PDB-5mtp: Crystal structure of M. tuberculosis InhA inhibited by PT514

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mtp

タイトル

Crystal structure of M. tuberculosis InhA inhibited by PT514

要素

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / bacterial enoyl-ACP reductase / diphenylether / residence time

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis CDC1551 (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Eltschkner, S. / Pschibul, A. / Spagnuolo, L.A. / Yu, W. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Evaluating the Contribution of Transition-State Destabilization to Changes in the Residence Time of Triazole-Based InhA Inhibitors.
著者: Spagnuolo, L.A. / Eltschkner, S. / Yu, W. / Daryaee, F. / Davoodi, S. / Knudson, S.E. / Allen, E.K. / Merino, J. / Pschibul, A. / Moree, B. / Thivalapill, N. / Truglio, J.J. / Salafsky, J. / ...

履歴

登録	2017年1月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mtp.cif.gz	837.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mtp.ent.gz	696.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mtp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mtp_validation.pdf.gz	4.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mtp_full_validation.pdf.gz	4.8 MB	表示
XML形式データ	5mtp_validation.xml.gz	99.5 KB	表示
CIF形式データ	5mtp_validation.cif.gz	134.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/5mtp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/5mtp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mtqC 5mtrC 5ugsC 5ugtC 5uguC 2x23S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ugt-d 5mtq-1 4u0k-1 5mtr-2 5mtq-2 4bge-3 6sqb-1 5g0u-d 5g0v-d 5g0s-d 6sq9-1 3fng-1 4bqr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

G: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

H: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

254 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

G: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
127 kDa, 4 ポリマー
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2

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

H: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
127 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	88.039, 92.305, 181.161
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.45, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 269 / Label seq-ID: 22 - 289

NCSアンサンブル:

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABEGCDFH

#1: タンパク質	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-ACP reductase / FAS-II enoyl-ACP reductase / NADH-dependent 2-trans-enoyl-ACP reductase 分子量: 30726.131 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SBL not fully ordered; aa 205 - 210 missing 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis CDC1551 (結核菌) 遺伝子: inhA, MT1531 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P9WGR0, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)

#1: タンパク質

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-ACP reductase / FAS-II enoyl-ACP reductase / NADH-dependent 2-trans-enoyl-ACP reductase

分子量: 30726.131 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SBL not fully ordered; aa 205 - 210 missing
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis CDC1551 (結核菌)
遺伝子: inhA, MT1531 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WGR0, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)

-
非ポリマー , 5種, 1422分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-53K / 2-(2-methylphenoxy)-5-[(4-phenyl-1H-1,2,3-triazol-1-yl)methyl]phenol 分子量: 357.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₉N₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3 M NaCl, 100 mM Tris pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.08 Å / Num. obs: 184367 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.5 % / Num. unique obs: 9526 / CC_1/2: 0.455 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
REFMAC	5.8.0155	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2x23

2x23

解像度: 2→47.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 6.187 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.113 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17781	9686	5 %	RANDOM
R_work	0.15495	-	-	-
obs	0.15608	184367	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.766 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.19 Å²	0 Å²	0.15 Å²
2-	-	-0.13 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→47.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15860	0	573	1401	17834

