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万見
- PDB-5mww: Sigma1.1 domain of sigmaA from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mww
タイトルSigma1.1 domain of sigmaA from Bacillus subtilis
要素RNA polymerase sigma factor SigA
キーワードTRANSFERASE / autoinhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated transcription initiation => GO:0006352 / sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 ...RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase sigma factor SigA / RNA polymerase sigma factor SigA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Zachrdla, M. / Padrta, P. / Rabatinova, A. / Sanderova, H. / Barvik, I. / Krasny, L. / Zidek, L.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Solution structure of domain 1.1 of the sigma (A) factor from Bacillus subtilis is preformed for binding to the RNA polymerase core.
著者: Zachrdla, M. / Padrta, P. / Rabatinova, A. / Sanderova, H. / Barvik, I. / Krasny, L. / Zidek, L.
履歴
登録2017年1月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase sigma factor SigA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9781
ポリマ－8,9781
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5500 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 150structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase sigma factor SigA


分子量: 8977.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: sigA, A9D36_07220, AX282_18545, B4122_2417, B4122_4198, B4417_0909, SAMN05878487_2592
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A063XB56, UniProt: P06224*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic22D 1H-15N HSQC
122isotropic22D 1H-13C HSQC
132isotropic23D CBCA(CO)NH
142isotropic23D HN(CA)CB
152isotropic23D HN(CO)CA
1122isotropic23D HNCA
1112isotropic13D HNCO
1102isotropic11D 1H
192isotropic23D (H)CCH-TOCSY
182isotropic13D TOCSY-HSQC
172isotropic115N-NOESY-HSQC
162isotropic113Cali-NOESY-HSQC
1142isotropic113Caro-NOESY-HSQC
1172isotropic13D H(CC)(CO)NH
1162isotropic13D (H)CC(CO)NH
1152isotropic12D 1H-15N HSQC
1131isotropic13D HNHA
1212anisotropic11H, 15N-IPAP
1202anisotropic1HN[C]-S3E
1192anisotropic113C-detected (H)CACO-IPAP
1183anisotropic11H, 15N-IPAP
1233anisotropic1HN[C]-S3E
1223anisotropic113C-detected (H)CACO-IPAP

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.6 mM [U-15N] sigma1.1, 10 mM NA- sodium chloride, 20 mM NA- sodium phosphate, 6 mM NA- sodium azide, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution20.8 mM [U-13C; U-15N] sigma1.1, 10 mM NA- sodium chloride, 20 mM NA- sodium phosphate, 6 mM NA- sodium azide, 90% H2O/10% D2O13C15N_sample90% H2O/10% D2O
gel solution30.8 mM [U-13C; U-15N] sigma1.1, 10 mM NA- sodium chloride, 20 mM NA- sodium phosphate, 6 mM NA- sodium azide, 5 % NA- polyacrylamide gel, 90% H2O/10% D2O13C15N_sample_gel90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMsigma1.1[U-15N]1
10 mMsodium chlorideNA-1
20 mMsodium phosphateNA-1
6 mMsodium azideNA-1
0.8 mMsigma1.1[U-13C; U-15N]2
10 mMsodium chlorideNA-2
20 mMsodium phosphateNA-2
6 mMsodium azideNA-2
0.8 mMsigma1.1[U-13C; U-15N]3
10 mMsodium chlorideNA-3
20 mMsodium phosphateNA-3
6 mMsodium azideNA-3
5 %polyacrylamide gelNA-3
試料状態イオン強度: 10 mM / Label: condition1 / pH: 6.6 / 圧: 1 atm / 温度: 298.2 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8501
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002

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解析

NMR software名称: CNS / 開発者: Brunger A. T. et.al. / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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