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- PDB-5msr: Structure of the unmodified PCP-R domain of carboxylic acid reduc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5msr
タイトルStructure of the unmodified PCP-R domain of carboxylic acid reductase (CAR) from Segniliparus rugosus in complex with NADPH, P43 form
要素Thioester reductase domain-containing protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / adenylation domain / carboxylic acid reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain fatty acid-CoA ligase activity / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / biosynthetic process / phosphopantetheine binding / NADP binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Carboxylic acid reductase / Thioester reductase-like domain / Fatty acyl-coenzyme A reductase, NAD-binding domain / Male sterility protein / ANL, N-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain ...Carboxylic acid reductase / Thioester reductase-like domain / Fatty acyl-coenzyme A reductase, NAD-binding domain / Male sterility protein / ANL, N-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Carboxylic acid reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Segniliparus rugosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Gahloth, D. / Leys, D.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structures of carboxylic acid reductase reveal domain dynamics underlying catalysis.
著者: Gahloth, D. / Dunstan, M.S. / Quaglia, D. / Klumbys, E. / Lockhart-Cairns, M.P. / Hill, A.M. / Derrington, S.R. / Scrutton, N.S. / Turner, N.J. / Leys, D.
履歴
登録2017年1月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.22017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.32017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thioester reductase domain-containing protein
B: Thioester reductase domain-containing protein
C: Thioester reductase domain-containing protein
D: Thioester reductase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)516,4468
ポリマ－513,4734
非ポリマー2,9744
水4,197233
1
A: Thioester reductase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,1122
ポリマ－128,3681
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thioester reductase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,1122
ポリマ－128,3681
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Thioester reductase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,1122
ポリマ－128,3681
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Thioester reductase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,1122
ポリマ－128,3681
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.943, 94.943, 335.506
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYAA666 - 1187666 - 1187
21GLYGLYBB666 - 1187666 - 1187
12GLYGLYAA666 - 1187666 - 1187
22GLYGLYCC666 - 1187666 - 1187
13ARGARGAA668 - 1187668 - 1187
23ARGARGDD668 - 1187668 - 1187
14GLYGLYBB666 - 1187666 - 1187
24GLYGLYCC666 - 1187666 - 1187
15ARGARGBB668 - 1187668 - 1187
25ARGARGDD668 - 1187668 - 1187
16ARGARGCC668 - 1187668 - 1187
26ARGARGDD668 - 1187668 - 1187

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Thioester reductase domain-containing protein


分子量: 128368.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Segniliparus rugosus (バクテリア)
遺伝子: HMPREF9336_01297 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5XP76
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: CARsr PCP-Red crystals were obtained in the condition 0.1 M sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.5% Jeffamine ED-2003.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→200 Å / Num. obs: 112379 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.37→2.46 Å / CC1/2: 0.5 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MSO

5mso


解像度: 2.37→200 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 11.025 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.221 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24127 5667 4.8 %RANDOM
Rwork0.21869 ---
obs0.2198 112379 98.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 86.534 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.37→200 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15712 0 160 233 16105
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01916226
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0215388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3371.97122109
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.258335334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.15252041
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.89523.707723
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.037152512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.36815112
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.22514
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02118401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023683
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6626.0458203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.6616.0468202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.9499.06710231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.9489.06710232
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0536.4288023
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.0546.4288022
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.869.46211878
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.57547.45417378
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.57547.45417379
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A610320.07
12B610320.07
21A615080.06
22C615080.06
31A598080.07
32D598080.07
41B614320.07
42C614320.07
51B595240.08
52D595240.08
61C601560.07
62D601560.07
LS精密化 シェル解像度: 2.37→2.431 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 416 -
Rwork0.359 8365 -
obs--98.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5607-0.931-0.1491.41510.0230.97250.07860.0192-0.03270.0553-0.05470.2659-0.0543-0.2419-0.0240.10190.0259-0.00960.1685-0.08310.1367-55.615130.70234.778
21.2714-0.0028-0.37030.97680.20421.4668-0.0461-0.1231-0.14750.03470.0846-0.1911-0.0060.2501-0.03850.13420.0167-0.02080.1215-0.07680.1206-31.77491.75310.927
32.01980.56280.92630.89430.15962.05480.020.2773-0.0595-0.00510.1014-0.24370.0940.5074-0.12140.0950.0669-0.02150.2089-0.10180.125-9.933122.25745.569
42.680.9931-0.4961.9185-0.17161.51110.02860.03720.26830.08980.00280.4327-0.0814-0.2324-0.03130.14610.11170.02440.1406-0.0560.2066-77.3983.91822.237
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A666 - 1187
2X-RAY DIFFRACTION2B666 - 1187
3X-RAY DIFFRACTION3C666 - 1187
4X-RAY DIFFRACTION4D668 - 1187

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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