0.3275 Å2
L0.7149 °20.0881 °2-0.3375 °2-0.3527 °2-0.0733 °2--0.6785 °2
S0.1025 Å °-0.0115 Å °-0.0163 Å °0.009 Å °-0.0378 Å °-0.0048 Å °0.0363 Å °0.0005 Å °0.0077 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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