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万見
- PDB-5mtz: Crystal structure of a long form RNase Z from yeast -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mtz
タイトルCrystal structure of a long form RNase Z from yeast
要素Ribonuclease Z
キーワードHYDROLASE / ZINC-DEPENDENT METAL HYDROLASE / RIBONUCLEASE Z
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNase Z / mitochondrial tRNA 3'-end processing / 3'-tRNA processing endoribonuclease activity / tRNA 3'-end processing / mitochondrion / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNase Z endonuclease / : / tRNase Z endonuclease / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ribonuclease Z
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Li de la Sierra-Gallay, I. / Miao, M. / van Tilbeurgh, H.
資金援助 中国, フランス, 2件
組織認可番号国
China Scholarship Council201206180025 中国
French Infrastructure for Integrates Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INSB-05 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: The crystal structure of Trz1, the long form RNase Z from yeast.
著者: Ma, M. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Lazar, N. / Pellegrini, O. / Durand, D. / Marchfelder, A. / Condon, C. / van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2017年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease Z
B: Ribonuclease Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,4848
ポリマ－204,0332
非ポリマー4526
水00
1
A: Ribonuclease Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,2424
ポリマ－102,0161
非ポリマー2263
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribonuclease Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,2424
ポリマ－102,0161
非ポリマー2263
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.000, 136.000, 115.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease Z / RNase Z / tRNA 3 endonuclease / tRNase Z


分子量: 102016.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TRZ1, YKR079C / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P36159, tRNase Z
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Hepes, pH 7.5, 25% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→49.61 Å / Num. obs: 83709 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 72.1 Å2 / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 7.52
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.99-3.177.6292.2740.83133040.3812.43798.4
3.17-3.397.6981.3321.54127820.6281.428100
3.39-3.667.7980.7443.01118170.8740.798100
3.66-4.017.7410.4365.45109460.9470.467100
4.01-4.477.7880.249.5598260.9810.257100
4.47-5.167.9040.15413.4587210.990.165100
5.16-6.37.920.16112.8673460.9890.172100
6.3-8.847.9260.10717.6457370.9950.114100
8.84-49.6077.7570.05929.9432300.9970.06399.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
SHELXCD位相決定
PHASER位相決定
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.99→49.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 23.876 / SU ML: 0.415 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.442
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2617 2135 5 %RANDOM
Rwork0.1809 ---
obs0.1849 40563 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 198.53 Å2 / Biso mean: 82.768 Å2 / Biso min: 42.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.09 Å20 Å20 Å2
2---2.09 Å20 Å2
3---4.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.99→49.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12458 0 14 0 12472
Biso mean--83.16 --
残基数----1523
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01912774
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0211583
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5031.95717269
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.014326971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.84651517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.8924.863658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.589152164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6641556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21886
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022615
LS精密化 シェル解像度: 2.99→3.067 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.437 153 -
Rwork0.387 2913 -
all-3066 -
obs--97.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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