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万見
- PDB-5mth: Structure of DC8E8 Fab at pH 6.5 crystallized in spacegroup P21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mth
タイトルStructure of DC8E8 Fab at pH 6.5 crystallized in spacegroup P21
要素
  • antibody Fab heavy chain
  • antibody Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / trehalose / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Skrabana, R. / Novak, M. / Cehlar, O. / Kontsekova, E.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of DC8E8 Fab at pH 6.5 crystallized in spacegroup P21
著者: Skrabana, R.
履歴
登録2017年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 2.02020年3月11日Group: Atomic model / Data collection / Polymer sequence / カテゴリ: atom_site / entity_poly / pdbx_nonpoly_scheme
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: antibody Fab heavy chain
L: antibody Fab light chain
A: antibody Fab heavy chain
B: antibody Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,81813
ポリマ－96,1534
非ポリマー1,6649
水10,377576
1
H: antibody Fab heavy chain
L: antibody Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2227
ポリマ－48,0772
非ポリマー1,1455
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19870 Å2
手法PISA
2
A: antibody Fab heavy chain
B: antibody Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5966
ポリマ－48,0772
非ポリマー5194
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.450, 111.770, 95.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 antibody Fab heavy chain


分子量: 23800.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 antibody Fab light chain


分子量: 24275.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose / trehalose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.61 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG 8000, 0.1 M Na-cacodylate, 0.2 M Mg-acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.909
11-h,-k,l20.091
反射解像度: 1.73→38.86 Å / Num. obs: 88801 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 24.4 Å2 / Rrim(I) all: 0.211 / Net I/σ(I): 7.98
反射 シェル解像度: 1.73→1.76 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / CC1/2: 0.108 / Rrim(I) all: 3.86 / % possible all: 81.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0151精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 4OZ4

4oz4
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.73→38.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 1.487 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.026
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2355 4429 5 %RANDOM
Rwork0.1851 ---
obs0.1876 84371 95.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 130 Å2 / Biso mean: 29.008 Å2 / Biso min: 12.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å2-0 Å27.16 Å2
2--2.45 Å20 Å2
3----2.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.73→38.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6721 0 112 576 7409
Biso mean--36.85 33.32 -
残基数----879
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.027142
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.026430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8981.9639745
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.051314955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4055913
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.88324.037270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.738151134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9171530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.21108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0218012
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021582
LS精密化 シェル解像度: 1.714→1.758 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 160 -
Rwork0.356 3202 -
all-3362 -
obs--49.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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