[日本語] English
万見
- PDB-5mun: Structural insight into zymogenic latency of gingipain K from Por... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mun
タイトルStructural insight into zymogenic latency of gingipain K from Porphyromonas gingivalis.
要素Lys-gingipain W83
キーワードHYDROLASE / Cysteine protease / zymogenic latency
機能・相同性
機能・相同性情報


gingipain K / hemolysis in another organism / cysteine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cleaved adhesin / Peptidase C25, gingipain, C-terminal / Cleaved Adhesin Domain / Domain of unknown function (DUF2436) / Peptidase C25, Ig-like domain / Gingipain propeptide / Gingipain propeptide superfamily / Gingipain, N-terminal / Peptidase family C25, C terminal ig-like domain / Propeptide_C25 ...Cleaved adhesin / Peptidase C25, gingipain, C-terminal / Cleaved Adhesin Domain / Domain of unknown function (DUF2436) / Peptidase C25, Ig-like domain / Gingipain propeptide / Gingipain propeptide superfamily / Gingipain, N-terminal / Peptidase family C25, C terminal ig-like domain / Propeptide_C25 / Gingipain / Gingipain, N-terminal superfamily / Peptidase family C25 / Caspase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / Lys-gingipain W83
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pomowski, A. / Uson, I. / Nowakovska, Z. / Veillard, F. / Sztukowska, M.N. / Guevara, T. / Goulas, T. / Mizgalska, D. / Nowak, M. / Potempa, B. ...Pomowski, A. / Uson, I. / Nowakovska, Z. / Veillard, F. / Sztukowska, M.N. / Guevara, T. / Goulas, T. / Mizgalska, D. / Nowak, M. / Potempa, B. / Huntington, J.A. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
資金援助 スペイン, ポーランド, 5件
組織認可番号国
European UnionFP7-HEALTH-2012-306029-2 TRIGGER スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2015-64487R スペイン
Ministry of Science and TechnologyBIO2013-49320-EXP スペイン
Generalitat of Catalunya2014SGR9 スペイン
Diamentowy Grant0218/DIA/2012/41 ポーランド
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural insights unravel the zymogenic mechanism of the virulence factor gingipain K from Porphyromonas gingivalis, a causative agent of gum disease from the human oral microbiome.
著者: Pomowski, A. / Uson, I. / Nowakowska, Z. / Veillard, F. / Sztukowska, M.N. / Guevara, T. / Goulas, T. / Mizgalska, D. / Nowak, M. / Potempa, B. / Huntington, J.A. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2017年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22017年4月19日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lys-gingipain W83
B: Lys-gingipain W83
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8933
ポリマ－46,8512
非ポリマー421
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.650, 66.250, 96.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Lys-gingipain W83 / Lysine specific cysteine protease / Lysine-specific cysteine proteinase / Porphypain / PrtK48


分子量: 23425.428 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-228 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The cloning strategy entailed that pentapeptide G-P-L-G-S from the expression vector was attached to the N-terminus of the recombinant protein.
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
遺伝子: kgp, prtK, prtP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51817, gingipain K
#2: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.06 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 14 % polyvinylpyrrolidone K15 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 173.15 K
Ambient temp details: Data were collected from liquid-N2 flash-cryo-cooled crystals
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795, 1.8000
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月7日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
21.81
反射解像度: 1.8→96.2 Å / Num. obs: 38292 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 33.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique obs: 6065 / CC1/2: 0.651 / Rrim(I) all: 0.943 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
Cootモデル構築
BUSTER2.10.2精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→25.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9537 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9243 / SU R Cruickshank DPI: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.13 / SU Rfree Blow DPI: 0.127 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.123
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2404 742 1.94 %RANDOM
Rwork0.1969 ---
obs0.1978 38278 99.68 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4286 Å20 Å20 Å2
2---0.3279 Å20 Å2
3---0.7565 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.255 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→25.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2758 0 3 307 3068
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012817HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.13827HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1308SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes70HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes410HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2817HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.69
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.81
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion382SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies4HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3271SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2149 45 1.57 %
Rwork0.2617 2813 -
all0.261 2858 -
obs--97.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.23740.2802-0.3381.6126-0.49170.9852-0.0157-0.05750.02170.00810.0092-0.1658-0.0173-0.00170.0065-0.0274-0.01310.0023-0.0109-0.01820.071734.068126.709816.2718
22.26651.1558-0.39812.937-0.39151.65480.1231-0.29780.20490.4835-0.08950.2089-0.11510.2513-0.03370.0785-0.0150.04160.0421-0.00770.049963.131933.69084.9094
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|20 - 201}
2X-RAY DIFFRACTION2{B|-2 - -1 B|20 - 199}

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る