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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mtz | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a long form RNase Z from yeast | |||||||||
要素 | Ribonuclease Z | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / ZINC-DEPENDENT METAL HYDROLASE / RIBONUCLEASE Z | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNase Z / mitochondrial tRNA 3'-end processing / 3'-tRNA processing endoribonuclease activity / tRNA 3'-end processing / mitochondrion / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.99 Å | |||||||||
データ登録者 | Li de la Sierra-Gallay, I. / Miao, M. / van Tilbeurgh, H. | |||||||||
資金援助 | 中国, フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017 タイトル: The crystal structure of Trz1, the long form RNase Z from yeast. 著者: Ma, M. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Lazar, N. / Pellegrini, O. / Durand, D. / Marchfelder, A. / Condon, C. / van Tilbeurgh, H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mtz.cif.gz | 322.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mtz.ent.gz | 265.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mtz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5mtz_validation.pdf.gz | 463.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5mtz_full_validation.pdf.gz | 483.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5mtz_validation.xml.gz | 50.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5mtz_validation.cif.gz | 68.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/5mtz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/5mtz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 102016.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: TRZ1, YKR079C / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P36159, tRNase Z #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Hepes, pH 7.5, 25% (w/v) PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.99→49.61 Å / Num. obs: 83709 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 72.1 Å2 / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 7.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.99→49.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 23.876 / SU ML: 0.415 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.442 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 198.53 Å2 / Biso mean: 82.768 Å2 / Biso min: 42.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.99→49.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.99→3.067 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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