PDB-5mu7: Crystal Structure of the beta/delta-COPI Core Complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mu7

タイトル

Crystal Structure of the beta/delta-COPI Core Complex

要素

Coatomer subunit beta
Coatomer subunit delta-like protein

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / coatomer / COPI / beta COP / delta COP

機能・相同性

機能・相同性情報

COPI vesicle coat / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / protein transport / Golgi membrane / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.57 Å

データ登録者

Kopp, J. / Aderhold, P. / Wieland, F. / Sinning, I.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: 9Å structure of the COPI coat reveals that the Arf1 GTPase occupies two contrasting molecular environments.
著者: Svetlana O Dodonova / Patrick Aderhold / Juergen Kopp / Iva Ganeva / Simone Röhling / Wim J H Hagen / Irmgard Sinning / Felix Wieland / John A G Briggs /

要旨: COPI coated vesicles mediate trafficking within the Golgi apparatus and between the Golgi and the endoplasmic reticulum. Assembly of a COPI coated vesicle is initiated by the small GTPase Arf1 that ...

履歴

登録	2017年1月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mu7.cif.gz	225.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mu7.ent.gz	183.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mu7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mu7_validation.pdf.gz	429.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mu7_full_validation.pdf.gz	434.9 KB	表示
XML形式データ	5mu7_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	5mu7_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/5mu7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/5mu7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3720C 3721C 3722C 3723C 3724C 5nzrC 5nzsC 5nztC 5nzuC 5nzvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yep-d 5clw-1 1vdz-d 3vf1-2 7ds2-d 3nd9-d 3i73-d 1vz7-2 1pfu-d 2fnq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Coatomer subunit beta

B: Coatomer subunit delta-like protein

62.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.591, 177.472, 62.722
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Coatomer subunit beta / Beta-coat protein 分子量: 42386.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 遺伝子: CTHT_0034860 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: G0S6G7
#2: タンパク質	Coatomer subunit delta-like protein 分子量: 20264.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 遺伝子: CTHT_0026330 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: G0S6I4
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.75 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: protein concentration 13 mg/ml reservoir composition: 0.2 M magnesium formate 0.1 M Tris pH 7.0 24 % PEG3350 drop composition: 400 nl protein + 400 nl reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976251 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.57→32.1 Å / Num. obs: 24909 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 2.57→2.66 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 2440 / CC_1/2: 0.502 / R_pim(I) all: 0.644 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.57→32.072 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.59

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2287	1229	4.93 %
R_work	0.1715	-	-
obs	0.1744	24905	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.57→32.072 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4169	0	0	44	4213

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4232
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.89	5718
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.43	2633
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	675
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	733

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.57-2.6728	0.3232	129	0.2723	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6728-2.7944	0.3266	137	0.2577	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7944-2.9417	0.2832	122	0.2446	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9417-3.1258	0.3169	139	0.2377	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1258-3.3669	0.271	132	0.209	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3669-3.7053	0.2945	127	0.1896	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7053-4.2404	0.2148	132	0.1548	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2404-5.3385	0.1975	150	0.136	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3385-32.0748	0.1868	161	0.1492	2765	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.1082	1.3095	-1.8724	6.1066	0.1281	4.7797	0.3445	0.4669	0.9469	-0.9295	0.0823	-1.4404	-0.8959	0.5623	-0.2255	0.9932	-0.2354	0.2941	0.691	0.0508	1.0302	34.9687	65.118	-21.0979
2	3.9584	-0.9087	0.704	4.5546	-0.3284	6.707	-0.1223	0.2448	0.6497	-0.0478	0.1221	-0.7145	-0.8621	0.7846	0.105	0.7394	-0.1179	0.042	0.6092	0.0486	0.9131	28.881	64.6624	-8.6359
3	3.3144	0.1059	0.5593	4.5919	-0.9967	6.733	0.03	-0.2013	0.3129	0.1731	-0.1004	0.4023	-0.2491	-0.531	0.0499	0.4968	-0.0167	0.0739	0.5683	-0.0758	0.6459	16.5312	56.8437	0.4485
4	1.1635	0.927	0.8195	7.9178	3.9741	2.566	0.3013	-0.3963	-0.0798	1.44	-0.371	0.447	0.7859	-0.3912	0.0535	0.7464	-0.2478	0.06	0.7629	0.0455	0.5646	10.1047	29.0836	0.8161
5	4.0626	1.289	0.5708	8.5198	6.2426	4.6767	0.1466	-0.2615	-0.1885	0.76	-0.2996	-0.0373	0.585	0.2622	0.1365	0.6306	-0.082	-0.0388	0.5044	0.0332	0.5389	10.1488	6.773	-17.6477
6	2.3976	-0.1309	-1.4379	6.1107	-2.1732	7.0477	0.1646	-0.4248	-0.1038	0.8414	0.2244	-0.5518	-0.3306	1.2477	0.0012	0.8089	-0.0323	-0.1364	0.8707	-0.0333	0.7694	15.9245	1.8242	-23.3515
7	8.9078	-1.1937	-2.3469	7.6271	-1.6633	7.0138	-0.249	-0.3291	-0.4897	-0.0372	-0.193	-0.7073	0.423	0.3541	0.4649	0.5144	-0.1359	0.023	0.6275	0.0814	0.5383	31.2231	38.4977	-15.3228
8	1.3365	1.5739	1.0147	3.3476	2.016	1.2344	0.7393	0.3515	-1.3501	-1.4073	0.999	-0.3089	0.6646	1.0563	-1.4018	1.4615	0.0614	-0.1312	1.1782	-0.2099	1.3658	24.3961	23.1776	-19.062
9	6.0592	0.0192	-2.2968	8.8471	-0.2814	6.9421	-0.0149	0.3016	-0.219	-0.3524	-0.2135	-0.0743	0.2043	-0.2057	0.2797	0.4064	-0.1679	-0.0518	0.5646	0.0131	0.4927	22.6042	39.2846	-19.5795
10	9.8836	0.3943	7.0053	1.2069	0.3816	5.0876	-0.2418	-0.0403	0.6636	0.2109	-0.0803	0.3003	-0.1826	-0.3193	0.3439	0.6355	-0.1964	-0.04	0.9378	0.024	0.7083	13.8815	43.9126	-9.8295
11	9.1993	0.6232	-0.8911	4.1972	6.0973	9.1974	-0.4685	0.5871	1.037	-2.2565	-0.0374	1.5806	-0.9557	-1.5277	0.0808	0.7277	0.055	-0.1799	1.0228	0.1767	0.6699	9.5547	54.0915	-19.5817
12	6.6312	-3.7217	-1.0996	9.0912	1.5458	6.7763	-1.1226	0.5394	2.2894	-0.4635	0.0936	-0.9657	-0.5174	0.1649	0.7259	0.9993	0.0256	-0.3178	1.0185	0.1933	1.4241	4.5322	73.5026	-14.2362

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 64 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 65 through 109 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 110 through 185 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 186 through 310 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 311 through 370 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 371 through 390 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 42 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 43 through 47 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 48 through 116 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 117 through 126 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 127 through 138 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 139 through 151 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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