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- PDB-5mtw: Mycobacterium tuberculosis Rv1957 SecB-like chaperone in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mtw
タイトルMycobacterium tuberculosis Rv1957 SecB-like chaperone in complex with a ChAD peptide from Rv1956 HigA1 antitoxin
要素
  • Antitoxin HigA1
  • SecB-like chaperone Rv1957
キーワードCHAPERONE / Toxin-antitoxin-chaperone system / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of growth / toxin sequestering activity / negative regulation of growth / cell wall / response to hypoxia / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
SecB-like superfamily / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SecB-like chaperone Rv1957 / Antitoxin HigA1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Guillet, V. / Mourey, L.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-13-BSV8-0010-01 フランス
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural insights into chaperone addiction of toxin-antitoxin systems.
著者: Guillet, V. / Bordes, P. / Bon, C. / Marcoux, J. / Gervais, V. / Sala, A.J. / Dos Reis, S. / Slama, N. / Mares-Mejia, I. / Cirinesi, A.M. / Maveyraud, L. / Genevaux, P. / Mourey, L.
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Chaperone addiction of toxin-antitoxin systems.
著者: Bordes, P. / Sala, A.J. / Ayala, S. / Texier, P. / Slama, N. / Cirinesi, A.M. / Guillet, V. / Mourey, L. / Genevaux, P.
履歴
登録2017年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: SecB-like chaperone Rv1957
D: SecB-like chaperone Rv1957
A: SecB-like chaperone Rv1957
B: SecB-like chaperone Rv1957
E: Antitoxin HigA1
F: Antitoxin HigA1
G: Antitoxin HigA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,68712
ポリマ－86,4117
非ポリマー2775
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12810 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area26320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.860, 89.960, 91.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
SecB-like chaperone Rv1957


分子量: 20409.609 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: secBL, Rv1957 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P95257
#2: タンパク質・ペプチド Antitoxin HigA1


分子量: 1590.762 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP Residues 104-116 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
参照: UniProt: P9WJA7
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.43 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25-27 % PEG 1500, calcium acetate 80-240 mM, 10 % DMSO, 100 mM Tris pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.072522 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072522 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.835→64.09 Å / Num. obs: 63188 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.835→1.867 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.796 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3135 / CC1/2: 0.338 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSautoPROC 1.1.7データ削減
XSCALEautoPROC 1.1.7データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FX3

1fx3


解像度: 1.84→64.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 3.601 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.138
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26488 3397 5.4 %RANDOM
Rwork0.21156 ---
obs0.2144 59790 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.913 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å2-0 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.84→64.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4585 0 11 49 4645
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0194701
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9411.9696411
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.906310061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7045573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.58622.489229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.0515694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4121550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2745
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021106
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4093.2822331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.413.2812330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5744.8642888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5734.8642889
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7433.5762370
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7423.5762371
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6335.2343523
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.49825.4674907
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.525.4464903
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.835→1.883 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 275 -
Rwork0.33 4325 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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