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.019	16825
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	16199
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.255	1.981	22928
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.116	3.004	37173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.23	5	2132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.289	23.885	628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.703	15	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.779	15	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	2594
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	19724
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3708
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.125	1.417	8529
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.123	1.415	8512
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.705	2.112	10634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.705	2.111	10627
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.726	1.651	8296
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.726	1.651	8297
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.596	2.409	12287
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.131	18.377	19099
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.03	17.886	18829
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	16502	0.08
1	2	B	16502	0.08
2	1	A	16692	0.07
2	2	E	16692	0.07
3	1	A	16310	0.07
3	2	G	16310	0.07
4	1	A	16696	0.06
4	2	C	16696	0.06
5	1	A	16524	0.08
5	2	D	16524	0.08
6	1	A	16312	0.08
6	2	F	16312	0.08
7	1	A	16248	0.07
7	2	H	16248	0.07
8	1	B	16390	0.08
8	2	E	16390	0.08
9	1	B	16272	0.06
9	2	G	16272	0.06
10	1	B	16332	0.08
10	2	C	16332	0.08
11	1	B	16720	0.05
11	2	D	16720	0.05
12	1	B	16266	0.07
12	2	F	16266	0.07
13	1	B	16270	0.06
13	2	H	16270	0.06
14	1	E	16190	0.06
14	2	G	16190	0.06
15	1	E	16594	0.07
15	2	C	16594	0.07
16	1	E	16432	0.07
16	2	D	16432	0.07
17	1	E	16252	0.06
17	2	F	16252	0.06
18	1	E	16154	0.06
18	2	H	16154	0.06
19	1	G	16186	0.06
19	2	C	16186	0.06
20	1	G	16408	0.06
20	2	D	16408	0.06
21	1	G	16396	0.05
21	2	F	16396	0.05
22	1	G	16520	0.04
22	2	H	16520	0.04
23	1	C	16378	0.08
23	2	D	16378	0.08
24	1	C	16148	0.07
24	2	F	16148	0.07
25	1	C	16124	0.07
25	2	H	16124	0.07
26	1	D	16296	0.06
26	2	F	16296	0.06
27	1	D	16322	0.06
27	2	H	16322	0.06
28	1	F	16328	0.05
28	2	H	16328	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	750	-
R_work	0.282	13580	-
obs	-	-	99.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5952	0.297	0.6392	2.426	-0.0356	3.7065	-0.0015	0.2954	-0.1212	-0.3167	-0.0068	0.1513	-0.1802	-0.0851	0.0083	0.0981	0.0085	-0.0084	0.0326	0.0244	0.1033	-1.1535	5.8221	42.3612
2	3.3431	1.1568	1.0998	1.3303	0.7822	5.1401	0.0367	-0.0575	0.6068	-0.2506	-0.0506	0.029	-0.5104	0.3381	0.0139	0.1745	-0.0039	0.0335	0.058	0.0025	0.2032	5.3404	13.8382	46.4606
3	3.745	-0.8627	-1.4729	2.936	1.582	4.7825	-0.1334	-0.0338	0.3983	0.0249	0.0601	0.0944	-0.7012	-0.2559	0.0733	0.1722	0.046	-0.0297	0.0446	-0.0254	0.17	-1.6476	14.6636	54.4068
4	1.1692	-0.2504	0.6115	1.7481	-0.4224	1.6886	-0.0651	-0.085	0.1697	0.0881	-0.0089	-0.0418	-0.0913	0.0299	0.0739	0.0288	0.0048	0.009	0.0542	-0.0102	0.041	1.9855	-2.0148	59.2147
5	0.5623	0.0589	-0.4642	3.2049	0.8696	1.5922	0.0319	0.2501	-0.0815	-0.2608	-0.0815	-0.0647	-0.0655	0.0004	0.0496	0.0251	0.0324	-0.0001	0.1746	-0.0347	0.0128	3.3515	-3.6599	48.7281
6	4.0844	1.7385	2.0139	10.1915	4.205	2.7162	0.0645	0.1982	-0.2057	-0.2936	0.154	-0.9336	-0.0817	0.5235	-0.2185	0.2746	-0.0117	0.0645	0.3738	0.0792	0.4018	20.9969	-8.3924	49.5842
7	1.1352	0.1651	-0.6999	2.446	-0.0131	2.2178	-0.0555	0.0406	0.018	-0.162	-0.0358	-0.1345	-0.0108	0.1956	0.0913	0.0205	-0.0054	-0.0069	0.0611	0.0154	0.0361	1.4259	-10.6594	43.2805
8	5.5559	-1.2138	-1.3368	4.4897	0.5093	1.6184	-0.0183	-0.1068	-0.3683	0.7417	-0.1477	-0.0798	0.3438	0.0477	0.166	0.4072	0.0462	-0.0086	0.2734	0.0695	0.0485	6.9246	-27.6189	85.1333
9	1.9588	-0.1865	-0.9725	6.6453	-0.5166	2.9947	0.0236	-0.7266	0.1194	1.1768	0.0973	-0.0607	0.0183	0.2401	-0.1208	0.5008	0.0243	-0.0808	0.3901	0.0174	0.0676	7.3583	-19.4498	92.6344
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52	2.4304	-0.212	-0.1692	7.5293	0.4648	0.2515	-0.0893	-0.3881	-0.2463	0.3607	0.0718	-0.5388	0.1165	0.2526	0.0175	0.2103	0.1197	-0.1048	0.3254	0.0305	0.182	65.3298	23.8496	60.5624
53	2.4897	-0.5763	-2.0685	4.2001	-1.4137	3.5785	-0.1302	-0.604	-0.0461	0.7898	0.1174	-0.3098	0.1961	0.1739	0.0128	0.4147	-0.0218	-0.1393	0.418	0.0682	0.0945	56.9291	19.3475	65.3759
54	1.2524	0.0975	0.0719	2.2487	0.8336	1.2676	-0.0492	-0.1989	-0.1173	0.2283	0.0424	-0.1873	0.2038	0.1007	0.0069	0.0749	0.0567	-0.0185	0.0932	0.0404	0.0863	49.5224	16.8886	49.4035
55	2.3842	0.119	-0.8026	2.1615	-0.9031	3.3787	0.107	-0.0432	0.2742	0.0548	0.0164	-0.2065	-0.0166	0.071	-0.1234	0.0257	0.0199	-0.0247	0.0571	-0.0506	0.1091	51.9485	27.4197	47.3565
56	2.9261	-2.8403	1.9181	5.6275	-3.9973	11.1595	0.0764	0.2962	-0.196	-0.399	-0.2173	-0.4841	0.3788	0.6043	0.1408	0.0768	0.0306	0.0323	0.2002	-0.0202	0.3002	64.397	20.9799	35.011
57	2.5875	0.2249	0.3412	1.9873	-0.4324	1.1528	-0.0477	0.009	0.0338	0.0041	0.0538	-0.3272	0.0536	0.2002	-0.006	0.0109	0.019	-0.0174	0.0538	-0.0275	0.1247	51.9486	33.0597	41.5572

