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- PDB-4qku: Crystal structure of a putative hydrolase from Burkholderia cenoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qku
タイトルCrystal structure of a putative hydrolase from Burkholderia cenocepacia
要素hydrolase
キーワードHYDROLASE / National Institute of Allergy and Infectious Disease / NIAID / structural genomics / SSGCID / cystic fibrosis / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


homogentisate catabolic process / ureidoglycolate lyase activity / fumarylacetoacetase / fumarylacetoacetase activity / L-tyrosine catabolic process / urate catabolic process / L-phenylalanine catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fumarylacetoacetase, N-terminal domain / Fumarylacetoacetase / Fumarylacetoacetase, N-terminal / Fumarylacetoacetase, N-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetase N-terminal / Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase C-terminal ...Fumarylacetoacetase, N-terminal domain / Fumarylacetoacetase / Fumarylacetoacetase, N-terminal / Fumarylacetoacetase, N-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetase N-terminal / Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase C-terminal / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
fumarylacetoacetase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative hydrolase from Burkholderia cenocepacia
著者: Edwards, T.E. / Fairman, J.W. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
履歴
登録2014年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hydrolase
B: hydrolase
C: hydrolase
D: hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,34017
ポリマ－191,5204
非ポリマー82113
水10,917606
1
A: hydrolase
B: hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1228
ポリマ－95,7602
非ポリマー3626
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area29300 Å2
手法PISA
2
C: hydrolase
D: hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,2189
ポリマ－95,7602
非ポリマー4587
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area29420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.640, 110.550, 116.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERAA7 - 43215 - 440
21SERSERBB7 - 43215 - 440
12SERSERAA7 - 43215 - 440
22SERSERCC7 - 43215 - 440
13SERSERAA7 - 43215 - 440
23SERSERDD7 - 43215 - 440
14SERSERBB7 - 43215 - 440
24SERSERCC7 - 43215 - 440
15ARGARGBB7 - 43115 - 439
25ARGARGDD7 - 43115 - 439
16SERSERCC7 - 43215 - 440
26SERSERDD7 - 43215 - 440

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
hydrolase


分子量: 47879.883 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
株: BAA-245 / 遺伝子: BCAL3183 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4ECX4
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 606 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: BuceA.00077.a.B1.PW37289 at 20.8 mg/mL against JCSG+ screen condition B1, 0.1 M Na citrate pH 4.0, 0.8 M ammonium sulfate cryo-protected with 20% ethylene glycol, crystal tracking ID ...詳細: BuceA.00077.a.B1.PW37289 at 20.8 mg/mL against JCSG+ screen condition B1, 0.1 M Na citrate pH 4.0, 0.8 M ammonium sulfate cryo-protected with 20% ethylene glycol, crystal tracking ID 246960b1, unique puck ID rhw0-1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 65624 / Num. obs: 65019 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 28.273 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Χ2: 0.913 / Net I/σ(I): 10.06
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.45-2.510.5553.1423882476599
2.51-2.580.5063.4323053462598.5
2.58-2.660.4513.8422836455598.7
2.66-2.740.3774.4721729435598.6
2.74-2.830.3255.1421439431499.1
2.83-2.930.2666.0120410411999.3
2.93-3.040.2316.7619675399799.2
3.04-3.160.2017.7119062385399.2
3.16-3.30.1639.2718102370599.2
3.3-3.460.13111.217157352899.3
3.46-3.650.10913.0116364336999.2
3.65-3.870.09314.7915436319799.1
3.87-4.140.07717.0414421299499.5
4.14-4.470.06719.4313297278199.5
4.47-4.90.06619.2912534259799.4
4.9-5.480.07117.8511236231499.6
5.48-6.330.07317.1810127208199.2
6.33-7.750.06718.278484175499.4
7.75-10.960.04424.666470137199.5
10.960.04125.83319774596

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.35 Å47.89 Å
Translation5.35 Å47.89 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0071精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / WRfactor Rfree: 0.2182 / WRfactor Rwork: 0.1817 / FOM work R set: 0.7935 / SU B: 19.202 / SU ML: 0.226 / SU R Cruickshank DPI: 0.6516 / SU Rfree: 0.2891 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.652 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2492 3174 4.9 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.21 65019 99.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.78 Å2 / Biso mean: 23.1 Å2 / Biso min: 2.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.96 Å20 Å2-0.4 Å2
2---0.62 Å2-0 Å2
3---1.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12686 0 45 606 13337
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01913033
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0212135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3161.95217788
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.964327764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.17751691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.83923.135555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.445151874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.43115105
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21982
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02115118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.023063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9071.546776
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9061.546775
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.592.3078460
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A241610.05
12B241610.05
21A242610.05
22C242610.05
31A242600.05
32D242600.05
41B243800.05
42C243800.05
51B248370.04
52D248370.04
61C246060.04
62D246060.04
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 233 -
Rwork0.281 4520 -
all-4753 -
obs--99.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7990.37220.08520.85610.21110.4714-0.07310.0246-0.1476-0.08040.067-0.19070.01470.08120.00610.0128-0.0010.02190.01570.00030.15439.7864-66.359125.1702
20.4897-0.1060.19220.43480.04440.66540.0026-0.01160.0028-0.0126-0.03630.0172-0.0438-0.10630.03370.00850.0172-0.01320.0432-0.00680.0746-21.6696-52.082422.9522
30.3568-0.1206-0.08470.48990.22760.42240.0397-0.0545-0.0155-0.0341-0.0068-0.10050.03880.0499-0.03280.01790.0057-0.00910.0188-0.00260.122318.9033-12.849832.7713
40.5545-0.09270.15490.3462-0.05290.4443-0.019-0.03410.0292-0.01450.0120.0354-0.0364-0.04660.0070.0070.0112-0.01050.0365-0.00060.0589-12.41891.918731.4784
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 432
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 432
3X-RAY DIFFRACTION3C7 - 432
4X-RAY DIFFRACTION4D7 - 433

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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