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	32 - 53
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	54 - 82
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	83 - 182
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	183 - 199
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	200 - 221
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	222 - 269
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	2 - 31
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	32 - 53
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	54 - 82
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	83 - 112
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	113 - 203
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	204 - 221
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	222 - 235
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	236 - 269
16	X-RAY DIFFRACTION	16	E	2 - 31
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	32 - 53
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	54 - 82
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	83 - 202
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	203 - 221
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	222 - 235
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	236 - 269
23	X-RAY DIFFRACTION	23	G	2 - 31
24	X-RAY DIFFRACTION	24	G	32 - 53
25	X-RAY DIFFRACTION	25	G	54 - 82
26	X-RAY DIFFRACTION	26	G	83 - 182
27	X-RAY DIFFRACTION	27	G	183 - 219
28	X-RAY DIFFRACTION	28	G	220 - 269
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	2 - 31
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	32 - 53
31	X-RAY DIFFRACTION	31	C	54 - 82
32	X-RAY DIFFRACTION	32	C	83 - 182
33	X-RAY DIFFRACTION	33	C	183 - 207
34	X-RAY DIFFRACTION	34	C	208 - 221
35	X-RAY DIFFRACTION	35	C	222 - 235
36	X-RAY DIFFRACTION	36	C	236 - 269
37	X-RAY DIFFRACTION	37	D	2 - 31
38	X-RAY DIFFRACTION	38	D	32 - 53
39	X-RAY DIFFRACTION	39	D	54 - 82
40	X-RAY DIFFRACTION	40	D	83 - 137
41	X-RAY DIFFRACTION	41	D	138 - 182
42	X-RAY DIFFRACTION	42	D	183 - 221
43	X-RAY DIFFRACTION	43	D	222 - 235
44	X-RAY DIFFRACTION	44	D	236 - 269
45	X-RAY DIFFRACTION	45	F	2 - 31
46	X-RAY DIFFRACTION	46	F	32 - 53
47	X-RAY DIFFRACTION	47	F	54 - 82
48	X-RAY DIFFRACTION	48	F	83 - 182
49	X-RAY DIFFRACTION	49	F	183 - 221
50	X-RAY DIFFRACTION	50	F	222 - 269
51	X-RAY DIFFRACTION	51	H	2 - 31
52	X-RAY DIFFRACTION	52	H	32 - 53
53	X-RAY DIFFRACTION	53	H	54 - 82
54	X-RAY DIFFRACTION	54	H	83 - 182
55	X-RAY DIFFRACTION	55	H	183 - 196
56	X-RAY DIFFRACTION	56	H	197 - 221
57	X-RAY DIFFRACTION	57	H	222 - 269

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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